PDB-4l9t: Crystal structure of MepR F27L mutant from multidrug resistant S....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l9t

タイトル

Crystal structure of MepR F27L mutant from multidrug resistant S. aureus clinical isolate

要素

MepR

キーワード

TRANSCRIPTION / winged helix-turn-helix / wHTH / transcription repressor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stress / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.794 Å

データ登録者

Birukou, I. / Brennan, R.G.

引用

ジャーナル: MBio / 年: 2013
タイトル: The molecular mechanisms of allosteric mutations impairing MepR repressor function in multidrug-resistant strains of Staphylococcus aureus.
著者: Birukou, I. / Tonthat, N.K. / Seo, S.M. / Schindler, B.D. / Kaatz, G.W. / Brennan, R.G.

履歴

登録	2013年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l9t.cif.gz	133.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l9t.ent.gz	107.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l9jC 4l9nC 4l9vC 4ld5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ffx-2 5ffx-1 1d1z-d 1npp-2 3kh2-1 4z45-d 6og3-d 6mud-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MepR

B: MepR

ヘテロ分子

34.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.441, 113.122, 49.936
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.180, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MepR / MarR family transcription repressor MepR 分子量: 16987.168 Da / 分子数: 2 / 変異: F27L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: mepR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5Y812
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M (NH4)2HPO4, 20% PEG 3350, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月28日
放射	モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: Water cooled, sagittal focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→25 Å / Num. all: 33107 / Num. obs: 32048 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SERGUI	control program	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(Phaser)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.794→24.72 Å / Occupancy max: 2 / Occupancy min: 0.06 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2034	1928	6.24 %
R_work	0.1696	-	-
obs	0.1717	30922	92.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.94 Å² / B_iso mean: 38.2818 Å² / B_iso min: 14.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.794→24.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2173	0	10	197	2380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2381
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.894	3239
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.35	901

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.794-1.8389	0.355	85	0.2796	1195	1280	55
1.8389-1.8886	0.317	110	0.2502	1685	1795	75
1.8886-1.9441	0.2847	122	0.2204	1938	2060	88
1.9441-2.0069	0.266	146	0.202	2111	2257	94
2.0069-2.0786	0.2285	138	0.1693	2121	2259	96
2.0786-2.1617	0.198	147	0.1731	2212	2359	98
2.1617-2.26	0.2015	144	0.1655	2171	2315	98
2.26-2.3791	0.1874	147	0.1695	2198	2345	99
2.3791-2.528	0.2138	147	0.1746	2213	2360	99
2.528-2.723	0.198	147	0.1707	2211	2358	99
2.723-2.9966	0.2121	148	0.1733	2218	2366	100
2.9966-3.4292	0.1908	148	0.1661	2223	2371	100
3.4292-4.3167	0.1737	149	0.1463	2234	2383	100
4.3167-24.72	0.2004	150	0.1687	2264	2414	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6401	0.0122	-0.08	4.4664	4.9514	4.8004	0.0603	-0.0022	-0.2552	0.6317	0.6023	-1.3599	0.523	0.4413	-0.7374	0.3074	0.053	-0.0299	0.3188	-0.0651	0.3814	-2.021	-30.6699	-15.805
2	4.99	1.8159	0.078	3.6607	-0.1845	3.7349	0.2373	-0.1094	-0.1206	0.0257	-0.0639	0.4466	0.0146	-0.3893	-0.154	0.1543	-0.0213	-0.0218	0.162	-0.0089	0.2227	-15.735	-16.9673	-1.2511
3	6.7114	-4.1909	3.7387	6.3609	0.7002	4.6868	0.458	-0.6311	-0.9292	-1.554	-0.1418	0.9117	1.6587	-0.0502	-0.3667	0.6648	-0.0164	0.0067	0.3421	0.1497	0.2814	-17.6882	-22.7919	8.4049
4	9.8636	5.5242	-6.5304	5.7006	-5.1721	5.1524	-0.087	-0.5955	-0.1122	1.03	-0.2779	-0.3377	0.1192	0.8523	0.4454	0.3191	0.0446	-0.0192	0.2691	-0.0059	0.209	-9.03	-14.566	8.3774
5	5.8973	-3.5469	-3.8095	6.196	2.4799	5.9929	-0.145	-1.0359	0.0769	0.5609	0.2964	-0.275	-0.0057	0.664	-0.0613	0.1263	-0.0025	-0.0497	0.2718	0.005	0.1915	-14.9331	-7.2322	4.8234
6	5.8051	-3.5859	-3.8732	6.639	1.9484	2.7623	-0.7565	-0.2722	-0.9418	0.9092	0.2385	0.6491	0.5536	-0.9298	0.4288	0.2474	0.0018	0.0368	0.4665	0.0684	0.2463	-23.4654	-9.383	9.8364
7	1.0257	-2.9373	-2.8142	7.3403	5.7256	6.9987	0.112	0.1907	0.0897	-0.4867	-0.1267	-0.0726	0.1219	-0.2308	-0.0112	0.2508	0.0087	0.0043	0.2631	0.0127	0.1864	-10.2787	-18.312	-17.3139
8	2.7704	2.776	-0.9864	7.3243	-1.4019	4.6764	0.2004	0.4117	-0.0293	-0.3843	-0.0518	0.2916	-0.2879	-0.5889	-0.1522	0.3375	0.0556	-0.019	0.3285	0.103	0.3265	-14.6592	-38.0375	-27.5416
9	1.6223	0.2243	-0.1351	4.6177	-6.4834	7.4779	-0.0169	0.1621	0.425	0.5808	0.6849	0.8325	-0.6864	-0.5854	-0.6773	0.2972	0.0629	0.0518	0.2992	0.0921	0.3414	-14.1311	-41.8942	-13.4178
10	6.0118	1.0831	1.4853	1.8578	0.7967	1.507	-0.0663	-0.0299	0.2929	-0.0059	0.0128	-0.1692	-0.1228	0.107	0.0375	0.2136	-0.0228	0.0003	0.2057	0.03	0.2651	-1.937	-53.4635	1.5197
11	6.8339	-3.3139	-1.5416	5.5164	-0.1445	0.5871	0.0446	-0.7402	0.7048	-0.3501	-0.1221	-0.1414	-2.0037	0.0537	-0.0124	0.72	0.1299	0.0123	0.3762	-0.1988	0.4649	1.8476	-49.6448	10.9259
12	5.2033	-3.2562	1.2111	3.6606	-1.1383	5.251	-0.5112	-0.97	0.1025	0.6443	0.5806	0.152	-0.6515	-0.3156	-0.0452	0.2689	0.0687	0.0231	0.3076	-0.0086	0.2483	-0.4757	-60.2782	11.5559
13	3.2065	-3.4912	4.6929	8.7607	-7.1175	9.4648	0.2075	0.2527	0.0815	-0.5725	-0.1342	0.0253	-0.099	0.3673	-0.1325	0.261	0.0234	0.0261	0.2463	-0.0221	0.2771	-6.5038	-54.4444	-13.7255
14	6.1189	3.5623	3.4487	3.4267	4.5412	8.5744	0.1884	0.7072	-0.2764	-0.9843	0.2624	-0.5909	0.8041	0.8328	-0.356	0.539	0.0903	-0.0125	0.321	-0.0812	0.2322	-3.6585	-37.5156	-28.8955

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 26 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 49 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 60 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 73 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 74 through 81 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 82 through 94 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 95 through 118 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 119 through 140 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 3 through 26 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 27 through 46 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 47 through 60 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 61 through 94 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 95 through 118 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 119 through 139 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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