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- PDB-4l9p: Crystal structure of Aspergillus fumigatus protein farnesyltransf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l9p
タイトルCrystal structure of Aspergillus fumigatus protein farnesyltransferase complexed with the FII analog, FPT-II, and the KCVVM peptide
要素
  • (CaaX farnesyltransferase ...) x 2
  • LYS-CYS-VAL-VAL-MET (CAAX peptide)
キーワードTRANSFERASE / Ternary complex with isoprenoid and CAAX peptide substrate / CAAX farnesyltransferase / Isoprenoid and CAAX protein/peptide substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


prenylation / peptide pheromone maturation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid ...Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FII / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha / Protein farnesyltransferase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Mabanglo, M.F. / Hast, M.A. / Beese, L.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the fungal pathogen Aspergillus fumigatus protein farnesyltransferase complexed with substrates and inhibitors reveal features for antifungal drug design.
著者: Mabanglo, M.F. / Hast, M.A. / Lubock, N.B. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.
履歴
登録2013年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CaaX farnesyltransferase alpha subunit Ram2
B: CaaX farnesyltransferase beta subunit Ram1
C: LYS-CYS-VAL-VAL-MET (CAAX peptide)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,69717
ポリマ－99,6073
非ポリマー1,09014
水14,016778
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11870 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area28840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.236, 90.328, 83.007
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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CaaX farnesyltransferase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CaaX farnesyltransferase alpha subunit Ram2


分子量: 42391.461 Da / 分子数: 1 / 変異: N146S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: Af293 / 遺伝子: AFUA_4G07800 / プラスミド: pCDF-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: Q4WP27, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: タンパク質 CaaX farnesyltransferase beta subunit Ram1


分子量: 56635.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: Af293 / 遺伝子: AFUA_4G10330 / プラスミド: pCDF-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q4WPS9, protein farnesyltransferase

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド LYS-CYS-VAL-VAL-MET (CAAX peptide)


分子量: 579.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 5種, 792分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-FII / [(3,7,11-TRIMETHYL-DODECA-2,6,10-TRIENYLOXYCARBAMOYL)-METHYL]-PHOSPHONIC ACID / FPP ANALOG / [[[(2E,6E)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエニル]オキシ]カルバモイルメチル]ホスホン酸


分子量: 359.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H30NO5P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4-10% PEG6000, 600-800 mM LiCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月8日
放射モノクロメーター: Double-crystal, liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 156214 / Num. obs: 154808 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 82.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: > Homology model of A. fumigatus farnesyltransferase generated using PHYRE

解像度: 1.45→22.421 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 13.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.152 7183 5.02 %Random
Rwork0.1251 ---
obs0.1264 153441 98.86 %-
all-154808 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→22.421 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6273 0 64 778 7115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0196788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8339251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8752521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.137966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4458-1.46220.25882310.20994106X-RAY DIFFRACTION84
1.4622-1.47940.22632310.18944671X-RAY DIFFRACTION94
1.4794-1.49740.20992280.17434741X-RAY DIFFRACTION97
1.4974-1.51640.2422800.19554750X-RAY DIFFRACTION98
1.5164-1.53630.21172600.16864924X-RAY DIFFRACTION99
1.5363-1.55740.18162410.14594866X-RAY DIFFRACTION100
1.5574-1.57960.18392580.12454887X-RAY DIFFRACTION100
1.5796-1.60320.14722590.11494882X-RAY DIFFRACTION100
1.6032-1.62820.14622720.10814908X-RAY DIFFRACTION100
1.6282-1.65490.15732720.11124846X-RAY DIFFRACTION100
1.6549-1.68350.16352920.1124835X-RAY DIFFRACTION100
1.6835-1.71410.14812720.11354903X-RAY DIFFRACTION100
1.7141-1.7470.16272520.12094914X-RAY DIFFRACTION100
1.747-1.78270.14342460.10874883X-RAY DIFFRACTION99
1.7827-1.82140.15032790.10834843X-RAY DIFFRACTION99
1.8214-1.86380.14192580.10114898X-RAY DIFFRACTION100
1.8638-1.91030.14852860.09944858X-RAY DIFFRACTION99
1.9103-1.9620.13742600.10284867X-RAY DIFFRACTION99
1.962-2.01970.14412650.10584869X-RAY DIFFRACTION100
2.0197-2.08480.12952610.09884857X-RAY DIFFRACTION100
2.0848-2.15930.14682600.10074924X-RAY DIFFRACTION100
2.1593-2.24560.12912570.10384895X-RAY DIFFRACTION100
2.2456-2.34770.14192840.11064887X-RAY DIFFRACTION100
2.3477-2.47140.15062350.11464927X-RAY DIFFRACTION100
2.4714-2.6260.14462590.12364948X-RAY DIFFRACTION100
2.626-2.82840.15072170.12944929X-RAY DIFFRACTION100
2.8284-3.11230.15772430.13454954X-RAY DIFFRACTION100
3.1123-3.56120.16482710.13714944X-RAY DIFFRACTION100
3.5612-4.48080.12582410.12874970X-RAY DIFFRACTION100
4.4808-22.42420.15622380.14895047X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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