PDB-4l8t: Structure of the Cargo Binding Domain from Human Myosin Vc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l8t

タイトル

Structure of the Cargo Binding Domain from Human Myosin Vc

要素

Unconventional myosin-Vc

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / C-terminal globular tail / vesicles / intracellular traffic

機能・相同性

機能・相同性情報

myosin complex / microfilament motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / calmodulin binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Nascimento, A.F.Z. / Tonoli, C.C.C. / Trindade, D.M. / Assis, L.H.P. / Mahajan, P. / Berridge, G. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Murakami, M.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Insights into Functional Overlapping and Differentiation among Myosin V Motors.
著者: Nascimento, A.F. / Trindade, D.M. / Tonoli, C.C. / de Giuseppe, P.O. / Assis, L.H. / Honorato, R.V. / de Oliveira, P.S. / Mahajan, P. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Larson, R.E. / Murakami, M.T.

履歴

登録	2013年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.2	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l8t.cif.gz	168.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l8t.ent.gz	136.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j5lC 4j5mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wb8-6 3wb8-1 3wb8-3 4lx1-1 6ku0-2 4lx2-d 4lnz-d 3wb8-4 1qfe-d 3wb8-8 4i33-d 5mll-d 4j5l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (10) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (7) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (10)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (7)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (2)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)
#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Unconventional myosin-Vc

51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.399, 116.399, 114.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

#1: タンパク質	Unconventional myosin-Vc 分子量: 51515.258 Da / 分子数: 1 / 断片: Cargo Binding Domain (UNP residues 1319-1742) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO5C / プラスミド: pNIC28-Bsa4-BR1-D10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: Q9NQX4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.1M CAPS, 2M NH4SO4, 0.2M Li2SO4, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日
放射	モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→90 Å / Num. all: 17192 / Num. obs: 17097 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.55 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
NatXray		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.95→47.068 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 2 / 位相誤差: 33.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2742	865	5.07 %	Random
R_work	0.2221	-	-	-
obs	0.2247	17073	99.35 %	-
all	-	17194	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→47.068 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2950	0	0	7	2957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.754	4058
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.617	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	516

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.1346	0.437	165	0.3695	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1346-3.3765	0.3894	138	0.3153	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3765-3.7162	0.3252	117	0.2518	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7162-4.2536	0.2688	171	0.1952	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2536-5.3579	0.2229	140	0.1879	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3579-47.0742	0.2438	134	0.2031	2851	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8804	4.5296	1.0092	3.125	-0.5641	6.5401	-0.3453	1.1363	-1.2162	-1.4096	0.4197	-2.1141	0.5482	1.1846	-0.1326	1.0613	0.2611	0.1782	1.9808	-0.3212	1.3307	49.1547	-47.5038	-4.767
2	9.6417	1.2454	2.412	2.6959	2.2228	2.1584	2.5332	0.9372	-0.6304	-2.0619	-0.6461	-3.2064	1.3039	-2.1956	-1.4222	1.2797	0.4821	-0.1377	1.2464	0.0697	1.4407	42.3385	-56.2737	9.5
3	4.8262	2.9766	-4.3608	2.5232	-3.1904	4.4472	-1.371	-1.1456	-0.7229	0.502	1.8237	-0.8657	0.6204	-4.5118	-1.0959	1.1452	-0.1198	0.0546	1.8487	0.2355	1.0671	41.2108	-48.5102	12.5058
4	5.9266	4.8499	-3.803	5.0777	-0.8539	7.6139	-0.8754	2.0788	0.7186	-1.2676	1.7762	-0.2347	-0.4262	-0.0927	-0.8629	1.1525	0.1024	0.0322	1.9823	0.0133	1.1658	43.8852	-41.0998	-7.602
5	5.2221	5.6881	-5.3327	6.1261	-5.7404	5.5339	-0.6011	0.1209	-1.65	0.2039	-0.1621	-2.8658	1.6922	-0.7031	0.806	1.5784	0.1767	-0.0786	2.0403	-0.198	1.3691	32.0249	-57.5024	-1.2965
6	7.5146	5.7961	0.6777	4.3896	0.334	2.3162	-0.1808	0.6709	0.8609	-0.4129	0.1378	0.4101	-0.5828	-0.4626	-0.0284	1.0112	0.1246	0.1595	1.4574	0.0219	0.9126	33.6877	-38.054	1.2598
7	4.0896	3.3278	2.2818	5.3805	4.7049	4.2859	2.5106	-0.2912	0.844	2.2068	2.0817	-0.0519	-2.6536	-0.6889	-3.8631	2.1443	-0.3493	0.3374	1.91	0.0939	1.4352	41.6151	-28.6718	3.3416
8	2.3075	-2.2572	-0.5043	7.533	2.7821	1.7601	2.2856	0.899	0.0482	-0.8313	-0.9043	-1.345	-0.1417	-0.7693	-0.9927	2.2736	0.268	-0.153	2.2904	0.0734	1.778	34.9412	-35.4852	-10.5579
9	6.2012	2.7802	-2.4188	3.9878	-3.1939	2.871	-0.1803	2.0057	0.2998	-0.7485	1.1006	0.5448	0.8745	-1.1038	-0.7613	1.2362	0.0873	0.0685	1.5096	-0.1714	0.9021	22.3404	-53.4356	1.0385
10	3.8038	-3.2218	-3.183	5.078	3.6847	3.3261	0.2686	-1.6445	0.0941	0.2019	-0.609	-0.3325	1.2567	-0.0757	0.4974	1.5299	0.094	-0.1778	2.2948	-0.0577	1.3685	6.5897	-65.7094	20.8779
11	8.2568	6.0775	-3.4907	4.9961	-4.3756	7.019	-0.3788	2.1872	-0.726	0.7748	1.3414	-1.4946	0.7998	-1.6668	-0.901	1.1647	0.1984	-0.2451	2.0645	-0.0037	1.3801	18.6023	-60.4341	19.1971
12	8.3497	2.1137	2.6544	2.7742	-0.9576	2.5915	-0.0859	-0.1654	0.0905	-0.1594	0.1827	-0.1131	-0.3686	-0.587	-0.2217	1.3674	-0.0312	-0.0066	1.8495	-0.0578	0.7633	15.998	-52.4988	11.1209
13	5.0661	2.4649	-1.8504	7.3957	-3.1296	2.9365	0.7767	-2.6638	-0.8215	0.2709	-0.2454	-0.2652	0.2502	-1.1487	-0.514	1.5446	-0.2017	-0.0369	2.3058	0.145	1.001	4.572	-57.2421	21.9204
14	3.8381	3.0024	2.5464	3.0787	1.9487	8.964	0.0974	-0.4064	1.2069	0.7242	-0.1646	0.7424	-1.2274	0.2525	-0.0999	1.6641	0.1838	0.0704	1.8933	0.0295	1.1341	10.0943	-46.267	16.9881
15	9.7626	5.9601	-6.5044	9.1545	-0.2487	7.0186	2.2759	-1.6945	0.9296	1.6654	-0.4574	0.6215	-1.0258	-0.2534	-1.2927	1.5485	0.3473	0.0551	2.6054	0.2592	1.0754	-10.9168	-52.682	19.682
16	4.7109	-3.7398	-5.5146	3.2628	4.0576	8.7898	0.0204	-1.1666	0.688	0.7153	-0.1923	0.5615	-0.4298	0.1971	0.5282	1.1671	0.1622	-0.1089	2.1317	-0.0228	1.1474	-9.9705	-48.1509	12.9605
17	4.9553	-2.3107	-6.7203	3.483	1.1348	2.0098	-1.1095	-0.8251	0.7632	0.9493	1.7706	-0.3201	1.7645	-1.0001	-1.0505	1.5913	-0.044	-0.2137	2.3116	0.1579	1.5895	-12.3717	-62.6192	19.4971
18	6.9903	-2.8498	4.1535	3.6944	-1.8323	9.7656	-0.4636	-0.5083	0.4106	-0.6318	2.5042	1.6694	1.6149	-0.798	-1.4626	1.4017	-0.204	-0.1059	2.4048	0.0303	0.9581	-16.7287	-50.4632	8.117
19	9.7783	5.6089	1.7082	4.0996	1.3471	2.0251	0.4047	-0.024	0.6937	0.5258	-0.3839	0.1174	0.2123	-1.0447	-0.0412	1.2852	0.1057	0.0263	2.1764	-0.0189	1.1206	13.7517	-47.9204	3.0846
20	8.5474	2.0813	-1.1377	8.3418	-4.2405	7.5143	0.2503	-0.4321	-0.4038	0.754	0.1059	-0.9052	-0.0118	0.998	-0.1651	1.2859	-0.0265	-0.0064	1.4436	-0.0996	1.2961	50.0458	-44.384	4.3443

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1359:1381)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 1382:1387)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 1388:1394)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 1395:1422)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 1423:1442)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 1443:1466)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 1467:1478)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 1479:1486)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 1487:1509)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 1510:1523)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 1545:1559)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 1560:1593)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 1594:1619)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 1620:1635)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 1636:1648)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 1649:1667)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 1668:1683)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 1684:1700)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 1701:1721)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 1722:1742)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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