PDB-4l7z: Crystal Structure of Chloroflexus aurantiacus malyl-CoA lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l7z

タイトル

Crystal Structure of Chloroflexus aurantiacus malyl-CoA lyase

要素

HpcH/HpaI aldolase

キーワード

LYASE / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

malyl-CoA lyase / carbon fixation by 3-hydroxypropionate cycle / L-erythro-3-methylmalyl-CoA lyase activity / malyl-CoA lyase activity / (S)-citramalyl-CoA lyase / (S)-citramalyl-CoA lyase activity / oxaloacetate metabolic process / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.502 Å

データ登録者

Zarzycki, J. / Kerfeld, C.A.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: The crystal structures of the tri-functional Chloroflexus aurantiacus and bi-functional Rhodobacter sphaeroides malyl-CoA lyases and comparison with CitE-like superfamily enzymes and malate synthases.
著者: Zarzycki, J. / Kerfeld, C.A.

履歴

登録	2013年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l7z.cif.gz	409.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l7z.ent.gz	336.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l7z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l7z_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l7z_full_validation.pdf.gz	475.9 KB	表示
XML形式データ	4l7z_validation.xml.gz	77.3 KB	表示
CIF形式データ	4l7z_validation.cif.gz	108.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/4l7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/4l7z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l80C 4l9ySC 4l9zC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kkh-1 6kkh-2 6kin-d 6s7j-2 2o7d-1 3kdz-2 2o78-1 3czo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HpcH/HpaI aldolase

B: HpcH/HpaI aldolase

C: HpcH/HpaI aldolase

D: HpcH/HpaI aldolase

E: HpcH/HpaI aldolase

F: HpcH/HpaI aldolase

ヘテロ分子

231 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.552, 157.815, 168.112
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-467- HOH

#1: タンパク質	HpcH/HpaI aldolase / malyl-CoA lyase 分子量: 38415.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus (バクテリア) 株: OK-70-fl / 遺伝子: Caur_0174, mcl / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A9WC35, UniProt: S5N020*PLUS, malyl-CoA lyase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 985 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 1 part protein solution (3.5 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 2 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride) + 1 part buffer (60 mM Bis-Tris propane/citric acid, pH 6.6, 20% w/v PEG3350, 20 ...詳細: 1 part protein solution (3.5 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 2 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride) + 1 part buffer (60 mM Bis-Tris propane/citric acid, pH 6.6, 20% w/v PEG3350, 20 mM magnesium chloride), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.73 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 1 part protein solution (3.5 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 2 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride) + 1 part buffer (60 mM Bis-Tris propane/citric acid, pH 6.6, 20% w/v PEG3350, 20 ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月21日

放射

モノクロメーター: Asymmetric curved crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9765 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.502→38.535 Å / Num. all: 88943 / Num. obs: 88943 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / R_sym value: 0.155 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.502-2.64	5.4	0.685	1.1	67153	12526	0.685	97.3
2.64-2.8	6.7	0.606	1.2	81444	12203	0.606	100
2.8-2.99	6.7	0.414	1.8	76646	11511	0.414	100
2.99-3.23	6.8	0.282	2.7	72678	10723	0.282	100
3.23-3.54	6.8	0.19	4	67386	9876	0.19	100
3.54-3.96	6.7	0.126	6	60676	8993	0.126	100
3.96-4.57	6.7	0.081	9.2	52959	7963	0.081	100
4.57-5.59	6.6	0.067	10.7	44913	6782	0.067	100
5.59-7.91	6.5	0.062	11.6	34616	5322	0.062	100
7.91-38.535	6.4	0.038	15.6	19544	3044	0.038	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	38.54 Å
Translation	3 Å	38.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.2_1303	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4L9Y

4l9y

解像度: 2.502→38.535 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.8 / 位相誤差: 27.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	1992	2.26 %
R_work	0.1904	-	-
obs	0.1914	88820	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.76 Å² / B_iso mean: 21.7119 Å² / B_iso min: 4.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.502→38.535 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15960	0	16	985	16961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	16370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.597	22239
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	2444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2911
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.392	6047

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.502-2.5333	0.4986	114	0.3716	5231	5345	84
2.5333-2.5666	0.3745	113	0.3153	6074	6187	98
2.5666-2.6017	0.2834	161	0.2681	6187	6348	100
2.6017-2.6389	0.3234	155	0.262	6187	6342	100
2.6389-2.6783	0.3538	161	0.253	6239	6400	100
2.6783-2.7201	0.2889	129	0.2484	6189	6318	100
2.7201-2.7647	0.2955	122	0.2517	6226	6348	100
2.7647-2.8124	0.3218	190	0.2614	6106	6296	100
2.8124-2.8635	0.33	126	0.251	6182	6308	100
2.8635-2.9186	0.2691	141	0.2317	6226	6367	100
2.9186-2.9781	0.3204	141	0.2291	6212	6353	100
2.9781-3.0428	0.2973	162	0.2248	6215	6377	100
3.0428-3.1136	0.3217	123	0.2204	6204	6327	100
3.1136-3.1914	0.2886	138	0.2162	6162	6300	100
3.1914-3.2777	0.2786	167	0.2013	6181	6348	100
3.2777-3.3741	0.2629	125	0.2126	6207	6332	100
3.3741-3.4829	0.2378	151	0.2015	6177	6328	100
3.4829-3.6073	0.2457	141	0.1925	6232	6373	100
3.6073-3.7516	0.2119	150	0.1696	6171	6321	100
3.7516-3.9222	0.2214	140	0.1648	6227	6367	100
3.9222-4.1287	0.2088	141	0.1568	6221	6362	100
4.1287-4.3871	0.1693	143	0.1405	6199	6342	100
4.3871-4.7253	0.1504	129	0.1315	6180	6309	100
4.7253-5.1998	0.1585	149	0.1346	6199	6348	100
5.1998-5.9498	0.2098	144	0.1503	6204	6348	100
5.9498-7.4871	0.1985	147	0.1683	6182	6329	100
7.4871-38.54	0.1391	146	0.1403	6189	6335	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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