PDB-4l7m: Crystal structure of the archaeal HEAT-like repeats protein TON_1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l7m

タイトル

Crystal structure of the archaeal HEAT-like repeats protein TON_1937 from Thermococcus onnurineus NA1

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / HEAT-repeats / Hypothetical

機能・相同性

Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermococcus onnurineus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.002 Å

データ登録者

Kim, Y.G. / Jeong, J.H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the archaeal HEAT-like repeats protein TON_1937 from Thermococcus onnurineus NA1
著者: Kim, Y.G. / Jeong, J.H.

履歴

登録	2013年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2013年7月10日	ID: 3B2A
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l7m.cif.gz	207.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l7m.ent.gz	175.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l7m_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l7m_full_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示
XML形式データ	4l7m_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	4l7m_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/4l7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/4l7m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6s9m-1 6s9n-2 6s9m-6 6s9l-2 5mfh-3 5aei-1 5aei-3 5aei-2 6s9n-3 5mfe-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.911, 42.445, 77.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.07, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / TON_1937 分子量: 30418.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (古細菌) / 株: NA1 / 遺伝子: Thermococcus Onnurineus, TON_1937 / プラスミド: pProExHTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: B6YW62
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.05 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.8M ammonium acetate, 8% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: a silicon double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 38857 / % possible obs: 93.96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 6.4 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.23 Å² / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 26.5
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.211 / % possible all: 85.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.002→28.5 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2358	3720	5.27 %	Random
R_work	0.2018	-	-	-
obs	0.2036	38857	93.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.002→28.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4106	0	12	65	4183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	5636
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.27	1600
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	704
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	702

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0023-2.0276	0.3277	125	0.2644	2165	82
2.0276-2.0543	0.3039	122	0.258	2270	88
2.0543-2.0824	0.2706	123	0.2452	2311	88
2.0824-2.1122	0.3381	130	0.246	2389	88
2.1122-2.1437	0.2762	129	0.2377	2347	90
2.1437-2.1772	0.2703	130	0.2359	2343	91
2.1772-2.2129	0.254	139	0.2232	2443	91
2.2129-2.251	0.2648	139	0.2206	2493	93
2.251-2.2919	0.2464	135	0.2373	2395	93
2.2919-2.336	0.2985	141	0.2133	2494	93
2.336-2.3836	0.239	134	0.2069	2489	94
2.3836-2.4354	0.2747	135	0.2066	2458	94
2.4354-2.4921	0.2304	140	0.2147	2552	95
2.4921-2.5544	0.233	141	0.2061	2461	96
2.5544-2.6234	0.2523	143	0.2106	2534	96
2.6234-2.7005	0.2454	134	0.2311	2537	96
2.7005-2.7876	0.2739	145	0.2316	2563	97
2.7876-2.8871	0.2702	143	0.2209	2507	97
2.8871-3.0026	0.2859	143	0.2405	2568	97
3.0026-3.1391	0.3109	144	0.2486	2591	97
3.1391-3.3044	0.2735	138	0.2219	2561	97
3.3044-3.5111	0.229	151	0.2204	2593	97
3.5111-3.7816	0.23	142	0.1953	2554	98
3.7816-4.1611	0.2186	143	0.1727	2578	98
4.1611-4.7608	0.1796	147	0.1472	2595	98
4.7608-5.9889	0.1827	146	0.187	2605	98
5.9889-28.5033	0.1713	138	0.1548	2454	93

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -23.9389 Å / Origin y: 8.9465 Å / Origin z: -0.205 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1938 Å²	-0.0019 Å²	-0.0186 Å²	-	0.2086 Å²	-0.0124 Å²	-	-	0.2112 Å²
L	0.2555 °²	-0.0034 °²	-0.1383 °²	-	0.265 °²	-0.1829 °²	-	-	0.568 °²
S	-0.0208 Å °	-0.0517 Å °	0.0472 Å °	0.0298 Å °	0.0298 Å °	0.0271 Å °	-0.043 Å °	-0.0348 Å °	-0.0167 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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