[日本語] English
万見
- PDB-4l62: Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa transcriptional regul... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l62
タイトルCrystal Structure of Pseudomonas aeruginosa transcriptional regulator PA2196 bound to its operator DNA
要素
  • (DNA (25-MER)) x 2
  • Transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA binding / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Choe, J.W. / Kim, Y.W.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa transcriptional regulator PA2196 bound to its operator DNA.
著者: Kim, Y. / Kang, Y. / Choe, J.
履歴
登録2013年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
C: Transcriptional regulator
D: Transcriptional regulator
E: Transcriptional regulator
F: Transcriptional regulator
G: Transcriptional regulator
H: Transcriptional regulator
I: Transcriptional regulator
J: Transcriptional regulator
K: Transcriptional regulator
L: Transcriptional regulator
M: Transcriptional regulator
N: Transcriptional regulator
O: Transcriptional regulator
P: Transcriptional regulator
Q: DNA (25-MER)
R: DNA (25-MER)
S: DNA (25-MER)
T: DNA (25-MER)
U: DNA (25-MER)
V: DNA (25-MER)
W: DNA (25-MER)
X: DNA (25-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)402,19124
ポリマ－402,19124
非ポリマー00
水3,765209
1
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
C: Transcriptional regulator
D: Transcriptional regulator
Q: DNA (25-MER)
R: DNA (25-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5486
ポリマ－100,5486
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13920 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area36650 Å2
手法PISA
2
E: Transcriptional regulator
F: Transcriptional regulator
G: Transcriptional regulator
H: Transcriptional regulator
S: DNA (25-MER)
T: DNA (25-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5486
ポリマ－100,5486
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13890 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area36630 Å2
手法PISA
3
I: Transcriptional regulator
J: Transcriptional regulator
K: Transcriptional regulator
L: Transcriptional regulator
U: DNA (25-MER)
V: DNA (25-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5486
ポリマ－100,5486
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13840 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area37010 Å2
手法PISA
4
M: Transcriptional regulator
N: Transcriptional regulator
O: Transcriptional regulator
P: Transcriptional regulator
W: DNA (25-MER)
X: DNA (25-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5486
ポリマ－100,5486
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13920 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area36350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.994, 211.994, 282.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator


分子量: 21298.189 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA2196 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I1S1
#2: DNA鎖
DNA (25-MER)


分子量: 7663.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖
DNA (25-MER)


分子量: 7690.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.79M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A)
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 162384 / % possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→19.954 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 8134 5.01 %
Rwork0.1975 --
obs0.1996 162245 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.954 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23648 4064 0 209 27921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01328676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.91339532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.30910992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0944280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.896-2.92880.39432750.32834986X-RAY DIFFRACTION99
2.9288-2.96320.38222540.31545148X-RAY DIFFRACTION100
2.9632-2.99920.37552870.30575077X-RAY DIFFRACTION100
2.9992-3.0370.36572520.29895098X-RAY DIFFRACTION100
3.037-3.07690.35612740.2765100X-RAY DIFFRACTION100
3.0769-3.11890.30362660.27295097X-RAY DIFFRACTION100
3.1189-3.16320.33132810.27635092X-RAY DIFFRACTION100
3.1632-3.21030.3142650.27165129X-RAY DIFFRACTION100
3.2103-3.26020.29482570.24565085X-RAY DIFFRACTION100
3.2602-3.31340.26162870.22725116X-RAY DIFFRACTION100
3.3134-3.37030.30062560.23345120X-RAY DIFFRACTION100
3.3703-3.43130.26322570.21815133X-RAY DIFFRACTION100
3.4313-3.4970.2642910.2195060X-RAY DIFFRACTION100
3.497-3.56790.30242520.22985140X-RAY DIFFRACTION100
3.5679-3.64510.26962820.22925125X-RAY DIFFRACTION100
3.6451-3.72930.27232550.20945110X-RAY DIFFRACTION100
3.7293-3.8220.2562680.20485129X-RAY DIFFRACTION100
3.822-3.92450.24722660.19335155X-RAY DIFFRACTION100
3.9245-4.03910.22612520.18235096X-RAY DIFFRACTION100
4.0391-4.16830.20982760.16915153X-RAY DIFFRACTION100
4.1683-4.31590.20172730.15465129X-RAY DIFFRACTION100
4.3159-4.48680.20352550.15565147X-RAY DIFFRACTION100
4.4868-4.68850.19792750.15685174X-RAY DIFFRACTION100
4.6885-4.93210.18472810.15235142X-RAY DIFFRACTION100
4.9321-5.23590.1872420.15425198X-RAY DIFFRACTION100
5.2359-5.63170.20282760.1615170X-RAY DIFFRACTION100
5.6317-6.18310.21252850.18435196X-RAY DIFFRACTION100
6.1831-7.04320.24782730.19885235X-RAY DIFFRACTION100
7.0432-8.74740.17553020.1655245X-RAY DIFFRACTION100
8.7474-19.95430.17453190.16575326X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る