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- PDB-4l59: Crystal structure of the 3-MBT repeat domain of L3MBTL3 and UNC25... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l59
タイトルCrystal structure of the 3-MBT repeat domain of L3MBTL3 and UNC2533 complex
要素Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / 3-MBT repeat domain / L3MBTL3 / UNC2533 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


methylation-dependent protein binding / granulocyte differentiation / : / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / erythrocyte maturation / macrophage differentiation / chromatin organization / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding ...methylation-dependent protein binding / granulocyte differentiation / : / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / erythrocyte maturation / macrophage differentiation / chromatin organization / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. ...Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1VZ / Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Zhong, N. / Dong, A. / Ravichandran, M. / Camerino, M.A. / Dickson, B.M. / James, L.I. / Baughman, B.M. / Norris, J.L. / Kireev, D.B. / Janzen, W.P. ...Zhong, N. / Dong, A. / Ravichandran, M. / Camerino, M.A. / Dickson, B.M. / James, L.I. / Baughman, B.M. / Norris, J.L. / Kireev, D.B. / Janzen, W.P. / Graslund, S. / Frye, S.V. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Medchemcomm / 年: 2013
タイトル: The structure-activity relationships of L3MBTL3 inhibitors: flexibility of the dimer interface.
著者: Camerino, M.A. / Zhong, N. / Dong, A. / Dickson, B.M. / James, L.I. / Baughman, B.M. / Norris, J.L. / Kireev, D.B. / Janzen, W.P. / Arrowsmith, C.H. / Frye, S.V.
履歴
登録2013年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.22013年12月25日Group: Structure summary
改定 1.32018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,07315
ポリマ－36,6501
非ポリマー42414
水1,44180
1
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
ヘテロ分子

A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,14630
ポリマ－73,2992
非ポリマー84728
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area2800 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area29830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.798, 104.798, 110.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3 / H-l(3)mbt-like protein 3 / L(3)mbt-like protein 3 / MBT-1


分子量: 36649.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: L3MBTL3, KIAA1798, MBT1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q96JM7
#2: 化合物 ChemComp-1VZ / 4-(pyrrolidin-1-yl)-1-{4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]phenyl}piperidine


分子量: 327.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H33N3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M Na Citrate, 0.1M HEPES pH7.5, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. all: 31431 / Num. obs: 31431 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 45.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 33.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.872 / Num. unique all: 1571 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FL6

4fl6


解像度: 2.29→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2266 / WRfactor Rwork: 0.1967 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7849 / SU B: 5.93 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.1747 / SU Rfree: 0.1684 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1000 3.2 %RANDOM
Rwork0.2116 ---
all0.2128 31414 --
obs0.2128 31414 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.13 Å2 / Biso mean: 51.4849 Å2 / Biso min: 29.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å2-1.08 Å20 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3---3.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2431 0 41 80 2552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192551
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.391.933488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0183.0085140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4195304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.09123.983118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80115353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.925158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02613
LS精密化 シェル解像度: 2.294→2.354 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 70 -
Rwork0.308 2062 -
all-2132 -
obs--90.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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