[日本語] English
万見
- PDB-4l4u: Crystal structure of construct containing A. aeolicus NtrC1 recei... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l4u
タイトルCrystal structure of construct containing A. aeolicus NtrC1 receiver, central and DNA binding domains
要素Transcriptional regulator (NtrC family)
キーワードPROTEIN BINDING / Receiver domain / AAA+ ATPase domain / Transcriptional initiation / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator (NtrC family)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vidangos, N.K. / Maris, A.E. / Young, A. / Hong, E. / Pelton, J.G. / Batchelor, J.D. / Wemmer, D.E.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2013
タイトル: Structure, function, and tethering of DNA-binding domains in sigma (54) transcriptional activators.
著者: Vidangos, N. / Maris, A.E. / Young, A. / Hong, E. / Pelton, J.G. / Batchelor, J.D. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2013年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator (NtrC family)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2301
ポリマ－51,2301
非ポリマー00
水2,846158
1
A: Transcriptional regulator (NtrC family)

A: Transcriptional regulator (NtrC family)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4592
ポリマ－102,4592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_757-x+2,y,-z+5/21
Buried area9360 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area32920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.421, 107.010, 98.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-540-

HOH

21A-599-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator (NtrC family)


分子量: 51229.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: ntrC1, aq_1117 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67198
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.8 Å / Num. all: 27687 / Num. obs: 27022 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.3_928) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.8 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2485 1313 4.86 %RANDOM
Rwork0.2129 ---
obs0.2147 27021 97.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.614 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0431 Å20 Å2-0 Å2
2--7.2439 Å20 Å2
3----0.2008 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3115 0 0 158 3273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6964247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0051239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.2880.27551470.26562742X-RAY DIFFRACTION95
2.288-2.3920.2521500.24932787X-RAY DIFFRACTION96
2.392-2.51790.291300.2482817X-RAY DIFFRACTION97
2.5179-2.67530.2621520.24842844X-RAY DIFFRACTION98
2.6753-2.88130.28741480.24922827X-RAY DIFFRACTION98
2.8813-3.17020.28311690.22772851X-RAY DIFFRACTION98
3.1702-3.62650.23461370.20892901X-RAY DIFFRACTION99
3.6265-4.55980.22531260.17932941X-RAY DIFFRACTION99
4.5598-19.83830.231540.19932998X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る