PDB-4l4s: Structural characterisation of the NADH binary complex of human l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l4s

タイトル

Structural characterisation of the NADH binary complex of human lactate dehydrogenase M isozyme

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Glycolysis / anaerobic respiration

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Dempster, S. / Harper, S. / Moses, J.E. / Dreveny, I.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural characterization of the apo form and NADH binary complex of human lactate dehydrogenase.
著者: Dempster, S. / Harper, S. / Moses, J.E. / Dreveny, I.

履歴

登録	2013年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Structure summary
改定 1.2	2014年6月4日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l4s.cif.gz	267.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l4s.ent.gz	218.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l4rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tnp-d 6b4i-d 31178 1pl8-d 5n2j-2 1pl6-d 5n2j-1 6owt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

H: L-lactate dehydrogenase A chain

A: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

76.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: L-lactate dehydrogenase A chain

A: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

H: L-lactate dehydrogenase A chain

A: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.317, 84.317, 276.691
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59 分子量: 37674.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.31 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10 % PEG 8000, 100 mM HEPES, 20 % ethylene glycol, 10 % acetonitrile, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL

放射

散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9173 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→84.317 Å / Num. all: 23067 / Num. obs: 23067 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 43.37 Å² / R_sym value: 0.203 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.9-3.06	5.6	0.771	1	18405	3265	0.771	99.9
3.06-3.24	5.9	0.583	1.3	18422	3135	0.583	100
3.24-3.47	6	0.381	1.9	17400	2921	0.381	99.9
3.47-3.74	5.9	0.266	2.7	16242	2759	0.266	100
3.74-4.1	5.4	0.182	3.9	13815	2540	0.182	99.5
4.1-4.59	5.6	0.118	6.2	13062	2333	0.118	99.9
4.59-5.29	5.9	0.112	6.5	12177	2066	0.112	100
5.29-6.48	5.6	0.13	5.6	10137	1795	0.13	100
6.48-9.17	5.1	0.081	8.7	7156	1417	0.081	99.6
9.17-29.191	5.4	0.052	12.3	4520	836	0.052	97.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 34.42 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.9 Å	29.19 Å
Translation	2.9 Å	29.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX	1.7.3_928	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→29.191 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	1183	5.14 %
R_work	0.1849	-	-
obs	0.188	23011	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 17.59 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.65 Å² / B_iso mean: 39.1416 Å² / B_iso min: 4.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.5568 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.5568 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-9.1137 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.191 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5134	0	88	37	5259

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6788	-2.1505	1.2912	5.3061	0.1265	1.0011	0.7	0.5343	-0.6935	-1.221	-0.0594	0.2022	0.3709	0.2905	-0.5877	0.737	-0.0937	0.0434	0.329	-0.0681	0.3497	31.2414	-53.0985	21.145
2	1.2507	-0.1967	0.5399	1.1624	0.3102	0.7026	0.0069	0.1439	-0.1641	-0.1891	0.013	-0.0949	0.1118	0.0303	0.0031	0.1199	0.0315	0.0079	0.1567	-0.0738	-0.0255	29.2822	-30.9323	14.6045
3	2.2429	-0.8245	-0.3268	6.4033	-2.85	6.3198	0.1243	0.2825	0.3243	-0.1548	-0.0547	-0.3269	-0.7603	0.1262	-0.0644	0.1551	-0.0003	0.079	0.203	-0.0507	0.0435	20.7178	-19.3603	-0.1036
4	0.5557	0.0595	0.0321	0.1047	0.1334	0.8918	-0.0346	0.0575	0.1266	-0.0772	0.0002	0.0704	-0.1224	-0.0113	0.0277	0.0206	-0.0791	-0.0575	0.0516	-0.0452	0.0194	13.9049	-11.2687	20.2937
5	3.1187	-1.0691	-0.4013	3.9608	1.7746	0.7975	0.0338	0.4473	0.0195	-0.2784	-0.0942	0.0621	-0.0135	-0.0777	-0.0044	0.1748	-0.0196	-0.1048	0.1185	0.0701	0.0779	5.7884	-7.3159	5.7565
6	0.4842	-1.1878	-0.771	3.0326	1.7568	1.3811	-0.2081	-0.3112	0.6056	0.1317	0.3421	-0.6866	-0.2282	0.3017	-0.1376	0.3639	-0.1022	0.0433	0.2216	-0.0825	0.2358	25.8498	-0.0545	43.7907
7	2.5738	-0.4215	0.7059	1.173	0.1322	1.1429	0.0234	-0.0895	0.0745	0.0068	-0.0461	-0.1925	-0.1534	0.1194	0.0507	0.0516	-0.0497	0.0209	0.1488	-0.0195	0.0821	38.3658	-11.5571	28.1725
8	2.3597	-1.1643	-1.9228	4.0134	1.8152	4.5337	-0.139	0.4533	-0.2291	-0.7146	-0.2515	0.1493	-0.0586	-0.0794	0.1028	0.1852	-0.0347	0.001	0.3696	-0.0462	0.1919	57.3511	-13.1492	20.8027
9	1.225	1.1351	-0.0303	1.4581	-0.19	1.1345	-0.0019	0.0386	-0.3449	-0.087	0.0274	-0.4704	0.3343	0.386	-0.0387	0.1873	0.0917	-0.0293	0.3233	-0.0469	0.1699	51.3788	-33.6737	27.5237
10	6.252	3.5126	-2.0463	7.1122	-1.0297	3.4462	0.2414	0.1239	0.0429	-0.1969	-0.1216	-0.7065	-0.0401	0.2445	-0.1142	0.1669	0.1454	0.0853	0.4829	-0.0621	0.4017	67.6619	-29.2571	24.7875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resseq 1:20)	H	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resseq 21:93)	H	21 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resseq 94:126)	H	94 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resseq 127:308)	H	127 - 308
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resseq 309:331)	H	309 - 331
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 1:20)	A	1 - 20
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 21:93)	A	21 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 94:126)	A	94 - 126
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 127:308)	A	127 - 308
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 309:331)	A	309 - 331

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