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- PDB-4l4r: Structural Characterisation of the Apo-form of Human Lactate Dehy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l4r
タイトルStructural Characterisation of the Apo-form of Human Lactate Dehydrogenase M Isozyme
要素L-lactate dehydrogenase A chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glycolysis / anaerobic respiration
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding ...L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dempster, S. / Harper, S. / Moses, J.E. / Dreveny, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural characterization of the apo form and NADH binary complex of human lactate dehydrogenase.
著者: Dempster, S. / Harper, S. / Moses, J.E. / Dreveny, I.
履歴
登録2013年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22018年6月13日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase A chain
H: L-lactate dehydrogenase A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3492
ポリマ－75,3492
非ポリマー00
水5,405300
1
A: L-lactate dehydrogenase A chain
H: L-lactate dehydrogenase A chain

A: L-lactate dehydrogenase A chain
H: L-lactate dehydrogenase A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,6984
ポリマ－150,6984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/41
Buried area21070 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area46850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.652, 84.652, 275.969
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-572-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59


分子量: 37674.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 8000, 100 mM HEPES pH 7.5, 20 % ethylene glycol, 10 % Acetonitrile, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.755 Å / Num. all: 56283 / Num. obs: 56283 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 30.17 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.1-2.215.70.4821.50.482174.8
2.21-2.356.80.3881.80.388193.7
2.35-2.516.90.2492.80.249198.2
2.51-2.716.70.1793.90.179199.4
2.71-2.976.50.1245.60.124197.4
2.97-3.326.90.0867.90.086199.6
3.32-3.836.70.05910.90.059199.7
3.83-4.76.40.041150.041198.5
4.7-6.646.60.03716.50.037199.9
6.64-29.75560.02622.20.026197.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 35.2 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.75 Å
Translation2.5 Å29.75 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
PHASER2.1.4位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1i10

1i10


解像度: 2.1→29.755 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1816 2847 5.06 %
Rwork0.1639 --
obs0.1648 56269 94.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.4352 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5134 0 0 300 5434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.097107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9591969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071831
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005894
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13620.2425980.19741799X-RAY DIFFRACTION65
2.1362-2.1750.23171020.1882034X-RAY DIFFRACTION72
2.175-2.21690.2181220.18412364X-RAY DIFFRACTION85
2.2169-2.26210.21821400.17992529X-RAY DIFFRACTION91
2.2621-2.31130.20311400.17012607X-RAY DIFFRACTION93
2.3113-2.3650.20121520.16562640X-RAY DIFFRACTION95
2.365-2.42410.21611340.16372727X-RAY DIFFRACTION97
2.4241-2.48960.21091550.15762773X-RAY DIFFRACTION99
2.4896-2.56290.18931600.15882732X-RAY DIFFRACTION99
2.5629-2.64550.18411440.15722798X-RAY DIFFRACTION99
2.6455-2.740.16831420.15092782X-RAY DIFFRACTION99
2.74-2.84970.20051400.15942653X-RAY DIFFRACTION94
2.8497-2.97920.17131280.16552817X-RAY DIFFRACTION99
2.9792-3.13610.20181600.16662809X-RAY DIFFRACTION99
3.1361-3.33240.20681550.17152804X-RAY DIFFRACTION99
3.3324-3.58930.18911520.15882839X-RAY DIFFRACTION100
3.5893-3.94980.15811490.15462865X-RAY DIFFRACTION100
3.9498-4.51960.14271590.14392823X-RAY DIFFRACTION98
4.5196-5.68770.17991470.16342949X-RAY DIFFRACTION100
5.6877-29.75750.16291680.18553078X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.1922 Å / Origin y: -21.0331 Å / Origin z: 21.8271 Å
111213212223313233
T0.1836 Å2-0.0328 Å2-0.0209 Å2-0.2172 Å20.013 Å2--0.1642 Å2
L0.911 °20.0366 °2-0.1179 °2-0.4295 °2-0.0876 °2--0.694 °2
S-0.0022 Å °0.0974 Å °0.0354 Å °-0.0627 Å °0.0414 Å °0.0974 Å °-0.0261 Å °-0.1806 Å °-0.0321 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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