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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l3h | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the E113Q-MauG/pre-Methylamine Dehydrogenase Complex After Treatment with Hydrogen Peroxide | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / electron transfer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity ...methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Paracoccus denitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Yukl, E.T. / Wilmot, C.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013 タイトル: Carboxyl Group of Glu113 Is Required for Stabilization of the Diferrous and Bis-Fe(IV) States of MauG. 著者: Abu Tarboush, N. / Yukl, E.T. / Shin, S. / Feng, M. / Wilmot, C.M. / Davidson, V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4l3h.cif.gz | 723.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4l3h.ent.gz | 597.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4l3h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4l3h_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4l3h_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4l3h_validation.xml.gz | 81.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4l3h_validation.cif.gz | 119.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/4l3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/4l3h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 抗体 / Methylamine dehydrogenase ... , 3種, 6分子 ABCEDF
#1: タンパク質 | 分子量: 41145.645 Da / 分子数: 2 / 変異: E113Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア) 株: Pd 1222 / 遺伝子: mauG, Pden_4736 / 発現宿主: Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 参照: UniProt: Q51658, 酸化還元酵素 #2: 抗体 | 分子量: 15025.595 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 58-188 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア) 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_4733 / 発現宿主: Rhodobacter spheroides (バクテリア) / 参照: UniProt: A1BBA0, EC: 1.4.99.3 #3: タンパク質 | 分子量: 42321.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア) 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_4730 / 発現宿主: Rhodobacter spheroides (バクテリア) / 参照: UniProt: A1BB97, EC: 1.4.99.3 |
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-非ポリマー , 7種, 1483分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-HEC / #6: 化合物 | ChemComp-NA / #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-PGE / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 0.1M MES pH 6.4, 0.1M sodium acetate, 24-30 % w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03313 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月28日 / 詳細: BIOMORPH MIRRORS (KIRKPATRICK-BAEZ CONFIGURATION) |
放射 | モノクロメーター: Si(111) Double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03313 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 168632 / Num. obs: 162378 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 19.97 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / % possible all: 83.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 3L4M 解像度: 1.79→44.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 5.765 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.525 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→44.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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