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万見
- PDB-4l2o: Crystal structure of human ALDH3A1 with its selective inhibitor 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l2o
タイトルCrystal structure of human ALDH3A1 with its selective inhibitor 1-(4-fluorophenyl)sulfonyl-2-methylbenzimidazole
要素Aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/Inhibitor / Catalyzes benzaldehyde / Rossmann fold / Dehydrogenase / NADP+ binding / OXIDOREDUCTASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] / 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / aldehyde metabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Phase I - Functionalization of compounds / xenobiotic metabolic process / lipid metabolic process ...aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] / 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / aldehyde metabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Phase I - Functionalization of compounds / xenobiotic metabolic process / lipid metabolic process / endoplasmic reticulum / extracellular space / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1DD / ACETATE ION / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Aldehyde dehydrogenase, dimeric NADP-preferring
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.937 Å
データ登録者Hurley, T.D. / Parajuli, B.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of human ALDH3A1 with its selective inhibitor 1-(4-fluorophenyl)sulfonyl-2-methylbenzimidazole
著者: Parajuli, B. / Hurley, T.D.
履歴
登録2013年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
E: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,30823
ポリマ－208,9834
非ポリマー4,32519
水16,358908
1
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,67312
ポリマ－104,4912
非ポリマー2,18210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11610 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area30950 Å2
手法PISA
2
E: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,63411
ポリマ－104,4912
非ポリマー2,1439
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11400 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area31340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.221, 90.916, 117.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABEG

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase / ALDHIII / Aldehyde dehydrogenase 3 / Aldehyde dehydrogenase family 3 member A1


分子量: 52245.738 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH3, ALDH3A1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30838, aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+]

-
非ポリマー , 5種, 927分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-1DD / 1-[(4-fluorophenyl)sulfonyl]-2-methyl-1H-benzimidazole / 1-(4-フルオロフェニルスルホニル)-2-メチル-1H-ベンゾイミダゾ-ル


分子量: 290.313 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11FN2O2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 908 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Potassium acetate, 20% PEG 3350, (4 microlitres of 4 mg/mL of ALDH3A1 + 4 microlitres of mother liquor), 1 mM NAD+, 1 mM compound solution, 1 DMSO, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9869 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月27日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.937→50 Å / Num. all: 132178 / Num. obs: 127287 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0.2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.937→1.98 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 6331 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3SZA

3sza


解像度: 1.937→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.411 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25047 6642 5 %RANDOM
Rwork0.21456 ---
obs0.21636 125475 95.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.032 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2 Å2-0 Å2-0.51 Å2
2--3.44 Å2-0 Å2
3----1.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.937→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13947 0 279 908 15134
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0214659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0321.99719946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.93251823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5124.525621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.649152536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2811582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.22231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02111006
LS精密化 シェル解像度: 1.937→1.987 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 434 -
Rwork0.245 8096 -
obs--85.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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