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万見
- PDB-4l2m: Crystal structure of the 2/2 hemoglobin from Synechococcus sp. PC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l2m
タイトルCrystal structure of the 2/2 hemoglobin from Synechococcus sp. PCC 7002 in the cyanomet state and with covalently attached heme
要素Cyanoglobin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / group I 2/2 hemoglobin / GlbN / trHbN / cyanomet hemoglobin / histidine-heme covalent linkage / truncated hemoglobin
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Truncated hemoglobin, group 1 / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / HEME B/C / Group 1 truncated hemoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Wenke, B.B. / Schlessman, J.L. / Heroux, A. / Lecomte, J.T.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: The 2/2 hemoglobin from the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7002 with covalently attached heme: Comparison of X-ray and NMR structures.
著者: Wenke, B.B. / Lecomte, J.T. / Heroux, A. / Schlessman, J.L.
履歴
登録2013年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Experimental preparation
改定 1.22013年9月18日Group: Database references
改定 1.32014年2月19日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanoglobin
B: Cyanoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0629
ポリマ－27,4852
非ポリマー1,5777
水66737
1
A: Cyanoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4834
ポリマ－13,7421
非ポリマー7413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cyanoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5795
ポリマ－13,7421
非ポリマー8374
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.622, 40.951, 66.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cyanoglobin


分子量: 13742.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: PCC 7002 / 遺伝子: glbN, SYNPCC7002_A1621 / プラスミド: pET3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RT58
#2: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1% v/v isopropanol, 2 M ammonium sulfate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月8日
詳細: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically-focusing at 6.6:1 demagnification
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 12396 / Num. obs: 12396 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.25-2.315.10.4563.898651.181100
2.31-2.375.80.4628591.056100
2.37-2.445.70.4268881.081100
2.44-2.526.10.3548781.016100
2.52-2.616.10.2998881.151100
2.61-2.715.80.2468821.13899.9
2.71-2.836.20.1918741.06100
2.83-2.985.90.1538761.076100
2.98-3.176.40.1258861.02499.9
3.17-3.4260.0978971.01899.9
3.42-3.766.20.0828731.016100
3.76-4.36.10.0738850.93999.8
4.3-5.426.10.0719081.012100
5.42-505.90.0879371.02599.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S69

1s69


解像度: 2.25→34.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.2914 / WRfactor Rwork: 0.2215 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7737 / SU B: 14.864 / SU ML: 0.228 / SU R Cruickshank DPI: 0.3919 / SU Rfree: 0.2782 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.392 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2881 609 5 %RANDOM
Rwork0.2179 ---
all0.2214 12279 --
obs0.2214 12279 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 106.81 Å2 / Biso mean: 46.3993 Å2 / Biso min: 20.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å21.32 Å2
2---1.16 Å2-0 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→34.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1934 0 105 37 2076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192080
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.72.0072832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75434422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6345244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.56824.717106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36815336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2021514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3362.941984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3372.94981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4594.3951224
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 47 -
Rwork0.246 846 -
all-893 -
obs-846 99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62330.9706-0.30674.95561.54151.43780.1236-0.0515-0.1296-0.0308-0.1234-0.1942-0.1041-0.0739-0.00020.1642-0.0207-0.0130.12520.03820.2617-6.7125-4.29829.0018
22.50140.058-0.97835.41782.09781.7206-0.07340.2223-0.0359-0.0862-0.01180.1495-0.10450.06210.08520.0801-0.0010.01920.12260.00260.1461-4.13691.694222.5916
32.05640.56240.45261.01540.15810.61060.023-0.0382-0.22590.0979-0.0978-0.0628-0.05780.21920.07480.09210.00110.03090.1820.03150.16094.0328-0.539329.4167
41.3489-0.95070.33342.5835-0.18080.5606-0.0138-0.04930.0198-0.1360.07590.0132-0.0148-0.0955-0.06210.18710.01970.03250.1221-0.00710.085516.6832-12.58782.6704
519.9764-6.985921.0643.087-4.578934.289-0.0601-0.32830.56570.0130.0421-0.3296-0.0072-0.56250.0180.252-0.1655-0.03050.36860.0630.17734.366-16.99076.5874
61.67480.4335-0.46772.3412-1.77191.75-0.0804-0.1702-0.0752-0.09450.1677-0.0952-0.0813-0.3002-0.08740.15670.0190.05770.22390.04540.099116.7686-13.620313.5064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2A33 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3A59 - 124
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5B61 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6B68 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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