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万見
- PDB-4l25: Crystal structure of DNA duplex containing consecutive T-T mispairs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l25
タイトルCrystal structure of DNA duplex containing consecutive T-T mispairs
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / T-T mispair / A-T-T triplet / non-helical DNA duplex
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Kondo, J. / Yamada, T. / Hirose, C. / Tanaka, Y. / Ono, A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Metallo DNA Duplex Containing Consecutive Watson-Crick-like T-Hg(II) -T Base Pairs
著者: Kondo, J. / Yamada, T. / Hirose, C. / Okamoto, I. / Tanaka, Y. / Ono, A.
履歴
登録2013年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3092
ポリマ－7,3092
非ポリマー00
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area3970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.340, 39.330, 30.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3654.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium Cacodylate, Spermine tetrahydrochloride, 2-methyl-2,4-pentanediol, ammonium chloride , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器日付: 2011年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→19.1 Å / Num. obs: 24441

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L26

4l26


解像度: 1.1→19.08 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 2409 9.2 %
Rwork0.2305 --
obs-24438 93.1 %
溶媒の処理Bsol: 50.0215 Å2
原子変位パラメータBiso max: 51.24 Å2 / Biso mean: 15.1144 Å2 / Biso min: 6.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.069 Å20 Å23.416 Å2
2---2.211 Å20 Å2
3---2.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→19.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 484 0 170 654
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.895
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.4622
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1-1.140.35212510.35272173242491.6
1.14-1.180.33172330.3192141237491.8
1.18-1.240.28162190.27562186240592.9
1.24-1.30.2842380.27752217245593.5
1.3-1.390.26252480.2692214246294.3
1.39-1.490.24822450.24322233247895.4
1.49-1.640.2442410.22622288252995.9
1.64-1.880.22322680.20392268253697.1
1.88-2.370.21842610.20442333259497.8
2.37-1000.22372050.21731976218181.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna_free.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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