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万見
- PDB-2l8e: Solution NMR structure of FCS domain of Human Polyhomeotic Homolo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l8e
タイトルSolution NMR structure of FCS domain of Human Polyhomeotic Homolog 1 (HPH1)
要素Polyhomeotic-like protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex / sex chromatin / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Transcriptional Regulation by E2F6 / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / cellular response to retinoic acid / SUMOylation of transcription cofactors ...PRC1 complex / sex chromatin / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Transcriptional Regulation by E2F6 / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / cellular response to retinoic acid / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / cellular response to leukemia inhibitory factor / Regulation of PTEN gene transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / nuclear body / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #160 / Unstructured region on Polyhomeotic-like protein 1 and 2 / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / : / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. ...Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #160 / Unstructured region on Polyhomeotic-like protein 1 and 2 / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / : / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyhomeotic-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ilangovan, U. / Kim, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1H, 15N and 13C assigned chemical shifts of FCS domain from human polyhomeotic homolog 1
著者: Wang, R. / Ilangovan, U. / Kim, C.
履歴
登録2011年1月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhomeotic-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5562
ポリマ－5,4901
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Polyhomeotic-like protein 1 / hPH1 / Early development regulatory protein 1


分子量: 5490.305 Da / 分子数: 1 / 断片: FCS-type zinc finger domain residues 783-828 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHC1, EDR1, PH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78364
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNHA
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-15N TOCSY
1522D 1H-13C HSQC
1623D CBCA(CO)NH
1723D HN(CA)CB
1823D C(CO)NH
1923D (H)CCH-TOCSY
1103ct-HSQC
1113hbcbcgcdhdgp
1123hbcbcgcdcehegp

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM [U-100% 15N] Zn bound FCS domain of hPh1, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Zn bound FCS domain of hPh1, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.5 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] Zn bound FCS domain of hPh1, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMZn bound FCS domain of hPh1-1[U-100% 15N]1
1.5 mMZn bound FCS domain of hPh1-2[U-95% 13C; U-95% 15N]2
1.5 mMZn bound FCS domain of hPh1-3[U-10% 13C; U-99% 15N]3
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
ARIA精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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