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- PDB-4l1j: Three dimensional structure of mutant D143A of human HD domain-co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l1j
タイトルThree dimensional structure of mutant D143A of human HD domain-containing protein 2, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR6723
要素
  • HD domain-containing protein 2
  • HD domain-containing protein 2 (Phosphorylate)
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / HDCC2 / Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 2 / NS5ATP2
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HD domain / 5'-deoxynucleotidase YfbR/HDDC2 / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 5'-deoxynucleotidase HDDC2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.824 Å
データ登録者Kuzin, A. / Su, M. / Yakunin, A. / Beloglazova, O. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Lee, D. / Brown, G. / Flick, R. ...Kuzin, A. / Su, M. / Yakunin, A. / Beloglazova, O. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Lee, D. / Brown, G. / Flick, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Three dimensional structure of mutant D143A of human HD domain-containing protein 2, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR6723
著者: Kuzin, A. / Su, M. / Yakunin, A. / Beloglazova, O. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Lee, D. / Brown, G. / Flick, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2013年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HD domain-containing protein 2
B: HD domain-containing protein 2 (Phosphorylate)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5809
ポリマ－47,5892
非ポリマー9917
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.991, 69.929, 105.778
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細dimer,61.27 kD,68.3%

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要素

#1: タンパク質 HD domain-containing protein 2 / Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 2 / HCV NS5A-transactivated protein 2


分子量: 23754.674 Da / 分子数: 1 / 変異: D143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q7Z4H3
#2: タンパク質 HD domain-containing protein 2 (Phosphorylate)


分子量: 23834.652 Da / 分子数: 1 / 変異: D143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q7Z4H3
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:Na2H2PO4 0.1M, MES 0.1M, PEG400 40%, microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月14日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 42001 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1269精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4DMB

4dmb


解像度: 1.824→35.383 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 19.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2014 1998 4.76 %
Rwork0.1756 --
obs0.1768 42001 96.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.824→35.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3097 0 52 246 3395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073242
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0474353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7631280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8244-1.870.2711010.2622077X-RAY DIFFRACTION71
1.87-1.92060.25331090.2252499X-RAY DIFFRACTION85
1.9206-1.97710.21591550.19742708X-RAY DIFFRACTION93
1.9771-2.04090.20761500.17212880X-RAY DIFFRACTION98
2.0409-2.11380.21211420.16862939X-RAY DIFFRACTION100
2.1138-2.19850.18331360.15532913X-RAY DIFFRACTION100
2.1985-2.29850.18651510.15572971X-RAY DIFFRACTION100
2.2985-2.41970.21321490.16192939X-RAY DIFFRACTION100
2.4197-2.57120.20531490.16972943X-RAY DIFFRACTION100
2.5712-2.76970.20061500.17222956X-RAY DIFFRACTION100
2.7697-3.04820.23891500.1912986X-RAY DIFFRACTION100
3.0482-3.4890.19741530.18892991X-RAY DIFFRACTION100
3.489-4.39450.16611470.15963037X-RAY DIFFRACTION100
4.3945-35.38980.20971560.17833164X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.048 Å / Origin y: -12.9506 Å / Origin z: 15.7411 Å
111213212223313233
T0.1495 Å2-0.0469 Å20.0215 Å2-0.1557 Å2-0.0257 Å2--0.1341 Å2
L1.568 °2-0.3879 °2-0.1272 °2-1.1874 °20.0094 °2--1.5908 °2
S0.0089 Å °-0.0379 Å °0.0555 Å °0.0799 Å °-0.0573 Å °-0.0174 Å °-0.0173 Å °0.1739 Å °0.0485 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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