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- PDB-4l11: Structure of the C-linker/CNBHD of agERG channels -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l11
タイトルStructure of the C-linker/CNBHD of agERG channels
要素AGAP007709-PA
キーワードMETAL TRANSPORT / CNBHD / CNBD / KCNH / cyclic nucleotide binding domain / ion transport
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of monoatomic ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel activity / plasma membrane => GO:0005886 / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential
類似検索 - 分子機能
Potassium voltage-gated channel subfamily H member 6 / Potassium channel, voltage-dependent, ERG / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls ...Potassium voltage-gated channel subfamily H member 6 / Potassium channel, voltage-dependent, ERG / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Voltage-dependent channel domain superfamily / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Brelidze, T.I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structure of the C-terminal region of an ERG channel and functional implications.
著者: Brelidze, T.I. / Gianulis, E.C. / Dimaio, F. / Trudeau, M.C. / Zagotta, W.N.
履歴
登録2013年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGAP007709-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2991
ポリマ－23,2991
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.400, 51.400, 162.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 AGAP007709-PA


分子量: 23298.578 Da / 分子数: 1 / 断片: C-linker/CNBHD (unp residues 535-734) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
遺伝子: AGAP007709, AgaP_AGAP007709, ERG / プラスミド: pMALc2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q7QJX3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 9 mM Urea, 18.2% (w/v) PEG 3350, 7.3 % (v/v) Tacsimate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月22日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→40.51 Å / Num. obs: 8662 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UKN

3ukn


解像度: 2.55→34.351 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2562 405 4.76 %
Rwork0.2193 --
obs0.2209 8511 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.287 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→34.351 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1517 0 0 18 1535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3332119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.116538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004276
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32550.154-0.3180.1476-0.1650.1447-0.26820.20040.58960.1963-0.1268-0.0215-0.9377-0.26140.00110.8471-0.06220.00720.34890.04760.66124.3657-31.942219.3274
20.6871-0.0516-0.55820.40540.04020.4040.88742.6945-0.7391-1.073-1.61190.14280.038-2.5056-0.01380.9616-0.28910.02640.9108-0.26130.846414.2099-27.609216.0195
30.2411-0.1883-0.26570.11020.17640.2305-0.2091-0.3353-0.6903-1.78522.0645-1.78760.75840.978-0.0021.2676-0.07380.0020.84430.09151.415823.4353-25.758219.0485
40.38440.36-0.22050.2912-0.1350.210.331-0.1116-0.83931.3997-0.5001-0.36751.1924-0.9035-0.00111.252-0.0852-0.0480.53790.17710.832114.7909-28.412727.5113
50.95510.10920.23130.03380.07210.21560.94691.67680.87450.21450.94962.96691.25350.3313-0.01761.49810.52580.05140.5090.12381.17241.646-27.739124.7003
60.49110.35890.20110.6690.12220.077-0.38910.85120.546-0.4239-0.66170.71942.5789-1.1516-0.01131.05820.06340.33281.0001-0.02181.78937.5249-20.694718.6755
70.1385-0.009-0.1084-0.0392-0.00250.09440.12810.6673-0.2214-0.25660.84220.07180.0107-1.1531-0.00061.2332-0.24360.27210.74060.26211.116116.2297-17.801127.435
8-0.0060.0075-0.01650.1130.12760.1112-0.13390.3471-0.6354-2.1038-0.5811.4592-1.4988-0.2214-0.00470.74410.0726-0.15140.29140.00970.836423.6635-15.804519.7926
90.73960.33230.54070.66860.23310.40320.1527-0.0705-0.9801-0.6516-0.1368-0.2860.50740.3385-0.0020.67570.1065-0.04120.3601-0.0770.791932.3232-10.953213.4844
100.1291-0.23820.30341.6317-0.00470.5160.5104-0.33040.20630.677-0.14960.07710.8887-0.04050.00110.636-0.04030.05050.29180.05960.377526.685-7.965519.0444
110.2149-0.06070.18970.0145-0.06720.1091-0.2479-0.138-1.28642.297-0.7460.5356-0.0177-0.7908-0.00120.8016-0.0639-0.08251.33770.10290.66149.0038-10.84844.5982
120.77861.07071.26641.66010.05121.58760.0592-0.2776-0.21520.3176-0.17260.46360.4372-0.50080.00040.47720.019-0.02830.4796-0.02870.442416.3735-4.07235.6823
131.68421.319-0.19451.37340.71851.05050.0754-0.03680.25830.1640.16630.16790.11590.309200.5504-0.05690.00250.5953-0.12430.407118.5549-5.9576-2.3275
140.3179-0.0712-0.29740.0969-0.040.2555-0.12490.05610.12540.02630.2299-0.2337-0.28740.75740.00030.59060.0410.04050.47830.08850.591425.8647.19218.8986
150.20240.3555-0.18880.2845-0.20450.1006-0.97840.56360.2496-1.00040.62560.1641-1.2879-0.35110.00020.7250.0307-0.11220.55550.00330.559514.82923.36413.1252
160.4281-0.2207-0.13950.37610.39240.31530.7883-0.9782-0.15960.8741-0.55131.02782.037-2.01720.0020.9169-0.2333-0.09710.70030.0180.709614.7114-15.39194.6209
170.72680.16290.93050.449-0.11631.6955-0.18850.4257-0.060.38880.38660.4305-0.27960.052-00.51560.00080.05250.33390.01630.339625.6231.338118.3376
180.5232-0.18830.05940.07930.24510.5563-0.2007-0.26490.00470.5286-0.2034-0.2531-0.3475-0.3787-0.00130.46090.048-0.00470.41470.02890.36535.57591.790511.8148
190.4632-0.19710.38282.4627-0.87660.5331-0.77190.87580.666-0.13311.6171.1390.07991.85190.03740.532-0.0613-0.06040.7519-0.09720.298325.4283-1.56870.4251
200.3472-0.0439-0.2971-0.0110.03510.22190.4460.81410.30292.4420.5144-0.1494-0.3655-1.4103-0.00120.72320.13230.07140.5510.17670.64718.90487.94950.1874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 537:544)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 545:551)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 552:560)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 561:571)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 572:575)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 576:584)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 585:594)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 595:600)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 601:611)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 612:630)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 631:636)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 637:655)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 656:673)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 674:680)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 681:690)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 691:697)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 698:713)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 714:723)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 724:728)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 729:734)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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