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- PDB-4l0z: Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l0z
タイトルCrystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 2)
要素
  • 5'-D(*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3'
  • Protein C-ets-1
  • Runt-related transcription factor 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / RUNT domain / ETS domain / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hair follicle cell proliferation / Organic cation transport / positive regulation of progesterone secretion / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of granulocyte differentiation ...regulation of hair follicle cell proliferation / Organic cation transport / positive regulation of progesterone secretion / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of granulocyte differentiation / core-binding factor complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of cell maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / PML body organization / neuron fate commitment / Estrogen-dependent gene expression / myeloid progenitor cell differentiation / definitive hemopoiesis / regulation of T cell anergy / embryonic hemopoiesis / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / hair follicle morphogenesis / behavioral response to pain / regulation of cell differentiation / hemopoiesis / negative regulation of cell cycle / basement membrane / regulation of signal transduction / neuron development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / regulation of angiogenesis / chondrocyte differentiation / response to retinoic acid / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of endothelial cell migration / ossification / transcription corepressor binding / positive regulation of erythrocyte differentiation / nuclear receptor coactivator activity / liver development / skeletal system development / central nervous system development / cell motility / promoter-specific chromatin binding / neuron differentiation / Oncogene Induced Senescence / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of type II interferon production / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / immune response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets ...Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Immunoglobulin-like - #720 / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein C-ets-1 / Runt-related transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tahirov, T.H.
引用ジャーナル: Leukemia / 年: 2014
タイトル: Structural basis of Ets1 activation by Runx1.
著者: Shrivastava, T. / Mino, K. / Babayeva, N.D. / Baranovskaya, O.I. / Rizzino, A. / Tahirov, T.H.
履歴
登録2013年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Runt-related transcription factor 1
B: Protein C-ets-1
C: 5'-D(*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3'
D: 5'-D(*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2634
ポリマ－53,2634
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.343, 100.140, 67.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Runt-related transcription factor 1 / Runx1 / Acute myeloid leukemia 1 protein / Core-binding factor subunit alpha-2 / CBF-alpha-2 / ...Runx1 / Acute myeloid leukemia 1 protein / Core-binding factor subunit alpha-2 / CBF-alpha-2 / Oncogene AML-1 / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 alpha B subunit / PEA2-alpha B / PEBP2-alpha B / SL3-3 enhancer factor 1 alpha B subunit / SL3/AKV core-binding factor alpha B subunit


分子量: 26492.076 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-242 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aml1, Cbfa2, Pebp2ab, Runx1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03347
#2: タンパク質 Protein C-ets-1 / Ets1 / p54


分子量: 16973.369 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 296-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETS1, EWSR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14921
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3'


分子量: 4843.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TCR alpha DNA strand 1 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3'


分子量: 4954.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TCR alpha DNA strand 2 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Square bipyramid-shaped crystals grown from 100 mM potassium chloride, 15 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 14% v/v PEG550 MME, 6% v/v glycerol, crystal size improved by ...詳細: Square bipyramid-shaped crystals grown from 100 mM potassium chloride, 15 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 14% v/v PEG550 MME, 6% v/v glycerol, crystal size improved by macroseeding, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 13577 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 42.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 674 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→29.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 2656443.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 669 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 13278 96.5 %-
all-13577 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.1092 Å2 / ksol: 0.327367 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å20 Å28.65 Å2
2--4.25 Å20 Å2
3----3.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.37 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1993 650 0 27 2670
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.762.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.482 81 3.9 %
Rwork0.375 2006 -
obs--91.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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