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万見
- PDB-4l0r: Crystal structure of FGF2-interacting protein from Homo sapiens. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l0r
タイトルCrystal structure of FGF2-interacting protein from Homo sapiens. Northeast Structural Genomics Consortium Target HR9027A.
要素Centrosomal protein of 57 kDa
キーワードCELL CYCLE / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Cep57 / Centrosomal protein
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-tubulin binding / fibroblast growth factor binding / spermatid development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 ...gamma-tubulin binding / fibroblast growth factor binding / spermatid development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / protein homooligomerization / centriolar satellite / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / microtubule binding / microtubule / centrosome / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cep57 centrosome microtubule-binding domain / Cep57 centrosome localisation domain / : / Centrosome microtubule-binding domain of Cep57 / Centrosome localisation domain of Cep57 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosomal protein of 57 kDa
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Lew, S. / Su, M. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. ...Seetharaman, J. / Lew, S. / Su, M. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of FGF2-interacting protein from Homo sapiens. Northeast Structural Genomics consortium id HR9027A
著者: Seetharaman, J. / Lew, S. / Su, M. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2013年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomal protein of 57 kDa
B: Centrosomal protein of 57 kDa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3812
ポリマ－25,3812
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.121, 70.097, 31.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 33 - 104 / Label seq-ID: 33 - 104

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Centrosomal protein of 57 kDa / Cep57 / FGF2-interacting protein / Testis-specific protein 57 / Translokin


分子量: 12690.426 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 334-433 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP57, KIAA0092, TSP57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86XR8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6
詳細: 0.1 M KAcetate, 0.1 M MES, PEG 1000 40% (w/v), pH 6, Microbatch under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 8715 / Num. obs: 8351 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / % possible all: 79.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.49→34.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 8.508 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.451 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2666 346 4.6 %RANDOM
Rwork0.22224 ---
obs0.22441 7133 83.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.411 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å2-0 Å2-0.28 Å2
2---0.71 Å2-0 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→34.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1181 0 0 59 1240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2861.9871590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10832736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7665145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.22527.4663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.5215254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.941154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3787 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.18 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.486→2.55 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 9 -
Rwork0.202 214 -
obs--33.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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