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万見
- PDB-4l0q: Crystal structure of S-nitrosoglutathione reductase from Arabidop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l0q
タイトルCrystal structure of S-nitrosoglutathione reductase from Arabidopsis thaliana, C370A/C373A double mutant
要素Alcohol dehydrogenase class-3
キーワードOXIDOREDUCTASE / dimer / NADH / GSNO / alcohol dehydrogenase / homodimer / reduction of GSNO / NADH binding
機能・相同性
機能・相同性情報


S-nitrosoglutathione reductase (NADH) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / formaldehyde catabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase class III / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily ...Alcohol dehydrogenase class III / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Alcohol dehydrogenase class-3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Weichsel, A. / Crotty, J. / Montfort, W.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and kinetic behavior of alcohol dehydrogenase III/S-nitrosoglutathione reductase from Arabidopsis thaliana
著者: Crotty, J. / Greving, M. / Brettschneider, S. / Weichsel, A. / Wildner, G.F. / Vierling, E. / Montfort, W.R.
履歴
登録2013年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase class-3
B: Alcohol dehydrogenase class-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,26214
ポリマ－81,1032
非ポリマー2,15912
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area28360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.731, 92.731, 173.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-645-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase class-3 / S-nitrosoglutathione reductase / Alcohol dehydrogenase class-III / Glutathione-dependent ...S-nitrosoglutathione reductase / Alcohol dehydrogenase class-III / Glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase / FALDH / FDH / GSH-FDH / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase


分子量: 40551.363 Da / 分子数: 2 / 変異: C370A/C373A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ADH2, ADHIII, FDH1, At5g43940, MRH10.4 / プラスミド: pJC20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96533, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

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非ポリマー , 5種, 397分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.1 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月18日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→28.65 Å / Num. all: 63603 / Num. obs: 63603 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 6274 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDISPLAYFデータ収集
REFMAC精密化
d*TREKデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3UKO

3uko


解像度: 1.95→28.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.262 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25109 3192 5.1 %RANDOM
Rwork0.19964 ---
all0.20219 59791 --
obs0.20219 59791 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.184 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5686 0 122 385 6193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0195971
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0371.9778124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.923313081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0635765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.50324.756225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.23215972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5921522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021285
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 252 -
Rwork0.241 4375 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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