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- PDB-4l0k: Crystal structure of a type II restriction endonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l0k
タイトルCrystal structure of a type II restriction endonuclease
要素DraIII
キーワードHYDROLASE / DraIII / restriction endonuclease / REases / star activity
機能・相同性: / DraIII / DraIII
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.328 Å
データ登録者Zhuo, W. / Ge, J. / Yang, M.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2014
タイトル: Elimination of inter-domain interactions increases the cleavage fidelity of the restriction endonuclease DraIII.
著者: Zhuo, W. / Lai, X. / Zhang, L. / Chan, S.H. / Li, F. / Zhu, Z. / Yang, M. / Sun, D.
履歴
登録2013年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DraIII
B: DraIII
C: DraIII
D: DraIII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0114
ポリマ－103,0114
非ポリマー00
水6,702372
1
A: DraIII
C: DraIII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5062
ポリマ－51,5062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22040 Å2
手法PISA
2
B: DraIII
D: DraIII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5062
ポリマ－51,5062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.397, 119.063, 82.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DraIII


分子量: 25752.854 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067XG67*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% 2-propanol, 0.1M Tris pH 8.0, 5% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. all: 48056 / Num. obs: 47240 / % possible obs: 98.3 % / Rsym value: 0.047
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.33-2.41195.5
2.41-2.51198.1
2.51-2.62198.7
2.62-2.76198.8
2.76-2.94198.9
2.94-3.16199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.328→35.724 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 2389 5.06 %
Rwork0.1919 --
obs0.1945 47213 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.328→35.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6531 0 0 372 6903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2569016
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3262468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841022
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051136
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3277-2.37520.31741420.24422471X-RAY DIFFRACTION94
2.3752-2.42680.33271450.23342638X-RAY DIFFRACTION98
2.4268-2.48330.31951280.23292601X-RAY DIFFRACTION98
2.4833-2.54540.32051500.22322640X-RAY DIFFRACTION98
2.5454-2.61420.29341550.21732591X-RAY DIFFRACTION99
2.6142-2.69110.28591400.21992620X-RAY DIFFRACTION99
2.6911-2.77790.31141520.22462677X-RAY DIFFRACTION99
2.7779-2.87710.27261330.2092651X-RAY DIFFRACTION99
2.8771-2.99230.27651250.20412650X-RAY DIFFRACTION99
2.9923-3.12840.25341350.20582654X-RAY DIFFRACTION99
3.1284-3.29320.29671540.21012672X-RAY DIFFRACTION99
3.2932-3.49940.23081620.19122645X-RAY DIFFRACTION99
3.4994-3.76930.23831170.17632672X-RAY DIFFRACTION99
3.7693-4.14810.22941290.16992689X-RAY DIFFRACTION99
4.1481-4.74710.19711490.1522634X-RAY DIFFRACTION99
4.7471-5.97630.17961340.18292672X-RAY DIFFRACTION98
5.9763-35.72820.21271390.19152647X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.3695 Å / Origin y: -12.7761 Å / Origin z: -46.1502 Å
111213212223313233
T0.0834 Å2-0.0088 Å2-0.0008 Å2-0.0674 Å2-0.0022 Å2--0.0695 Å2
L0.1479 °2-0.0081 °2-0.0077 °2-0.0602 °2-0.0733 °2--0.1179 °2
S0.0503 Å °-0.0329 Å °-0.0264 Å °-0.0115 Å °-0.0128 Å °0.0115 Å °-0.0155 Å °0.0208 Å °0.007 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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