PDB-4l0e: Structure of P450sky (CYP163B3), a cytochrome P450 from skyllamyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l0e

タイトル

Structure of P450sky (CYP163B3), a cytochrome P450 from skyllamycin biosynthesis (heme-coordinated expression tag)

要素

P450 monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Skyllamycin biosynthesis / Beta-aminoacyl carrier protein oxidase / Skyllamycin nonribosomal peptide synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Cryle, M.J.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Cytochrome p450sky interacts directly with the nonribosomal Peptide synthetase to generate three amino Acid precursors in skyllamycin biosynthesis.
著者: Uhlmann, S. / Sussmuth, R.D. / Cryle, M.J.

履歴

登録	2013年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l0e.cif.gz	190.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l0e.ent.gz	151.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l0e_validation.pdf.gz	818.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l0e_full_validation.pdf.gz	822.3 KB	表示
XML形式データ	4l0e_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	4l0e_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/4l0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/4l0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l0fC 3mgxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s29-2 6s29-1 4ir1-2 3zuv-2 5yv0-2 4ird-2 5yv1-2 5yv3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: P450 monooxygenase

ヘテロ分子

50.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.620, 91.620, 123.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	P450 monooxygenase / Cytochrome P450 sky32 (CYP163B3) 分子量: 49369.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: Acta 2897 / 遺伝子: sky32 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: F2YRY7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月27日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→42.943 Å / Num. all: 16981 / Num. obs: 16458 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 58.019 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10.58

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.8	0.572	1.82	4655	1694	1	98.2
2.8-2.9	0.404	2.6	4252	1474	1	99
2.9-3	0.361	3.07	3679	1280	1	98.9
3-3.5	0.163	6.15	12449	4419	1	97.4
3.5-4	0.079	12.18	6330	2322	1	90.9
4-5	0.048	18.53	6879	2500	1	97.8
5-6	0.043	19.07	2958	1123	1	98.2
6-8	0.036	21.62	2536	931	1	98.6
8-10	0.026	26.47	805	338	1	97.7
10-40	0.024	29.08	927	377	1	96.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 53.48 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.7 Å	48.69 Å
Translation	2.7 Å	48.69 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MGX

3mgx

解像度: 2.7→42.943 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / WR_factor R_free: 0.2923 / WR_factor R_work: 0.2468 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7781 / SU B: 32.489 / SU ML: 0.334 / SU R Cruickshank DPI: 1.009 / SU R_free: 0.3805 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.015 / ESU R Free: 0.382 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2934	821	5 %	RANDOM
R_work	0.2483	-	-	-
obs	0.2506	16427	100 %	-
all	-	16458	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 181.39 Å² / B_iso mean: 59.7899 Å² / B_iso min: 25.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.59 Å²	0.8 Å²	0 Å²
2-	-	1.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.943 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3429	0	58	13	3500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	3575
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.883	1.993	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.022	5	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.735	23.576	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.858	15	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.995	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.126	1.5	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.242	2	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.375	3	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.642	4.5	1346

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	61	-
R_work	0.285	1147	-
all	-	1208	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2874	-1.3897	3.6247	3.4708	-4.2026	10.2693	0.0403	0.1235	-0.2955	0.3551	0.629	-0.8298	0.0647	0.1808	-0.6693	0.2289	0.1072	-0.1642	0.4902	-0.3493	0.8715	60.2972	-14.1258	-0.1834
2	3.0661	0.2772	-0.5672	1.5126	1.5572	4.0817	0.0174	0.3689	0.1031	-0.3007	0.141	-0.0135	-0.4317	-0.1978	-0.1583	0.2347	-0.0675	-0.0309	0.1077	-0.0008	0.2039	39.0481	-5.383	-12.9835
3	4.7571	0.7649	3.1344	5.1484	3.928	8.3268	-0.1905	-0.1536	-0.5313	1.6142	0.1154	0.3317	1.0241	0.0382	0.0751	0.6987	-0.1251	0.2336	0.2179	-0.0292	0.3769	32.4184	-20.8234	-11.4042
4	2.2771	0.4942	-0.3264	2.3413	1.9584	3.3278	-0.0896	0.3306	-0.0857	-0.1956	-0.0626	0.1444	-0.0695	-0.3127	0.1522	0.2037	-0.0485	0.0396	0.088	0.0057	0.176	36.7022	-7.3407	-11.5283
5	2.5571	-0.0503	0.1372	1.5866	1.7776	4.7437	0.1477	0.0801	0.2228	-0.3874	0.1892	-0.3821	-0.5553	0.3825	-0.3368	0.2134	-0.0775	0.0444	0.0432	-0.0249	0.2118	47.643	0.8853	-5.9189
6	11.1126	-2.514	-7.5035	5.2775	2.5771	12.3159	-0.2955	-0.8979	-0.7971	0.5975	0.0724	0.0939	0.9776	-0.1665	0.2231	0.1873	-0.0659	-0.0837	0.1554	0.1022	0.1526	37.9904	-11.506	8.0246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-21 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	57 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	152 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	194 - 304
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	305 - 384
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	385 - 420

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