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- PDB-4kzt: Structure mmNAGS bound with L-arginine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kzt
タイトルStructure mmNAGS bound with L-arginine
要素N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / synthetase / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamate N-acetyltransferase activity / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / glutamate metabolic process / arginine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetylglutamate kinase ArgB, GNAT domain-containing / N-Acetyl-L-glutamate kinase, fungal-type / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain / NAT, N-acetyltransferase, of N-acetylglutamate synthase / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Acetylglutamate kinase family / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family ...Acetylglutamate kinase ArgB, GNAT domain-containing / N-Acetyl-L-glutamate kinase, fungal-type / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain / NAT, N-acetyltransferase, of N-acetylglutamate synthase / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Acetylglutamate kinase family / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Acetylglutamate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Maricaulis maris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhao, G. / Jin, Z. / Allewell, N.M. / Tuchman, M. / Shi, D.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Structure of N-acetyl-L-glutamate synthase/kinase from Maricaulis maris with the allosteric inhibitor L-arginine bound.
著者: Zhao, G. / Haskins, N. / Jin, Z. / M Allewell, N. / Tuchman, M. / Shi, D.
履歴
登録2013年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
B: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
X: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
Y: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,05612
ポリマ－200,9314
非ポリマー1,1258
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12580 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area70650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.829, 110.823, 117.196
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase


分子量: 50232.758 Da / 分子数: 4 / 変異: I106M, I294M, L376M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Maricaulis maris (バクテリア) / 株: MCS10 / 遺伝子: argA/B, Mmar10_0365 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q0ASS9, amino-acid N-acetyltransferase, acetylglutamate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100 mM cacodylic acid sodium salt trihydrate, pH 6.2, 25% polypropylene glycol P400 and 200 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月26日
放射モノクロメーター: Si 111 xgannel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.6 % / Av σ(I) over netI: 36.98 / 数: 312380 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 2.37 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 47676 / % possible obs: 90.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.595096.910.0483.6996.4
6.037.5999.910.0563.4587.1
5.276.0310010.0643.3367.2
4.795.2799.910.0653.4797.1
4.444.7910010.0713.3857.2
4.184.4410010.083.0477.4
3.974.1810010.0992.8287.5
3.83.9710010.1232.4667.6
3.653.810010.1452.1987.6
3.533.6510010.1681.9617.6
3.423.5399.910.2061.6947.4
3.323.4299.910.251.4837.1
3.233.3298.710.2841.3916.6
3.153.2394.610.3411.266.1
3.083.1586.810.4061.2455.8
3.023.087910.4691.2165.4
2.963.0272.510.4861.1624.7
2.92.9664.210.5961.2134.1
2.852.957.810.581.163.5
2.82.8554.110.6561.1372.9
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 52797 / Num. obs: 47676 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 2.365 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.852.90.65614311.137154.1
2.85-2.93.50.5814901.16157.8
2.9-2.964.10.59617071.213164.2
2.96-3.024.70.48619131.162172.5
3.02-3.085.40.46920521.216179
3.08-3.155.80.40622881.245186.8
3.15-3.236.10.34125041.26194.6
3.23-3.326.60.28425791.391198.7
3.32-3.427.10.2526171.483199.9
3.42-3.537.40.20626391.694199.9
3.53-3.657.60.16826441.9611100
3.65-3.87.60.14526192.1981100
3.8-3.977.60.12326462.4661100
3.97-4.187.50.09926492.8281100
4.18-4.447.40.0826303.0471100
4.44-4.797.20.07126643.3851100
4.79-5.277.10.06526363.479199.9
5.27-6.037.20.06426523.3361100
6.03-7.597.10.05626723.458199.9
7.59-506.40.04826443.699196.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3S6H

3s6h


解像度: 2.8→39.298 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7188 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 33.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2654 1998 4.2 %RANDOM
Rwork0.1957 ---
all0.1987 53056 --
obs0.1986 47618 89.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 242.21 Å2 / Biso mean: 102.4575 Å2 / Biso min: 33.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13244 0 76 18 13338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35418376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0862096
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2664976
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.85680.4829810.37841869195052
2.8568-2.9340.40571020.32652208231061
2.934-3.02030.39121190.27812584270372
3.0203-3.11780.32291290.2682966309582
3.1178-3.22920.33261440.25993375351993
3.2292-3.35840.34261560.25263590374699
3.3584-3.51120.29441540.232835903744100
3.5112-3.69610.28021600.205236423802100
3.6961-3.92750.28271570.19136043761100
3.9275-4.23040.23471610.177536243785100
4.2304-4.65560.23011560.156536433799100
4.6556-5.32780.23061600.164936403800100
5.3278-6.70710.291620.214236563818100
6.7071-39.2980.22581570.17053629378697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.84572.5171-3.09553.7952.10757.5295-0.03630.06171.42960.48080.4557-0.892-2.32761.8042-0.61011.8137-0.1966-0.45360.8691-0.04161.045128.6555139.9926-20.7427
26.8371.0101-0.69763.7623-1.01953.03520.0685-0.10410.1064-0.03320.16080.53560.0296-0.7235-0.28031.01380.0621-0.15130.62630.09760.631498.8491143.9327-21.1451
37.63081.7919-1.59756.6148-2.70157.2868-0.0471-0.9845-0.18191.367-0.12490.4304-0.2569-0.37080.07171.34330.0945-0.15770.59430.03910.54110.6284129.3943-9.0332
47.69190.65022.99324.68350.12145.37150.12250.4461-0.78580.99840.1441-0.10841.59410.5474-0.24371.740.2119-0.10570.54070.01560.6904128.9505112.5995-5.8343
53.627-1.49113.97465.4303-1.90615.11620.6038-0.098-0.53481.7826-0.2273-0.78210.52130.4442-0.32751.87780.0315-0.39210.68890.08290.6543136.3162121.09136.3837
66.24562.84632.53067.2584-2.7933.637-0.2656-1.68920.4003-0.2139-0.3969-2.15610.29542.42361.15190.74670.2186-0.12071.5202-0.05611.4787118.393175.8366-40.2115
77.31630.9474-0.59715.88790.13334.739-0.147-0.3494-0.7240.13740.17970.18691.2266-0.4211-0.01470.95940.0695-0.07040.62080.14080.566695.7774155.4677-40.3889
87.9861-2.15795.82825.5018-1.80138.53410.06550.54360.3266-0.1521-0.1775-0.18210.40850.54490.13340.42940.00650.00170.3968-0.00160.463897.8663173.9861-52.4991
92.17960.1621-1.71579.0179-0.79827.19930.32150.00690.69880.33560.12680.3167-0.3187-0.088-0.37890.5279-0.012-0.13830.5148-0.06071.1234103.4463198.1691-55.5329
108.15020.1662-4.79358.2659-1.72297.7490.50310.23671.6722-0.3374-0.1867-0.2901-0.19530.4797-0.23540.642-0.0623-0.1780.46680.03931.0658113.5011194.8056-68.3718
113.89944.394-0.51034.9634-0.59872.6594-0.35460.35881.24-0.9634-0.13562.39220.2026-0.80630.39061.4447-0.0178-0.28811.0536-0.25151.188128.1454155.2644-10.904
124.54930.1771-1.01313.215-1.52256.6608-0.04330.27820.15490.0412-0.592-0.8672-0.35521.27730.61231.45430.0781-0.35441.03030.09120.8044155.3912159.5446-23.6183
135.870.47890.48786.26870.10269.63260.3812-0.7509-0.65730.0979-0.6682-0.68640.32711.27180.23881.2168-0.034-0.23150.90860.08710.6348150.6439150.9354-3.6144
146.24841.4251.47226.23391.61996.05310.1568-0.74080.44261.4116-0.27530.2434-0.16350.27480.47421.83560.0518-0.30340.8502-0.15980.4893137.9285150.276118.2024
154.86550.8102-0.77793.3602-1.84715.62120.4768-0.5984-0.00171.2635-0.099-0.17470.727-0.1868-0.08171.8997-0.0717-0.28860.90060.0630.399132.9612134.530116.4195
161.85021.4989-1.65.3019-2.55146.00830.323-0.4724-0.12561.37740.79491.0582-0.2906-2.4148-0.94191.21820.24050.12281.45020.27411.1411125.2056163.7239-51.4651
177.50152.4529-0.984.5357-1.16056.62550.0525-0.51020.7910.4249-0.593-0.4827-1.01711.23890.63581.53120.1416-0.30030.99150.06920.7332151.3639174.0668-40.6593
186.48561.6745-1.67228.2161-1.4739.3725-0.55680.13481.07850.43470.2629-0.3042-1.31290.20670.11161.3940.2376-0.27010.63540.01810.6394142.1147178.2848-60.4399
196.4069-2.02-0.75777.13561.46564.3015-0.28820.2931-0.4497-0.72090.0455-0.33411.3301-0.1613-0.01861.5782-0.1241-0.09380.5006-0.04450.4586129.7468171.355-81.275
204.2245-2.0956-1.56868.9582.94139.14410.0990.5040.227-0.7160.17030.59840.2653-0.676-0.37880.9512-0.1179-0.18430.59360.09070.5139117.1535181.7988-78.8572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 9:35)A9 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 36:204)A36 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 205:291)A205 - 291
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 292:381)A292 - 381
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 382:439)A382 - 439
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 9:35)B9 - 35
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 36:204)B36 - 204
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 205:291)B205 - 291
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 292:381)B292 - 381
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 382:439)B382 - 439
11X-RAY DIFFRACTION11(chain X and resid 9:35)X9 - 35
12X-RAY DIFFRACTION12(chain X and resid 36:204)X36 - 204
13X-RAY DIFFRACTION13(chain X and resid 205:291)X205 - 291
14X-RAY DIFFRACTION14(chain X and resid 292:381)X292 - 381
15X-RAY DIFFRACTION15(chain X and resid 382:439)X382 - 439
16X-RAY DIFFRACTION16(chain Y and resid 9:35)Y9 - 35
17X-RAY DIFFRACTION17(chain Y and resid 36:204)Y36 - 204
18X-RAY DIFFRACTION18(chain Y and resid 205:291)Y205 - 291
19X-RAY DIFFRACTION19(chain Y and resid 292:381)Y292 - 381
20X-RAY DIFFRACTION20(chain Y and resid 382:439)Y382 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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