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- PDB-4kyw: Restriction endonuclease DPNI in complex with two DNA molecules -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kyw
タイトルRestriction endonuclease DPNI in complex with two DNA molecules
要素
  • 5'-(*DC*DTP*DGP*DGP*6MAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DG)-3'
  • Type-2 restriction enzyme DpnI
キーワードHYDROLASE/DNA / RESTRICTION ENDONUCLEASE-DNA COMPLEX / TYPE IIM / TYPE IIE / RESTRICTION ENZYME / DPNI / METHYLATION DEPENDENT / N6-METHYLADENINE / PD-(D/E)XK TYPE ENDONUCLEASE / WINGED HELIX DOMAIN / RESTRICTION ENDONUCLEASE / DNA BINDING / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system
類似検索 - 分子機能
Dam replacing family, catalytic PD-(D/E)XK domain / Dam-replacing / Dam-replacing protein, HTH domain / Dam replacing family, catalytic PD-(D/E)XK domain / Dam-replacing family / Dam-replacing HTH domain / PvuII Endonuclease; Chain A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Dam replacing family, catalytic PD-(D/E)XK domain / Dam-replacing / Dam-replacing protein, HTH domain / Dam replacing family, catalytic PD-(D/E)XK domain / Dam-replacing family / Dam-replacing HTH domain / PvuII Endonuclease; Chain A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Type II methyl-directed restriction enzyme DpnI
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Mierzejewska, K. / Siwek, W. / Czapinska, H. / Skowronek, K. / Bujnicki, J.M. / Bochtler, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of the methylation specificity of R.DpnI.
著者: Mierzejewska, K. / Siwek, W. / Czapinska, H. / Kaus-Drobek, M. / Radlinska, M. / Skowronek, K. / Bujnicki, J.M. / Dadlez, M. / Bochtler, M.
履歴
登録2013年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年7月9日Group: Database references
改定 1.32014年8月20日Group: Database references
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-2 restriction enzyme DpnI
C: 5'-(*DC*DTP*DGP*DGP*6MAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DG)-3'
D: 5'-(*DC*DTP*DGP*DGP*6MAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DG)-3'
E: 5'-(*DC*DTP*DGP*DGP*6MAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DG)-3'
F: 5'-(*DC*DTP*DGP*DGP*6MAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4438
ポリマ－42,3145
非ポリマー1283
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9680 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.700, 101.050, 114.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細BIOLOGICAL UNIT CONTAINS PROTEIN CHAIN A AND TWO DOUBLE STRANDED DNA FRAGMENTS BOUND TO ITS N- AND C-TERMINAL DOMAINS. TO THE BEST OF OUR KNOWLEDGE THE OBSERVED COMPLEX CORRESPONDS TO THE ENZYME SUBSTRATE COMPLEX FORMED BY TYPE IIE R.DPNI RESTRICTION ENDONUCLEASE AND DOUBLE STRANDED DNA IN SOLUTION. THE PENTAMER (ACCORDING TO PDB CONVENTIONS) IS A COMPLEX OF THE ENZYME WITH TWO DOUBLE STRANDED DNA FRAGMENTS PRESENT IN THE CRYSTAL.

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 5分子 ACDEF

#1: タンパク質 Type-2 restriction enzyme DpnI / R.DpnI / Endonuclease DpnI / Type II restriction enzyme DpnI


分子量: 30078.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: dpnC, spr1665, SP_1850 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2925
参照: UniProt: P0A459, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖
5'-(*DC*DTP*DGP*DGP*6MAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DG)-3'


分子量: 3059.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE

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非ポリマー , 4種, 97分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 160 mM CALCIUM ACETATE, 80 mM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 14.4% W/V PEG 8000, 20% V/V GLYCEROL, 10 mM SPERMIDINE., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.23953 / 波長: 1.23953 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 23502 / Num. obs: 23502 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.37 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 20.51
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 6.68 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.14 / Num. unique all: 1720 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ESJ

4esj


解像度: 2.35→46.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: AT THE FLANK OF THE RECOGNITION SEQUENCE SHALLOW INTERCALATION OF AN UNKNOWN MOLECULE IS SUGGESTED BY ELECTRON DENSITY MAPS. WE HAVE NOT BEEN ABLE TO DISTINGUISH WHETHER THIS DENSITY SHOULD ...詳細: AT THE FLANK OF THE RECOGNITION SEQUENCE SHALLOW INTERCALATION OF AN UNKNOWN MOLECULE IS SUGGESTED BY ELECTRON DENSITY MAPS. WE HAVE NOT BEEN ABLE TO DISTINGUISH WHETHER THIS DENSITY SHOULD BE ACCOUNTED FOR BY A SECOND CONFORMER OF ASN77 OR EITHER B-MERCAPTOETHANOL, ACETATE OR AZIDE FROM THE BUFFER. THE DESIGNATION OF ONE OF THE IONS AS NA+ IS TENTATIVE ONLY. PROGRAM CNS HAS BEEN USED FOR DNA REFINEMENT. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT HAS BEEN USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21904 1204 5.1 %RANDOM
Rwork0.20125 ---
all0.20216 23477 --
obs0.20216 23477 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.385 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2096 812 3 94 3005
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223070
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.342.2884302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.80434674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2175256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.88724.435115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.49515405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5891515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2730.22004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2010.21368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1090.21332
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0710.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2180.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.140.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2220.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6751.51279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28222076
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79431791
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8484.52226
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 90 -
Rwork0.309 1626 -
obs-1716 99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9863-0.60520.23951.6433-0.01952.5057-0.02480.06540.1812-0.10730.0293-0.14410.16090.3614-0.00450.0605-0.01360.01630.1110.0115-0.0444-35.89861.716-44.524
25.279-0.4907-1.1323.2687-0.57516.9367-0.13190.02920.23130.00680.1811-0.234-0.21140.0806-0.0492-0.06260.12510.07490.03330.04260.134-12.91749.885-23.039
30.9907-1.0393-0.9891.31540.54382.78030.0059-0.07710.1352-0.3531-0.16220.2124-0.0782-0.18830.15630.0762-0.0555-0.07440.1011-0.0210.0684-50.84368.498-47.62
42.3527-2.2427-0.23424.5193-0.31012.3223-0.2948-0.03610.08660.61670.1417-0.11880.043-0.46440.15310.08740.18140.07560.23240.03280.1759-20.54643.36-12.176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 182
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 302
3X-RAY DIFFRACTION1A303
4X-RAY DIFFRACTION2A183 - 254
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION3D1 - 10
7X-RAY DIFFRACTION4E1 - 10
8X-RAY DIFFRACTION4F1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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