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- PDB-4kyp: Beta-Scorpion Toxin folded in the periplasm of E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kyp
タイトルBeta-Scorpion Toxin folded in the periplasm of E.coli
要素Beta-insect excitatory toxin Bj-xtrIT
キーワードTOXIN / Alpha-Beta / Venom / Voltage Gated Na-Channels
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-insect excitatory toxin Bj-xtrIT
類似検索 - 構成要素
生物種Hottentotta judaicus (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者O'Reilly, A.O. / Cole, A.R. / Lopes, J.L. / Lampert, A. / Wallace, B.A.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Chaperone-mediated native folding of a beta-scorpion toxin in the periplasm of Escherichia coli.
著者: O'Reilly, A.O. / Cole, A.R. / Lopes, J.L. / Lampert, A. / Wallace, B.A.
履歴
登録2013年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-insect excitatory toxin Bj-xtrIT
B: Beta-insect excitatory toxin Bj-xtrIT
C: Beta-insect excitatory toxin Bj-xtrIT
D: Beta-insect excitatory toxin Bj-xtrIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2537
ポリマ－37,7594
非ポリマー4953
水6,107339
1
A: Beta-insect excitatory toxin Bj-xtrIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5902
ポリマ－9,4401
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-insect excitatory toxin Bj-xtrIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4401
ポリマ－9,4401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-insect excitatory toxin Bj-xtrIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5902
ポリマ－9,4401
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-insect excitatory toxin Bj-xtrIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6342
ポリマ－9,4401
非ポリマー1941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.870, 88.560, 183.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

PGE

21A-286-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Beta-insect excitatory toxin Bj-xtrIT / Bjxtr-IT / BjxtrIT


分子量: 9439.647 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hottentotta judaicus (サソリ) / 遺伝子: XTRIT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56637
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M NaCl, Bis-Tris, 29% PEG 3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月23日
放射モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→44.28 Å / Num. all: 26392 / Num. obs: 26392 / % possible obs: 69.23 % / Observed criterion σ(F): 1.48 / Observed criterion σ(I): 1.22 / Biso Wilson estimate: 20.05 Å2
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / % possible all: 9.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→44.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9112 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8947 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 1334 5.05 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.1986 26392 69.23 %-
all-26392 --
原子変位パラメータBiso mean: 24.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4693 Å20 Å20 Å2
2--3.3091 Å20 Å2
3---2.1602 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.199 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 33 339 2599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014399HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.957906HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d942SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes640HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4399HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd17SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.77 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 35 4.94 %
Rwork0.2111 673 -
all0.2134 708 -
obs--69.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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