PDB-4kxr: Structure of the Mycobacterium tuberculosis type VII secretion sy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kxr

タイトル

Structure of the Mycobacterium tuberculosis type VII secretion system chaperone EspG5 in complex with PE25-PPE41 dimer

要素

EspG5
PE25
PPE41

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / ESX-5 / type VII secretion system / protein secretion / chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

protein heterotrimerization / response to host immune response / cell projection assembly / : / peptidoglycan-based cell wall / protein heterodimerization activity / cell surface / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Korotkova, N. / Creekmore, C.C. / Korotkov, K.V.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: Structure of the Mycobacterium tuberculosis type VII secretion system chaperone EspG5 in complex with PE25-PPE41 dimer.
著者: Korotkova, N. / Freire, D. / Phan, T.H. / Ummels, R. / Creekmore, C.C. / Evans, T.J. / Wilmanns, M. / Bitter, W. / Parret, A.H. / Houben, E.N. / Korotkov, K.V.

履歴

登録	2013年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月27日	Group: Database references
改定 1.2	2014年9月3日	Group: Database references
改定 1.3	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kxr.cif.gz	224.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kxr.ent.gz	182.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4kxr_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kxr_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	4kxr_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	4kxr_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/4kxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/4kxr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g38S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vj5-d 4w4l-d 5mv2-d 3r2x-d 3l3c-4 1msp-1 2bvu-d 5xfs-d 1grw-d 6h2e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PE25

B: PPE41

C: EspG5

65.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.100, 139.100, 171.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-210- HOH
2	1	B-239- HOH
3	1	B-251- HOH

#1: タンパク質	PE25 / PE family protein 分子量: 10894.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv2431c, RVBD_2431c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: I6X486
#2: タンパク質	PPE41 / PPE family protein 分子量: 21963.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: RV2430c, RVBD_2430c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: I6YDD9, UniProt: Q79FE1*PLUS
#3: タンパク質	EspG5 分子量: 32431.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv1794, RVBD_1794 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: O53943
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.37 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.6, 8% PEG8000, 0.2 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月22日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→49.241 Å / Num. obs: 30602 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 60.248 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.81

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.015 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.6-2.67		1.8	24027	2208	99.2
2.67-2.74		2.5	24074	2162	100
2.74-2.82		3.19	23524	2107	100
2.82-2.91		4.36	22762	2046	100
2.91-3		5.57	22106	1983	100
3-3.11		7.08	21357	1921	100
3.11-3.23		8.37	20619	1860	100
3.23-3.36		11.2	19883	1798	99.9
3.36-3.51		14.48	19103	1729	100
3.51-3.68		18.47	18192	1655	100
3.68-3.88		22.16	17444	1586	100
3.88-4.11		25.49	16266	1493	99.9
4.11-4.4		28.38	15429	1417	100
4.4-4.75		32.86	14178	1315	100
4.75-5.2		32.04	13121	1232	100
5.2-5.82		30.65	11850	1123	100
5.82-6.72		32.36	10509	1004	100
6.72-8.23		38.65	8736	862	100
8.23-11.63		43	6700	692	100
	11.63	41.16	3427	409	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SERGUI		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G38

2g38

解像度: 2.6→49.241 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / WR_factor R_free: 0.2282 / WR_factor R_work: 0.1815 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8534 / SU B: 16.601 / SU ML: 0.178 / SU R Cruickshank DPI: 0.3051 / SU R_free: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2438	1553	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1939	-	-	-
obs	0.1963	30602	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 156.72 Å² / B_iso mean: 64.599 Å² / B_iso min: 30.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0.7 Å²	0 Å²
2-	-	0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.241 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4135	0	0	109	4244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4227
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.266	1.95	5761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.761	3	9231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.528	5	532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.814	23.838	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.882	15	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.618	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4838
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.745	3.619	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.745	3.619	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.864	5.42	2663

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	127	-
R_work	0.281	2073	-
all	-	2200	-
obs	-	-	99.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	21.1354	-1.624	-5.1161	2.1008	3.7837	7.1111	1.0901	0.946	1.5731	-0.2603	0.1309	-0.6542	-0.7348	0.2677	-1.2211	0.5965	-0.3161	-0.0864	0.348	0.2547	0.6643	86.341	-9.541	-16.588
2	18.2687	6.6366	-7.6513	5.2236	-3.831	5.5383	0.2512	0.5483	0.9397	0.2514	0.0642	0.4138	-0.3297	-0.3577	-0.3154	0.3225	-0.0388	0.002	0.0569	-0.0138	0.185	70.745	-20.323	-8.411
3	4.1538	2.7213	-2.8108	4.2824	-1.3904	4.6334	0.279	-0.1778	0.0368	0.3168	-0.2028	0.0914	-0.4151	-0.0441	-0.0762	0.275	-0.012	-0.0057	0.1691	-0.0235	0.1494	61.193	-40.265	5.427
4	6.439	4.4435	2.8763	10.3664	5.8256	3.3283	-0.1046	-0.1008	0.2238	0.1501	-0.0168	0.2203	-0.0367	-0.0295	0.1214	0.5605	-0.0014	-0.0001	0.1744	0.0225	0.0708	73.43	-26.167	1.338
5	4.9015	2.2971	4.6519	6.3046	1.4636	4.5603	0.3955	0.1038	0.7578	1.0711	-0.9971	-0.1279	0.1659	0.3495	0.6016	1.0091	-0.6048	0.1683	0.5442	-0.092	0.7005	88.69	-8.333	-8.634
6	1.2209	0.8385	-1.019	5.4845	-4.6978	5.2931	-0.0485	-0.0402	-0.1607	0.0523	-0.0464	-0.0889	0.0493	0.0951	0.095	0.2058	0.0083	-0.01	0.1885	-0.0282	0.1652	54.492	-51.081	7.777
7	7.3683	5.1665	-4.3394	6.9297	-3.7967	4.1672	-0.2592	0.4826	-0.0769	0.0204	0.1484	-0.3885	-0.0176	-0.1444	0.1108	0.2449	-0.0633	-0.0743	0.1997	0.0014	0.1867	76.21	-27.305	-14.348
8	14.4013	8.953	-3.3634	9.4702	-2.2526	2.4501	-0.3093	0.5306	0.1254	-0.05	0.3141	-0.6352	-0.0985	0.336	-0.0049	0.207	-0.1005	-0.0767	0.2624	0.0211	0.2498	85.158	-28.348	-9.594
9	2.6921	2.6134	-1.6884	3.1608	-1.8522	1.5334	-0.1788	0.0107	-0.1725	-0.095	0.0908	-0.0705	0.1756	-0.1216	0.088	0.1831	-0.0354	0.0476	0.1695	-0.0026	0.1516	51.973	-61.493	7.872
10	21.0575	12.398	-6.0634	27.4126	-5.1817	1.9553	-0.0355	0.0669	-0.0296	0.0949	-0.1144	-1.2663	-0.2104	0.0368	0.1498	0.5571	-0.1089	-0.109	0.1943	-0.014	0.2127	82.864	-27.591	-0.589
11	3.2936	1.6642	0.7501	2.2448	-0.8689	1.4152	-0.4636	-0.2311	0.3316	-0.0981	0.1565	-0.1667	-0.1325	-0.0819	0.3071	0.2362	0.2389	0.0463	0.4454	-0.1286	0.3922	62.263	-70.417	21.903
12	3.1863	0.0861	0.1062	2.8984	0.9605	1.55	0.111	-0.3603	-0.307	0.1434	-0.0178	-0.8764	-0.1266	0.0705	-0.0932	0.2119	0.1299	0.0175	0.269	0.1386	0.3777	62.078	-76.822	25.842
13	3.289	0.4679	-0.1077	4.2447	0.3087	1.4029	0.1298	-0.5639	-0.3603	0.238	-0.131	-0.1546	0.087	0.1349	0.0012	0.1841	0.0502	0.0913	0.313	0.1231	0.1865	52.493	-78.441	27.283
14	5.169	0.9807	0.3497	3.0247	0.1957	1.8123	-0.1557	-0.4174	-0.1215	0.1426	-0.0909	0.352	-0.0554	0.0049	0.2466	0.192	-0.0428	0.1085	0.2285	0.1153	0.2244	27.983	-84.706	28.569
15	5.2075	0.4311	0.4067	2.7036	-0.7151	1.3555	-0.04	0.0263	-0.6432	-0.2489	-0.0178	-0.2915	0.1612	0.1586	0.0578	0.2212	-0.0658	0.0958	0.1605	0.1061	0.2837	38.392	-89.118	22.816

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	35 - 58
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	59 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	73 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 27
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	28 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	56 - 87
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	88 - 166
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	167 - 174
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	8 - 51
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	52 - 96
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	97 - 156
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	157 - 198
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	199 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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