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- PDB-4kxr: Structure of the Mycobacterium tuberculosis type VII secretion sy... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kxr | ||||||
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Title | Structure of the Mycobacterium tuberculosis type VII secretion system chaperone EspG5 in complex with PE25-PPE41 dimer | ||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / ESX-5 / type VII secretion system / protein secretion / chaperone | ||||||
Function / homology | ![]() protein heterotrimerization / response to host immune response / cell projection assembly / : / peptidoglycan-based cell wall / protein heterodimerization activity / cell surface / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Korotkova, N. / Creekmore, C.C. / Korotkov, K.V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the Mycobacterium tuberculosis type VII secretion system chaperone EspG5 in complex with PE25-PPE41 dimer. Authors: Korotkova, N. / Freire, D. / Phan, T.H. / Ummels, R. / Creekmore, C.C. / Evans, T.J. / Wilmanns, M. / Bitter, W. / Parret, A.H. / Houben, E.N. / Korotkov, K.V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 224.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 182.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2g38S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 10894.301 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 21963.748 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 32431.475 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.6 Details: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.6, 8% PEG8000, 0.2 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 22, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→49.241 Å / Num. obs: 30602 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 60.248 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Rmerge(I) obs: 0.015 / Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2G38 Resolution: 2.6→49.241 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.2282 / WRfactor Rwork: 0.1815 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8534 / SU B: 16.601 / SU ML: 0.178 / SU R Cruickshank DPI: 0.3051 / SU Rfree: 0.247 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.247 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 156.72 Å2 / Biso mean: 64.599 Å2 / Biso min: 30.78 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→49.241 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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