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- PDB-4kw8: Crystal Structure of Green Fluorescent Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kw8
タイトルCrystal Structure of Green Fluorescent Protein
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta barrel / chromophore
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.459 Å
データ登録者Barnard, T.J. / Yu, X. / Noinaj, N. / Taraska, J.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Green Fluorescent Protein
著者: Barnard, T.J. / Yu, X. / Noinaj, N. / Taraska, J.W.
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2862
ポリマ－27,2281
非ポリマー591
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.623, 63.021, 66.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 27227.764 Da / 分子数: 1 / 変異: S147H, S202H, Q204H, A206K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein in this structure is a version of GFP called Emerald GFP
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細EMERALD GFP HAS LEU AT POSITION 64, THR AT 65, ALA AT 72, LYS AT 149, THR AT 153, 167, LEU AT 231. ...EMERALD GFP HAS LEU AT POSITION 64, THR AT 65, ALA AT 72, LYS AT 149, THR AT 153, 167, LEU AT 231. RESIDUES THR 65, TYR 66, GLY 67 FORM A CHROMOPHORE CRO 66

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.94 %
結晶化温度: 294 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 50 mM HEPES pH 8.2, 50 mM MgCl2, 22% PEG4000, hanging drop, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.37645 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月25日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.37645 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 8310 / Num. obs: 8306 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.45-2.546.70.8898110.9761100
2.54-2.6470.7687900.9891100
2.64-2.7670.5988231.0681100
2.76-2.970.4768161.0871100
2.9-3.0970.3188171.0621100
3.09-3.326.90.2118181.041100
3.32-3.6670.1548301.0981100
3.66-4.196.90.128411.1351100
4.19-5.286.80.0998431.0251100
5.28-506.30.1069171.1771100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.56 Å45.69 Å
Translation5.56 Å45.69 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.459→45.693 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.8353 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 770 10.09 %Random
Rwork0.1524 ---
all0.24 7774 --
obs0.1598 7770 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.81 Å2 / Biso mean: 28.8196 Å2 / Biso min: 5.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.459→45.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1698 0 1 83 1782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5142380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.792608
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.459-2.53790.30791380.23331210134898
2.5379-2.62860.27881340.233712631397100
2.6286-2.73380.32111440.218312161360100
2.7338-2.85820.29971390.211112571396100
2.8582-3.00890.27981450.186312441389100
3.0089-3.19740.2511340.147912251359100
3.1974-3.44410.2021390.129212501389100
3.4441-3.79060.18641350.119712361371100
3.7906-4.33870.2021450.110512481393100
4.3387-5.46490.15181410.113212401381100
5.4649-45.7010.25681370.181612491386100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.57731.7359-0.03433.90860.71242.0102-0.1395-0.30990.17240.0180.3506-0.22180.02770.264-0.14710.11820.0299-0.02380.2180.05730.1505108.82859.286267.7359
21.4199-0.1198-0.96164.48570.24132.4963-0.0735-0.1874-0.1316-0.16840.0264-0.0820.11760.10870.05370.0915-0.0283-0.0110.2363-0.01170.1568106.38113.776161.742
38.61170.6074-2.06427.2123-1.81433.61570.3258-0.5590.23620.45470.18550.7399-0.31480.1795-0.50060.2366-0.03270.02120.3189-0.00370.271993.682913.905877.0817
42.9257-0.1423-0.20112.93350.38531.81550.0854-0.45490.03240.3718-0.026-0.23730.21490.1519-0.0230.17970.0137-0.02840.19590.02080.1249108.22143.25773.6411
51.8008-0.3467-1.79434.54142.6354.1886-0.1620.0006-0.23470.18640.10370.17750.4243-0.00010.03260.2482-0.0274-0.05580.20140.03180.2601100.081-5.967268.424
62.15280.39090.19471.35150.20752.71640.0514-0.3733-0.14940.18320.07310.13760.3282-0.2263-0.1270.20750.0483-0.02680.21070.04650.239199.3446-1.214875.4521
72.0749-0.6381-0.31180.890.37393.3141-0.19250.293-0.1501-0.1512-0.06120.20510.4327-0.73920.24540.1989-0.0498-0.03330.185-0.03510.219198.48095.305560.5668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 24 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 68 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 81 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 82 through 128 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 129 through 159 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 160 through 198 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 199 through 228 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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