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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kvf | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein from Kribbella flavida DSM 17836 | ||||||
要素 | Rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Kribbella flavida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.722 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein from Kribbella flavida DSM 17836 著者: Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kvf.cif.gz | 130 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kvf.ent.gz | 106 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kvf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kvf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Experimentally unknown. It is predicted to be a monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35689.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kribbella flavida (バクテリア) / 株: DSM 17836 / 遺伝子: Kfla_0259 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D2PT67 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.82 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.01M sodium citrate, 33% (w/v) PEG6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月31日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→27.5 Å / Num. all: 30087 / Num. obs: 30087 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 42.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1476 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.722→27.17 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.722→27.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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