PDB-4kv7: The crystal structure of a possible leucine/isoleucine/valine-bin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kv7

タイトル

The crystal structure of a possible leucine/isoleucine/valine-binding protein from Rhodopirellula baltica SH 1

要素

Probable leucine/isoleucine/valine-binding protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / structural genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FORMIC ACID / Probable leucine/isoleucine/valine-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodopirellula baltica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Tan, K. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a possible leucine/isoleucine/valine-binding protein from Rhodopirellula baltica SH 1
著者: Tan, K. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kv7.cif.gz	164.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kv7.ent.gz	134.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4kv7_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kv7_full_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示
XML形式データ	4kv7_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	4kv7_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5w83-d 1i3s-1 1lc3-d 4maa-d 5syr-1 5swl-2 6n76-2 4qft-2 4i9c-d 6n6z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC110939

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable leucine/isoleucine/valine-binding protein

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.984, 44.483, 57.913
Angle α, β, γ (deg.)	76.22, 88.65, 77.54
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

Experimentally unknown. It is predicted to be a monomer.

#1: タンパク質	Probable leucine/isoleucine/valine-binding protein 分子量: 41453.574 Da / 分子数: 1 / 変異: G402S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopirellula baltica (バクテリア) 株: SH 1 / 遺伝子: livK, RB7306 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pGrow7-K / 参照: UniProt: Q7UNW4
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15M DL-Malic Acid, 20%(w/v) PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97895 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月18日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→22.8 Å / Num. all: 105324 / Num. obs: 105324 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 1.2→1.21 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3127 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.2→22.752 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 15.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1627	5288	5.02 %	random
R_work	0.1481	-	-	-
obs	0.1489	105323	93.72 %	-
all	-	105323	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→22.752 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2794	0	3	572	3369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.122	3974
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.278	1083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	458
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	521

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2001-1.2138	0.1978	159	0.2043	2879	X-RAY DIFFRACTION	81
1.2138-1.2281	0.1834	153	0.1971	3227	X-RAY DIFFRACTION	89
1.2281-1.243	0.203	162	0.1845	3201	X-RAY DIFFRACTION	91
1.243-1.2588	0.2259	186	0.1838	3304	X-RAY DIFFRACTION	92
1.2588-1.2753	0.195	184	0.1807	3198	X-RAY DIFFRACTION	92
1.2753-1.2928	0.1988	157	0.1786	3332	X-RAY DIFFRACTION	93
1.2928-1.3113	0.1836	177	0.1666	3283	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3113-1.3308	0.1942	182	0.1613	3311	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3308-1.3516	0.1561	158	0.1555	3293	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3516-1.3738	0.1735	159	0.1534	3326	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3738-1.3975	0.1564	161	0.1484	3342	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3975-1.4229	0.1571	200	0.145	3306	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4229-1.4502	0.1579	170	0.1466	3331	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4502-1.4798	0.1653	171	0.1407	3351	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4798-1.512	0.146	193	0.1417	3315	X-RAY DIFFRACTION	95
1.512-1.5472	0.1447	177	0.1366	3354	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5472-1.5859	0.1684	176	0.1297	3396	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5859-1.6287	0.1519	165	0.1318	3412	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6287-1.6766	0.1531	192	0.1334	3345	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6766-1.7307	0.1472	172	0.1374	3436	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7307-1.7926	0.1574	183	0.1399	3403	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7926-1.8643	0.1692	196	0.1451	3367	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8643-1.9491	0.1651	197	0.1481	3430	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9491-2.0518	0.165	189	0.1444	3414	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0518-2.1803	0.166	183	0.1363	3449	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1803-2.3484	0.1435	175	0.1398	3479	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3484-2.5845	0.1768	198	0.1514	3418	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5845-2.9578	0.186	174	0.1552	3478	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9578-3.7238	0.1527	174	0.1441	3467	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7238-22.7562	0.1464	165	0.1541	3188	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3934	-0.7163	0.8384	1.2162	-0.534	1.3898	0.0004	0.3703	0.1868	-0.2531	0.0141	0.1006	-0.1622	-0.0733	-0.0317	0.1849	-0.0032	-0.0373	0.1621	0.0404	0.1295	-9.2505	28.7019	26.3565
2	1.0707	0.3108	-0.0869	1.9311	-0.3264	1.462	-0.001	0.131	0.1059	-0.1858	0.0432	0.1239	-0.1273	-0.0375	-0.0512	0.1011	0.0042	-0.0197	0.0926	0.0053	0.1092	-5.8857	26.3007	32.3795
3	1.447	-0.1826	0.2793	1.5954	-0.6363	2.1966	0.0259	0.2555	-0.1269	-0.2667	0.0175	0.0658	0.1582	-0.0087	-0.0432	0.1342	-0.0073	-0.0052	0.1115	-0.0245	0.0898	-0.4358	15.787	28.9373
4	2.0866	-0.484	1.1507	1.1882	-1.4623	2.7987	0.0436	0.0661	-0.0675	-0.0777	-0.0344	-0.0585	0.1214	0.1408	-0.035	0.0601	0.0055	0.0102	0.0553	-0.015	0.076	12.4163	16.0015	43.3414
5	2.1245	0.0282	0.1099	0.8479	-0.113	1.0025	-0.0291	-0.138	-0.2486	0.0285	0.0279	-0.0253	0.0601	0.0711	-0.0271	0.0896	0.0097	0.0051	0.082	0.0179	0.1103	7.7902	5.1497	52.2519
6	1.5687	0.0011	0.1459	1.1883	-0.5949	1.3256	-0.027	-0.451	-0.1375	0.2808	0.0983	0.161	-0.038	-0.0924	-0.0381	0.1328	0.0175	0.025	0.1809	0.0253	0.0973	0.0523	12.2933	59.8393
7	0.8748	-0.0651	0.0782	0.8547	-0.1197	0.9078	-0.0078	0.0654	0.1595	-0.0623	-0.0166	-0.0206	-0.0664	0.0449	0.0201	0.0937	-0.0121	0.0036	0.0685	0.0046	0.1049	4.4441	31.6379	37.5591
8	2.2867	-0.4151	-0.2909	2.5441	-0.8069	2.3724	0.0064	0.0808	0.1604	-0.1288	0.0327	-0.2423	-0.0882	0.1626	-0.0457	0.1174	-0.0131	0.0179	0.1479	-0.0039	0.1329	15.3607	25.5617	35.566
9	4.3233	-0.6313	-0.0216	3.763	-0.5687	3.2794	-0.0178	-0.5291	0.226	0.5515	0.0796	-0.1576	-0.2542	0.0951	-0.0818	0.1839	-0.013	-0.0181	0.1495	-0.055	0.1433	10.419	26.0897	58.3677

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 42 through 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 112 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 113 through 155 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 185 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 186 through 236 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 237 through 297 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 298 through 372 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 373 through 393 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 394 through 413 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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