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- PDB-4ktt: Structural insights of MAT enzymes: MATa2b complexed with SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ktt
タイトルStructural insights of MAT enzymes: MATa2b complexed with SAM
要素
  • Methionine adenosyltransferase 2 subunit beta
  • S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
キーワードTRANSFERASE / SAMe Synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase regulator activity / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / methionine adenosyltransferase complex / dTDP-rhamnose biosynthetic process / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / Methylation / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / extracellular polysaccharide biosynthetic process ...methionine adenosyltransferase regulator activity / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / methionine adenosyltransferase complex / dTDP-rhamnose biosynthetic process / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / Methylation / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / extracellular polysaccharide biosynthetic process / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process / Ub-specific processing proteases / enzyme binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase family / RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily ...dTDP-4-dehydrorhamnose reductase family / RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / Methionine adenosyltransferase 2 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Murray, B. / Antonyuk, S.V. / Marina, A. / Lu, S.C. / Mato, J.M. / Hasnain, S.S. / Rojas, A.L.
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2014
タイトル: Structure and function study of the complex that synthesizes S-adenosylmethionine.
著者: Murray, B. / Antonyuk, S.V. / Marina, A. / Van Liempd, S.M. / Lu, S.C. / Mato, J.M. / Hasnain, S.S. / Rojas, A.L.
履歴
登録2013年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Structure summary
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
C: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
D: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
E: Methionine adenosyltransferase 2 subunit beta
F: Methionine adenosyltransferase 2 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,70539
ポリマ－248,9566
非ポリマー2,74933
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17920 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area73450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.442, 115.723, 298.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II


分子量: 43807.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase
#2: タンパク質 Methionine adenosyltransferase 2 subunit beta / Methionine adenosyltransferase II beta / MAT II beta / Putative dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 4-reductase


分子量: 36862.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2B, TGR, MSTP045, Nbla02999, UNQ2435/PRO4995 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZL9

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非ポリマー , 5種, 141分子

#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE DATABASE SEQEUNCE REFEREENCE FOR METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA IS Q9NZL9 ...THE DATABASE SEQEUNCE REFEREENCE FOR METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE 2 SUBUNIT BETA IS Q9NZL9 ISOFORM 2. THE SEQUENCE OF THIS ISOFORM DIFFERS FROM THE CANONICAL SEQUENCE AS FOLLOWS: RESIDUES 1-21: MVGREKELSIHFVPGSCRLVE TO MPEMPEDMEQ.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES/Imidazole pH 6.5 0.1M Carboxylic acids 20% Ethylene glycol 10% PEG 8K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. all: 78380 / Num. obs: 77361 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1.75 / Observed criterion σ(I): 1.75 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.144
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2PO2 AND 2YDY

2po2

2ydy


解像度: 2.59→47.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.52 / SU B: 12.967 / SU ML: 0.275 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 3847 5 %
Rwork0.218 --
obs0.221 76590 96.8 %
all-78380 -
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.29 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----3.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→47.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16216 0 177 108 16501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01916705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0216113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0911.96322558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71337052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.88452053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1923.834759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.55152854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.33715116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.22490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02118751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023791
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.66 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 237 -
Rwork0.294 4091 -
obs--75.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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