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- PDB-4ktr: Crystal structure of 2-O-alpha-glucosylglycerol phosphorylase in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ktr
タイトルCrystal structure of 2-O-alpha-glucosylglycerol phosphorylase in complex with isofagomine and glycerol
要素Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
キーワードTRANSFERASE / (alpha/alpha)6 barrel / Phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


1,2-alpha-glucosylglycerol phosphorylase / : / glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Maltose phosphorylase/glycosyl hydrolase/vacuolar acid trehalase / Glycoside hydrolase, family 65, central catalytic / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 65 central catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 65, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 65, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 65, C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 ...Maltose phosphorylase/glycosyl hydrolase/vacuolar acid trehalase / Glycoside hydrolase, family 65, central catalytic / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 65 central catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 65, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 65, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 65, C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Glycosyltransferase - #10 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PE / 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE / TRIETHYLENE GLYCOL / 1,2-alpha-glucosylglycerol phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus selenitireducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Touhara, K.K. / Nihira, T. / Kitaoka, M. / Nakai, H. / Fushinobu, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for reversible phosphorolysis and hydrolysis reactions of 2-O-alpha-glucosylglycerol phosphorylase
著者: Touhara, K.K. / Nihira, T. / Kitaoka, M. / Nakai, H. / Fushinobu, S.
履歴
登録2013年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32015年8月12日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
B: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
C: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
D: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
E: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
F: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
G: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
H: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)708,73182
ポリマ－699,4848
非ポリマー9,24674
水35,4171966
1
A: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
B: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,56324
ポリマ－174,8712
非ポリマー2,69222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9600 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area52480 Å2
手法PISA
2
C: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
D: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,76726
ポリマ－174,8712
非ポリマー2,89624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10110 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area52740 Å2
手法PISA
3
E: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
F: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,71516
ポリマ－174,8712
非ポリマー1,84414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7790 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area52550 Å2
手法PISA
4
G: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
H: Glycoside hydrolase family 65 central catalytic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,68516
ポリマ－174,8712
非ポリマー1,81414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area52760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.003, 263.213, 138.793
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Glycoside hydrolase family 65 central catalytic / 2-O-alpha-glucosylglycerol phosphorylase


分子量: 87435.547 Da / 分子数: 8 / 変異: E475Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus selenitireducens (バクテリア)
株: MLS10 / 遺伝子: Bsel_2816 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus
参照: UniProt: D6XZ22, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの

-
非ポリマー , 11種, 2040分子

#2: 化合物
ChemComp-IFM / 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE / Afegostat / isofagomine / (3R,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-3,4-DIOL / イソファゴミン


分子量: 147.172 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO3
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル


分子量: 310.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O7
#10: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1966 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG 400, 0.1M Tris, 0.2M calcium chloride, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月25日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 331857 / Num. obs: 331489 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 40.235 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 16537 / Rsym value: 0.516 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→48.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.901 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22776 16702 5 %RANDOM
Rwork0.16677 ---
all0.16982 315265 --
obs0.16984 314729 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.145 Å0.267 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数48696 0 602 1966 51264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0250374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8851.94568117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3856082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.80624.4482536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.725158356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.70315272
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.27346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02138480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 1236 -
Rwork0.217 22855 -
obs--99.12 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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