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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ktc | ||||||
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タイトル | NS3/NS4A protease with inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint ...RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein-DNA complex / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hepatitis C virus (ウイルス) Synthetic (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, H. / Ballard, J. / Vigers, G.P.A. / Brandhuber, B.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Discovery of Danoprevir (ITMN-191/R7227), a Highly Selective and Potent Inhibitor of Hepatitis C Virus (HCV) NS3/4A Protease. 著者: Jiang, Y. / Andrews, S.W. / Condroski, K.R. / Buckman, B. / Serebryany, V. / Wenglowsky, S. / Kennedy, A.L. / Madduru, M.R. / Wang, B. / Lyon, M. / Doherty, G.A. / Woodard, B.T. / Lemieux, C. ...著者: Jiang, Y. / Andrews, S.W. / Condroski, K.R. / Buckman, B. / Serebryany, V. / Wenglowsky, S. / Kennedy, A.L. / Madduru, M.R. / Wang, B. / Lyon, M. / Doherty, G.A. / Woodard, B.T. / Lemieux, C. / Do, M.G. / Zhang, H. / Ballard, J. / Vigers, G. / Brandhuber, B.J. / Stengel, P. / Josey, J.A. / Beigelman, L. / Blatt, L. / Seiwert, S.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ktc.cif.gz | 87.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ktc.ent.gz | 65.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ktc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ktc_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ktc_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4ktc_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ktc_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4ktc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4ktc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1dy8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20024.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (isolate Japanese) (C型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P26662, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1686.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid-phase peptide synthesis / 由来: (合成) Synthetic (人工物) #3: 化合物 | #4: 化合物 | タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 741.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H51N5O9S 参照: (2R,6S,13AR,14AR,16AS)-6-{[(CYCLOPENTYLOXY)CARBONYL]AMINO}-14A-[(CYCLOPROPYLSULFONYL)CARBAMOYL]-5,16-DIOXOOCTADECAHYDROCYCLOPROPA[E]PYRROLO[1,2-A][1,4]DIAZACYCLOPENTADECIN-2-YL 3,4- ...参照: (2R,6S,13AR,14AR,16AS)-6-{[(CYCLOPENTYLOXY)CARBONYL]AMINO}-14A-[(CYCLOPROPYLSULFONYL)CARBAMOYL]-5,16-DIOXOOCTADECAHYDROCYCLOPROPA[E]PYRROLO[1,2-A][1,4]DIAZACYCLOPENTADECIN-2-YL 3,4-DIHYDROISOQUINOLINE-2(1H)-CARBOXYLATE #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 18% PEG3350, 10% Glycerol, 1M MgCl2, 100mM Bis-Tris pH 6.2 and 10mM DTT at 20C. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月2日 / 詳細: Confocal mirrors |
放射 | モノクロメーター: Confocal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→28.46 Å / Num. all: 17102 / Num. obs: 16946 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 9.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.74 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2474 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DY8 解像度: 2.3→28.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 7.766 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.359 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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