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万見
- PDB-4ktc: NS3/NS4A protease with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ktc
タイトルNS3/NS4A protease with inhibitor
要素
  • NS4A peptide
  • Serine protease NS3
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint ...RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein-DNA complex / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Thrombin, subunit H / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,6S,13AR,14AR,16AS)-6-{[(CYCLOPENTYLOXY)CARBONYL]AMINO}-14A-[(CYCLOPROPYLSULFONYL)CARBAMOYL]-5,16-DIOXOOCTADECAHYDROCYCLOPROPA[E]PYRROLO[1,2-A][1,4]DIAZACYCLOPENTADECIN-2-YL 3,4-DIHYDROISOQUINOLINE-2(1H)-CARBOXYLATE / Chem-1X3 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
Synthetic (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, H. / Ballard, J. / Vigers, G.P.A. / Brandhuber, B.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery of Danoprevir (ITMN-191/R7227), a Highly Selective and Potent Inhibitor of Hepatitis C Virus (HCV) NS3/4A Protease.
著者: Jiang, Y. / Andrews, S.W. / Condroski, K.R. / Buckman, B. / Serebryany, V. / Wenglowsky, S. / Kennedy, A.L. / Madduru, M.R. / Wang, B. / Lyon, M. / Doherty, G.A. / Woodard, B.T. / Lemieux, C. ...著者: Jiang, Y. / Andrews, S.W. / Condroski, K.R. / Buckman, B. / Serebryany, V. / Wenglowsky, S. / Kennedy, A.L. / Madduru, M.R. / Wang, B. / Lyon, M. / Doherty, G.A. / Woodard, B.T. / Lemieux, C. / Do, M.G. / Zhang, H. / Ballard, J. / Vigers, G. / Brandhuber, B.J. / Stengel, P. / Josey, J.A. / Beigelman, L. / Blatt, L. / Seiwert, S.D.
履歴
登録2013年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease NS3
B: NS4A peptide
C: Serine protease NS3
D: NS4A peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0378
ポリマ－43,4224
非ポリマー1,6154
水70339
1
A: Serine protease NS3
B: NS4A peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5184
ポリマ－21,7112
非ポリマー8072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area8400 Å2
手法PISA
2
C: Serine protease NS3
D: NS4A peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5184
ポリマ－21,7112
非ポリマー8072
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area8630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.988, 72.988, 127.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Serine protease NS3 / Hepacivirin / NS3P / p70


分子量: 20024.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus (isolate Japanese) (C型肝炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P26662, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド NS4A peptide


分子量: 1686.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid-phase peptide synthesis / 由来: (合成) Synthetic (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-1X3 / (2R,6S,13aR,14aR,16aS)-6-{[(cyclopentyloxy)carbonyl]amino}-14a-[(cyclopropylsulfonyl)carbamoyl]-5,16-dioxooctadecahydrocyclopropa[e]pyrrolo[1,2-a][1,4]diazacyclopentadecin-2-yl 3,4-dihydroisoquinoline-2(1H)-carboxylate


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 741.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H51N5O9S
参照: (2R,6S,13AR,14AR,16AS)-6-{[(CYCLOPENTYLOXY)CARBONYL]AMINO}-14A-[(CYCLOPROPYLSULFONYL)CARBAMOYL]-5,16-DIOXOOCTADECAHYDROCYCLOPROPA[E]PYRROLO[1,2-A][1,4]DIAZACYCLOPENTADECIN-2-YL 3,4- ...参照: (2R,6S,13AR,14AR,16AS)-6-{[(CYCLOPENTYLOXY)CARBONYL]AMINO}-14A-[(CYCLOPROPYLSULFONYL)CARBAMOYL]-5,16-DIOXOOCTADECAHYDROCYCLOPROPA[E]PYRROLO[1,2-A][1,4]DIAZACYCLOPENTADECIN-2-YL 3,4-DIHYDROISOQUINOLINE-2(1H)-CARBOXYLATE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 18% PEG3350, 10% Glycerol, 1M MgCl2, 100mM Bis-Tris pH 6.2 and 10mM DTT at 20C. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月2日 / 詳細: Confocal mirrors
放射モノクロメーター: Confocal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.46 Å / Num. all: 17102 / Num. obs: 16946 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 9.13
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.74 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2474 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
CrystalClearデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DY8

1dy8


解像度: 2.3→28.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 7.766 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25838 827 4.9 %RANDOM
Rwork0.2064 ---
obs0.20896 16112 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.359 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å21.08 Å2-0 Å2
2--1.08 Å2-0 Å2
3----3.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2778 0 106 39 2923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192950
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2982.0214030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2155376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.10921.86891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.73115447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8831524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 59 -
Rwork0.255 1164 -
obs--97.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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