PDB-4kt7: The crystal structure of 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythrito...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kt7

タイトル

The crystal structure of 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritolsynthase from Anaerococcus prevotii DSM 20548

要素

2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaerococcus prevotii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Borek, D. / Tan, K. / Stols, L. / Eschenfeidt, W.H. / Otwinoski, Z. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritolsynthase from Anaerococcus prevotii DSM 20548
著者: Borek, D. / Tan, K. / Stols, L. / Eschenfeidt, W.H. / Otwinoski, Z. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kt7.cif.gz	201.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kt7.ent.gz	162.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kt7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kt7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mrm-1 2yc5-1 6xhr-3 5mrq-1 6xhs-3 5mrn-1 4nan-1 3f1c-d 3eis-5 5n9m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100369

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

55 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.858, 145.509, 36.719
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-301- NA
2	1	B-465- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 229 / Label seq-ID: 6 - 232

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

詳細

Experimentally unknown. The chains A and B is predicted to form a dimer.

#1: タンパク質	2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase / MEP cytidylyltransferase 分子量: 27446.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaerococcus prevotii (バクテリア) 株: DSM 20548 / 遺伝子: Apre_0175, ispD / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic 参照: UniProt: C7RFG6, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 3.0 Sodium Chloride, 0.1M Bis-TrisHCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月20日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→75 Å / Num. all: 32747 / Num. obs: 32747 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.001→33.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2281	1494	5.01 %
R_work	0.1808	-	-
obs	0.1832	29845	91.21 %
all	-	28356	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.848 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→33.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3606	0	2	250	3858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3699
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	4993
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.082	1402
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	635

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7934 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0014-2.066	0.2515	75	0.2159	1378	X-RAY DIFFRACTION	50
2.066-2.1398	0.2643	109	0.2057	1960	X-RAY DIFFRACTION	71
2.1398-2.2255	0.289	121	0.2121	2382	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2255-2.3267	0.2542	148	0.2042	2686	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3267-2.4494	0.2508	133	0.1957	2800	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4494-2.6028	0.2253	137	0.1925	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6028-2.8037	0.2427	158	0.2005	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8037-3.0856	0.2783	152	0.1939	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0856-3.5317	0.2051	159	0.1678	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5317-4.4479	0.2206	143	0.153	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4479-33.6149	0.1951	159	0.1761	3026	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4342	-0.508	-0.6596	1.3341	1.166	3.2371	-0.1869	-0.8759	-0.1498	0.8856	-0.0683	0.016	-0.3108	0.246	0.1431	0.4162	0.0924	0.0236	0.2564	0.049	0.2139	19.0681	-19.0568	16.5456
2	6.0135	2.3662	-0.9174	6.5167	2.4229	1.5141	0.1831	0.8442	0.1459	-0.854	0.5287	-0.2337	-1.1642	0.4016	-0.7236	0.4353	-0.1751	0.1586	1.0314	0.1581	0.8126	36.8178	-4.3928	1.575
3	2.9559	0.9883	-0.2405	2.1165	-0.0335	0.8246	0.2669	-0.009	-0.3192	0.0494	-0.2308	-0.5477	0.132	0.9927	-0.0757	0.1533	0.0481	-0.0144	0.4911	0.0374	0.3646	32.5157	-14.9452	6.5832
4	2.8987	0.7444	-0.227	2.999	0.9658	2.2843	0.061	0.0211	-0.39	0.2136	-0.1498	-0.2306	0.3628	0.6956	0.0323	0.1312	0.0173	-0.0007	0.2773	0.0285	0.1894	22.0491	-17.3416	4.0557
5	1.7851	-0.4264	0.1667	1.5475	-0.1899	0.9333	-0.0399	-0.2041	0.0074	0.366	-0.0653	-0.2312	-0.1313	0.1783	0.0735	0.114	-0.0413	-0.0347	0.156	0.004	0.0833	17.2511	-1.5601	14.9726
6	2.5171	-2.4319	0.0121	3.8209	-1.0851	0.745	0.0953	0.0805	0.0796	0.2339	-0.1894	0.2884	-0.1752	0.0208	0.0999	0.2027	-0.0448	-0.021	0.1444	-0.0712	0.2329	10.0414	10.901	10.2566
7	3.7236	-0.9779	0.4283	3.2548	1.7741	3.1294	0.1136	0.2794	0.0997	-0.1607	-0.2834	0.3482	-0.0889	-0.2508	0.1525	0.1409	-0.0186	0.0071	0.2024	0.0085	0.1301	8.7211	-10.788	3.1419
8	2.1374	0.423	0.4974	1.5877	0.1913	1.0641	-0.253	-0.076	-0.0743	-0.1011	-0.021	-0.0447	-0.4785	0.0942	0.1047	0.1867	-0.1232	-0.0399	0.2041	-0.0012	0.1957	15.1635	-2.8564	12.248
9	6.4007	0.6157	-0.8061	5.6496	-0.7837	8.3418	-0.3391	-0.3894	0.158	-0.3306	0.1098	-0.8284	-1.2276	0.7469	0.2184	0.6439	-0.3479	0.0223	0.6269	0.0289	0.5933	35.8076	6.5216	10.173
10	3.4922	-0.4119	-2.0536	3.9856	0.8741	1.8038	-0.1253	0.0527	0.1183	-0.1209	0.2742	-0.8254	-0.3423	1.1455	-0.23	0.4882	-0.0454	-0.0686	0.3655	-0.1197	0.3541	27.106	31.9426	11.5034
11	2.6899	-0.9244	-1.1863	2.6337	-1.6066	2.314	-0.2305	-0.5117	0.5227	-0.1435	0.5965	-0.9556	-1.1564	1.1422	0.3143	0.506	-0.4253	0.0046	0.4052	-0.2273	0.5102	29.9555	36.3461	12.2301
12	2.6263	-0.6692	-0.0373	2.8184	0.8516	2.9221	0.1864	-0.2201	0.5441	-0.12	0.0063	-0.2069	-0.9547	0.2635	-0.0267	0.5642	-0.0598	-0.0207	0.1234	-0.0422	0.3243	19.3347	37.5678	14.9647
13	1.2095	0.7065	0.0869	3.2044	0.2453	2.0479	-0.1788	0.1559	0.0221	-0.3103	0.1644	-0.0426	-0.2168	-0.0815	-0.0337	0.1245	-0.0039	-0.0256	0.1092	-0.0215	0.1001	13.8641	16.6482	5.6356
14	2.3787	-0.032	-0.8926	3.3377	1.9149	4.4498	-0.0627	-0.1648	0.0546	0.3015	-0.2562	0.5025	-0.2482	-0.5822	0.2471	0.2632	0.0321	0.0149	0.2114	-0.0499	0.2552	9.5202	27.0347	12.1319
15	5.4735	0.0017	-0.1973	6.5302	1.4908	3.0965	-0.0808	0.7589	0.1212	0.3636	0.2357	-1.262	0.1588	0.7204	-0.1049	0.3176	0.1727	-0.0681	0.8245	0.0024	0.5361	36.5089	16.4053	7.6573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 35 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 107 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 108 through 146 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 147 through 165 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 166 through 196 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 197 through 217 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 218 through 230 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 3 through 35 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 36 through 71 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 72 through 107 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 108 through 165 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 166 through 217 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 218 through 230 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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