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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kt7 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritolsynthase from Anaerococcus prevotii DSM 20548 | ||||||
要素 | 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / structural genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Anaerococcus prevotii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.001 Å | ||||||
データ登録者 | Borek, D. / Tan, K. / Stols, L. / Eschenfeidt, W.H. / Otwinoski, Z. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritolsynthase from Anaerococcus prevotii DSM 20548 著者: Borek, D. / Tan, K. / Stols, L. / Eschenfeidt, W.H. / Otwinoski, Z. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kt7.cif.gz | 197.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kt7.ent.gz | 165.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kt7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4kt7_validation.pdf.gz | 431.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4kt7_full_validation.pdf.gz | 433.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4kt7_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4kt7_validation.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kt7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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詳細 | Experimentally unknown. The chains A and B is predicted to form a dimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27446.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Anaerococcus prevotii (バクテリア) 株: DSM 20548 / 遺伝子: Apre_0175, ispD / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic 参照: UniProt: C7RFG6, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 3.0 Sodium Chloride, 0.1M Bis-TrisHCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月20日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→75 Å / Num. all: 32747 / Num. obs: 32747 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.001→33.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.848 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.001→33.61 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 7934 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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