PDB-4ksn: C-terminal domain of SdbC protein from Legionella pneumophila.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ksn

タイトル

C-terminal domain of SdbC protein from Legionella pneumophila.

要素

SdbC

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / APC105586 / SdbC / effector protein / unknown ligand / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Double Stranded RNA Binding Domain - #80 / : / SdbC, C-terminal domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Other non-globular / Special / Alpha/Beta hydrolase fold / Unknown ligand / SdbC

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: C-terminal domain of SdbC protein from Legionella pneumophila.
著者: Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ksn.cif.gz	111.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ksn.ent.gz	93.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ksn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/4ksn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/4ksn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3soh-d 6t5e-d 2nte-d 4fk1-2 4cbv-3 1l8w-5 3f8d-2 3ca6-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC105586

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SdbC

B: SdbC

C: SdbC

D: SdbC

35.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SdbC

B: SdbC

C: SdbC

D: SdbC

A: SdbC

B: SdbC

C: SdbC

D: SdbC

ソフトウェアが定義した集合体
70.5 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.240, 57.928, 81.448
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.78, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	SdbC 分子量: 8811.710 Da / 分子数: 4 / 変異: L382M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg2391, sdbC / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZSX5
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.86→45.77 Å / Num. all: 29977 / Num. obs: 29977 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.87-1.9	3.8	0.629	1.99	1	94.5
1.9-1.94	4.4	0.536		1	98.7
1.94-1.97	4.9	0.437		1	100
1.97-2.01	5.5	0.374		1	100
2.01-2.06	5.8	0.32		1	100
2.06-2.11	5.8	0.262		1	100
2.11-2.16	5.8	0.226		1	100
2.16-2.22	5.8	0.202		1	100
2.22-2.28	5.8	0.17		1	100
2.28-2.36	5.8	0.152		1	100
2.36-2.44	5.8	0.137		1	100
2.44-2.54	5.8	0.125		1	100
2.54-2.65	5.8	0.107		1	100
2.65-2.79	5.8	0.087		1	100
2.79-2.97	5.8	0.074		1	100
2.97-3.2	5.8	0.062		1	99.9
3.2-3.52	5.6	0.054		1	100
3.52-4.03	5.6	0.051		1	99.9
4.03-5.07	5.5	0.043		1	99.9
5.07-50	5.5	0.047		1	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.86→45.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 5.745 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22488	1525	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18778	-	-	-
obs	0.18975	28452	99.36 %	-
all	-	29977	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.259 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.99 Å²	0 Å²	1.59 Å²
2-	-	-2.19 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→45.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1948	0	19	168	2135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	2.022	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.785	3	4575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.998	5	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.016	24.659	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.055	15	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.312	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	411
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	98	-
R_work	0.269	1960	-
obs	-	-	93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4145	0.6002	-2.6499	0.7131	-0.3317	3.1191	-0.1324	0.2261	0.0324	-0.1073	0.0932	0.1985	0.1031	-0.2699	0.0391	0.0522	0.0283	-0.0662	0.2203	0.033	0.1406	36.2031	35.2565	42.5834
2	2.1131	-0.0276	0.3757	1.118	-0.7386	0.7256	-0.0407	-0.0222	0.0808	-0.1475	0.0655	-0.2353	0.1802	-0.0419	-0.0248	0.0663	0.0108	-0.0616	0.1447	-0.0135	0.2463	46.1536	24.9492	38.0921
3	2.06	0.7464	1.0958	2.6158	0.5011	2.9008	-0.0079	0.3777	0.0822	-0.1749	0.0039	-0.4415	-0.2345	0.294	0.004	0.1205	0.004	-0.0239	0.2505	0.0106	0.1439	40.4299	34.1796	15.9163
4	1.3921	-0.3877	0.8681	0.3384	-0.1721	0.5645	0.0696	-0.0288	-0.2528	0.0547	0.0889	0.0481	0.0662	-0.0139	-0.1585	0.033	-0.0063	-0.0178	0.213	-0.0223	0.0521	35.6972	21.6428	21.4195

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999

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関連情報:EMDBヘッダ

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