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- PDB-4krf: Structure of Human Argonaute-1 let-7 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4krf
タイトルStructure of Human Argonaute-1 let-7 complex
要素
  • Protein argonaute-1
  • RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*UP*U)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / eukaryotic Argonaute / GENE REGULATION / RNAi / Slicer / TRANSCRIPTION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly ...Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / RISC complex / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / RNA polymerase II complex binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / Transcriptional Regulation by VENTX / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / regulation of mRNA stability / negative regulation of angiogenesis / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAPK6/MAPK4 signaling / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain / DUF1785 ...paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Beta Complex / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Faehnle, C.R. / Elkayam, E. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: The making of a slicer: activation of human argonaute-1.
著者: Faehnle, C.R. / Elkayam, E. / Haase, A.D. / Hannon, G.J. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2013年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-1
R: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5392
ポリマ－104,5392
非ポリマー00
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area38280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.390, 97.730, 72.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-1 / Argonaute1 / hAgo1 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 1 / eIF-2C 1 / eIF2C 1 / Putative ...Argonaute1 / hAgo1 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 1 / eIF-2C 1 / eIF2C 1 / Putative RNA-binding protein Q99


分子量: 97420.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGO1, EIF2C1 / プラスミド: Multi-Bac, pFL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q9UL18
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*UP*U)-3')


分子量: 7118.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: let-7 miRNA
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 13% PEG 3350, 9% iso-propanol, 0.1M Tris pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 50618 / Num. obs: 50618 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 40.298 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 16.85
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.1-2.160.322.434394255864.1
2.16-2.210.2323.215395297877.4
2.21-2.280.1874.036622330387.9
2.28-2.350.1685.128295350296.2
2.35-2.430.1426.629752348199.1
2.43-2.510.137.8610587342599.7
2.51-2.610.11210.1111487327299.7
2.61-2.710.09711.4210893318399.6
2.71-2.830.07714.2910690300099.8
2.83-2.970.06516.369952291199.5
2.97-3.130.05319.959695275899.7
3.13-3.320.04323.58909260599.4
3.32-3.550.03728.638631245799.2
3.55-3.840.03232.177906230299.5
3.84-4.20.0335.167164209499.5
4.2-4.70.02838.476807192899.7
4.7-5.430.02837.75789169599.3
5.43-6.640.0336.244938143299.7
6.64-9.40.02739.653790110999.1
9.40.02244.3205262597.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.101→40.568 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8372 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2173 2003 3.96 %Random
Rwork0.1755 ---
obs0.1772 50614 94.4 %-
all-50614 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.54 Å2 / Biso mean: 38.0837 Å2 / Biso min: 12.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→40.568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6580 259 0 367 7206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7239574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4762700
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.101-2.15370.3294920.23952364245664
2.1537-2.21190.2711180.21112816293477
2.2119-2.2770.29151340.20383215334988
2.277-2.35050.25051450.19313525367096
2.3505-2.43450.28751540.1923641379599
2.4345-2.53190.24041460.188236353781100
2.5319-2.64710.25591520.184236553807100
2.6471-2.78670.22341520.1936703822100
2.7867-2.96120.23921460.188936623808100
2.9612-3.18980.21871550.18436773832100
3.1898-3.51060.23061510.177836533804100
3.5106-4.01820.18091500.159536623812100
4.0182-5.0610.16491490.148137053854100
5.061-40.5680.211590.172237313890100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7641-0.1434-0.61571.31861.5133.35490.1161-0.38130.4508-0.1281-0.03850.0509-0.24740.4099-0.08470.15860.00480.05110.320.00350.263120.147410.1732-36.7117
22.3863-0.20881.04632.9964-0.78154.2759-0.00720.00020.2513-0.3054-0.0557-0.0615-0.54040.05220.07740.3274-0.00040.06380.2193-0.03110.174822.766427.2187-64.3762
31.8241-0.57581.88010.4705-1.05712.90760.1109-0.2349-0.3888-0.11510.26980.23150.2015-0.6052-0.2760.3196-0.018-0.03430.44010.02870.291-4.321512.0239-70.7109
43.3984-1.90673.36432.7344-3.77127.1484-0.15550.02780.07680.10150.38060.1875-0.2633-0.611-0.11790.276-0.0587-0.04620.48820.0250.2989-12.391915.9353-78.0832
51.62971.8426-1.88722.0394-2.04012.2147-0.31670.0602-0.2639-0.54530.0271-0.14590.46320.24240.31040.33910.08930.06660.2554-0.00090.264721.31623.0796-55.738
62.0725-0.6510.90661.0331-0.7312.26050.0833-0.3139-0.6174-0.02980.17140.47310.2496-0.5281-0.10230.2264-0.0532-0.01060.31180.07510.4193-19.3623-3.4172-31.8924
72.56840.1261-0.08982.11330.67912.54910.1939-0.0410.2439-0.12490.0625-0.0348-0.41850.0743-0.11540.2682-0.01580.1160.1455-0.03560.255-1.815720.3738-30.3638
82.75360.0961-1.56660.7983-0.40581.67490.047-0.22470.0433-0.1057-0.0738-0.01460.03460.2505-0.01480.17360.01650.01770.1720.01130.154410.23325.756-36.5532
95.14940.06310.09456.0812-1.79783.41080.0992-0.0750.3588-0.0658-0.17060.341-0.4981-0.57820.01010.22690.07530.00680.2435-0.05420.2373-16.802816.0164-38.3124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 19:43)A19 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 44:169)A44 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 170:301)A170 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 302:362)A302 - 362
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 363:411)A363 - 411
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 412:578)A412 - 578
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 579:697)A579 - 697
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 698:803)A698 - 803
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 804:857)A804 - 857

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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