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- PDB-4krc: Crystal Structure of Pho85-Pcl10-ATP-gamma-S Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4krc
タイトルCrystal Structure of Pho85-Pcl10-ATP-gamma-S Complex
要素
  • Cyclin-dependent protein kinase PHO85
  • PHO85 cyclin-10
キーワードTransferase/Signaling Protein / Glycogen Synthesis / Glycogen Synthesis Regulation / Transferase-Signaling Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment or maintenance of cytoskeleton polarity / Pho85-Pho80 CDK-cyclin complex / negative regulation of phosphate metabolic process / regulation of glycogen biosynthetic process / regulation of cell cycle phase transition / long-chain fatty acid metabolic process / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / fungal-type cell wall organization / regulation of nucleocytoplasmic transport ...establishment or maintenance of cytoskeleton polarity / Pho85-Pho80 CDK-cyclin complex / negative regulation of phosphate metabolic process / regulation of glycogen biosynthetic process / regulation of cell cycle phase transition / long-chain fatty acid metabolic process / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / fungal-type cell wall organization / regulation of nucleocytoplasmic transport / negative regulation of glycogen biosynthetic process / cell cycle G1/S phase transition / cellular bud neck / negative regulation of calcium-mediated signaling / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / glycogen metabolic process / negative regulation of macroautophagy / lipid homeostasis / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of macroautophagy / regulation of cell division / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of protein stability / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein destabilization / regulation of protein localization / protein kinase activity / regulation of cell cycle / protein serine kinase activity / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin PHO80-like / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Cyclin PHO80-like / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Cyclin-dependent protein kinase PHO85 / PHO85 cyclin-10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.597 Å
データ登録者Quiocho, F.A. / Zheng, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: New Structural Insights into Phosphorylation-free Mechanism for Full Cyclin-dependent Kinase (CDK)-Cyclin Activity and Substrate Recognition.
著者: Zheng, F. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2013年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent protein kinase PHO85
B: PHO85 cyclin-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6574
ポリマ－60,1092
非ポリマー5482
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.145, 65.378, 80.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Heterodimer is composed of one molecular Pho85 and one molecular Pcl10

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent protein kinase PHO85 / Negative regulator of the PHO system / Serine/threonine-protein kinase PHO85


分子量: 36356.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: P7102.18A, PHO85, SSG3, YPL031C / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P17157, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質 PHO85 cyclin-10


分子量: 23752.602 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 227-433 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: G2838, PCL10, YGL134W / プラスミド: pSBET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P53124
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 22-25% Polyethylene glycol 5000 monomethyl ether (PEG 5K MME), 0.1 M 2-morpholinoethanesulfonic acid (MES), pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月5日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.597→39.441 Å / Num. all: 15921 / Num. obs: 15166 / % possible obs: 95.26 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / % possible all: 73.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.597→39.441 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2704 756 4.98 %random
Rwork0.2039 ---
obs0.2074 15166 95.26 %-
all-15921 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.393 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.4112 Å2-0 Å2-14.0521 Å2
2---12.6379 Å20 Å2
3---5.2267 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.597→39.441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3528 0 32 23 3583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9664957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.061245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004623
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5972-2.79760.31271090.23392418X-RAY DIFFRACTION80
2.7976-3.07910.28941510.22832901X-RAY DIFFRACTION97
3.0791-3.52440.28661440.20933022X-RAY DIFFRACTION100
3.5244-4.43940.27291680.18323009X-RAY DIFFRACTION100
4.4394-39.44570.25291840.19793060X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16520.4113-0.2371.3119-0.72851.2150.0004-0.0054-0.03330.17130.0119-0.0566-0.1370.05270.3632-0.0153-0.01260.3455-0.00570.34533.0252-5.799434.4235
20.6294-0.03570.6950.63250.28460.91020.06270.1554-0.8256-0.01980.2351-0.29070.18020.41170.5539-00.01770.8157-0.230.824211.4464-15.5934.6551
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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