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万見
- PDB-1wv2: Crystal structure of thiamine biosynthesis protein from Pseudomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wv2
タイトルCrystal structure of thiamine biosynthesis protein from Pseudomonas Aeruginosa
要素Thiazole biosynthesis protein thiG
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural genomics / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC target T1779 / thiamine biosynthesis / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


2-iminoacetate synthase complex / thiazole synthase / thiazole synthase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiazole synthase / Thiazole synthase ThiG / Thiazole biosynthesis protein ThiG / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of thiamine biosynthesis protein from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C.
履歴
登録2004年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiazole biosynthesis protein thiG
B: Thiazole biosynthesis protein thiG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5252
ポリマ－56,5252
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
2
A: Thiazole biosynthesis protein thiG
B: Thiazole biosynthesis protein thiG

A: Thiazole biosynthesis protein thiG
B: Thiazole biosynthesis protein thiG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0514
ポリマ－113,0514
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+4/31
Buried area9480 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area34500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.115, 74.115, 164.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Thiazole biosynthesis protein thiG / thiazole moeity


分子量: 28262.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6B4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: Sodium Chloride, Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979, 0.97934, 0.97911, 0.97166
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979341
30.979111
40.971661
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. all: 11974 / Num. obs: 11974 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.304 611 RANDOM
Rwork0.254 --
all0.257 11974 -
obs0.257 11974 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 0 0 3384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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