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万見
- PDB-4kr9: Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase - RNA complex at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kr9
タイトルCrystal structure of a 4-thiouridine synthetase - RNA complex at 3.5 Angstrom resolution
要素
  • Probable tRNA sulfurtransferase
  • RNA (39-MER)
キーワードTransferase/rna / tRNA modification / thiouridine / sulfurtransferase / adenylation / THUMP domain / PP-loop motif / 4-thiouridine synthesis / Transferase-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA uracil 4-sulfurtransferase / tRNA-uracil-4 sulfurtransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase activity / tRNA 4-thiouridine biosynthesis / thiazole biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / tRNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA sulfurtransferase ThiI / : / Thil, AANH domain / : / : / : / Thiamine biosynthesis protein (ThiI) / ThiI ferredoxin-like domain / VC0802-like - #30 / THUMP ...tRNA sulfurtransferase ThiI / : / Thil, AANH domain / : / : / : / Thiamine biosynthesis protein (ThiI) / ThiI ferredoxin-like domain / VC0802-like - #30 / THUMP / THUMP domain / THUMP domain / THUMP domain profile. / VC0802-like / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Probable tRNA sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Neumann, P. / Ficner, R. / Lakomek, K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase-RNA complex reveals specificity of tRNA U8 modification.
著者: Neumann, P. / Lakomek, K. / Naumann, P.T. / Erwin, W.M. / Lauhon, C.T. / Ficner, R.
履歴
登録2013年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22020年4月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: diffrn_source / reflns ...diffrn_source / reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable tRNA sulfurtransferase
B: Probable tRNA sulfurtransferase
M: RNA (39-MER)
X: RNA (39-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5054
ポリマ－113,5054
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.284, 113.551, 132.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111((chain A and (resid 3:11 or resid 23:26 or resid...
211((chain B and (resid 3:11 or resid 23:26 or resid...
112((chain A and (resid 79:113 or resid 114: 137 or...
212((chain B and (resid 79:113 or resid 114: 137 or...
113((chain A and (resid 165:181 or resid 182:208 or resid...
213((chain B and (resid 165:181 or resid 182:208 or resid...
114chain M and (resseq 1:8 or resseq 28:35 )
214chain X and (resseq 1:8 or resseq 28:35 )
115chain M and (resid 17:19 or resid 24:27 )
215chain X and (resid 17:19 or resid 24:27 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.769961, 0.633016, -0.08031), (0.637679, 0.758829, -0.13245), (-0.022901, -0.153193, -0.987931)-53.567001, 17.242001, -30.4454
2given(-0.775609, 0.627721, -0.066317), (0.630901, 0.767627, -0.112745), (-0.019866, -0.129286, -0.991408)-52.665798, 17.9702, -31.298901
3given(-0.753898, 0.654688, -0.05497), (0.654561, 0.741284, -0.148488), (-0.056465, -0.147926, -0.987385)-52.720798, 17.237, -31.391701
4given(-0.752615, 0.292585, 0.589885), (0.202431, 0.955281, -0.215547), (-0.626572, -0.042813, -0.778187)-23.955099, 12.8911, -22.110701
5given(-0.775859, 0.102933, 0.622453), (0.129382, 0.991591, -0.002708), (-0.617498, 0.078433, -0.782652)-20.7048, 20.7383, -22.559099

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要素

#1: タンパク質 Probable tRNA sulfurtransferase / Sulfur carrier protein ThiS sulfurtransferase / Thiamine biosynthesis protein ThiI / tRNA 4- ...Sulfur carrier protein ThiS sulfurtransferase / Thiamine biosynthesis protein ThiI / tRNA 4-thiouridine synthase


分子量: 44193.094 Da / 分子数: 2 / 変異: E2K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / 遺伝子: AAD36761, thiI, TM_1694 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X220, tRNA uracil 4-sulfurtransferase
#2: RNA鎖 RNA (39-MER)


分子量: 12559.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.97 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir ...詳細: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir solution (2.0 M sodium formate, 100 mM sodium citrate 2 mMDTT), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.978
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.474→52.165 Å / Num. obs: 20061 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 102.57 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.611 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→29.75 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.08 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: REFINEMENT WAS BASED ON SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE AND GROUPED B-FACTORS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 996 4.99 %
Rwork0.23 --
obs0.232 19940 98.9 %
all-19940 -
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 127.06 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 159.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.4952 Å20 Å20 Å2
2---9.1395 Å20 Å2
3---1.6444 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6198 1662 0 0 7860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098439
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97911406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1413360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051162
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A488X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B488X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
21A609X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B609X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
31A1482X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B1482X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
41M340X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42X340X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.083
51M150X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52X150X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.68420.33811400.30122686X-RAY DIFFRACTION100
3.6842-3.91460.30961390.27612690X-RAY DIFFRACTION100
3.9146-4.21610.29431430.25932684X-RAY DIFFRACTION100
4.2161-4.63890.22011420.21452697X-RAY DIFFRACTION100
4.6389-5.30690.26841420.19892732X-RAY DIFFRACTION100
5.3069-6.67360.25471430.21532744X-RAY DIFFRACTION100
6.6736-29.74610.23811470.20042711X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2060.65611.95523.4546-0.03631.9007-0.2888-0.10760.8338-0.050.43280.5137-0.13660.07720.00021.3106-0.15710.05671.3848-0.15791.5632-21.479343.67117.7948
21.3958-0.4605-0.44653.2013-0.2642.353-0.2943-0.12540.42280.32490.26460.07530.0826-0.08520.00041.2080.05190.04891.5976-0.05511.1573-21.785921.55649.0589
31.32420.0571-0.99382.22720.44520.8468-0.221-0.0755-0.33750.07470.1601-0.12120.23380.4402-0.00011.16470.11170.09361.161-0.01341.2769-16.2618-3.965-13.0678
43.72180.1705-0.51181.65780.37490.0997-0.00330.18350.2877-0.36770.56040.1162-0.2171-0.05-0.00031.7933-0.36880.36051.37540.04061.5543-8.732834.2587-43.71
53.79711.05370.83940.469-0.47692.9031-0.17840.73910.0193-0.48310.2999-0.21740.2812-0.1756-0.00021.4934-0.16860.07891.54420.0211.1522-22.595517.7615-41.8984
62.36760.7192-1.39382.0736-0.13012.7591-0.17730.121-0.0962-0.14120.18730.2743-0.1586-0.51101.0685-0.02240.08331.19730.03281.2465-42.27345.3166-16.863
72.38061.884-0.74652.6451-0.1650.283-0.0815-0.44070.6918-0.3140.22850.91870.45420.25990.00042.1135-0.15730.06231.82810.13122.1691-42.673127.64317.5285
80.50750.14750.14943.1708-1.56491.28270.11880.2792-0.2820.0878-0.0988-1.76780.2373-0.0401-0.00012.0159-0.15830.10781.9211-0.35271.79450.44818.1212-38.8393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 77:162 )A77 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 3:76 )A3 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 163:388 )A163 - 388
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 77:162 )B77 - 162
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 3:76 )B3 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 163:388 )B163 - 388
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN M AND RESID 1:39 )M1 - 39
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN X AND RESID 1:39 )X1 - 39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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