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- PDB-4kr7: Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase - RNA complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kr7
タイトルCrystal structure of a 4-thiouridine synthetase - RNA complex with bound ATP
要素
  • Probable tRNA sulfurtransferase
  • RNA (39-MER)
キーワードTransferase/rna / tRNA modification / thiouridine / sulfurtransferase / adenylation / THUMP domain / PP-loop motif / 4-thiouridine synthesis / Transferase-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA uracil 4-sulfurtransferase / tRNA-uracil-4 sulfurtransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase activity / tRNA 4-thiouridine biosynthesis / thiazole biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / tRNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA sulfurtransferase ThiI / : / Thil, AANH domain / : / : / : / Thiamine biosynthesis protein (ThiI) / ThiI ferredoxin-like domain / VC0802-like - #30 / THUMP ...tRNA sulfurtransferase ThiI / : / Thil, AANH domain / : / : / : / Thiamine biosynthesis protein (ThiI) / ThiI ferredoxin-like domain / VC0802-like - #30 / THUMP / THUMP domain / THUMP domain / THUMP domain profile. / VC0802-like / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Probable tRNA sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.421 Å
データ登録者Neumann, P. / Ficner, R. / Lakomek, K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a 4-thiouridine synthetase-RNA complex reveals specificity of tRNA U8 modification.
著者: Neumann, P. / Lakomek, K. / Naumann, P.T. / Erwin, W.M. / Lauhon, C.T. / Ficner, R.
履歴
登録2013年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / reflns
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable tRNA sulfurtransferase
B: Probable tRNA sulfurtransferase
M: RNA (39-MER)
X: RNA (39-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5688
ポリマ－113,5054
非ポリマー1,0634
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.170, 113.220, 133.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological unit is a homodimer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit (chains A & B)

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要素

#1: タンパク質 Probable tRNA sulfurtransferase / Sulfur carrier protein ThiS sulfurtransferase / Thiamine biosynthesis protein ThiI / tRNA 4- ...Sulfur carrier protein ThiS sulfurtransferase / Thiamine biosynthesis protein ThiI / tRNA 4-thiouridine synthase


分子量: 44193.094 Da / 分子数: 2 / 変異: E2K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / 遺伝子: AAD36761, thiI, TM_1694 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X220, tRNA uracil 4-sulfurtransferase
#2: RNA鎖 RNA (39-MER)


分子量: 12559.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir ...詳細: 1 micro-liter of ThiI-RNA complex solution at 10 mg/ml in a buffer consisting of 150 mM ammonium sulfate, 20mM Tris/HCl pH 7.5 was mixed with 3 micro-liter of freshly prepared reservoir solution (2.0 M sodium formate, 100 mM sodium citrate, 2 mM DTT), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.814 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→35 Å / Num. all: 21271 / Num. obs: 21271 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 76.586 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3.42-3.520.672.54916149484.7
3.52-3.620.6872.345814157699.9
3.62-3.820.4583.69929268999.8
3.82-4.20.2496.3513888377299.8
4.2-4.390.14410.255290144599.8
4.39-4.580.11512.664424120499.7
4.58-4.770.09415.063753102699.6
4.77-140.04127.8627984775498.8
14-170.01661.2749915195
17-500.0219.3540416076.6
50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.421→29.392 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 32.47 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement was based on simulated annealing in torsion angle space and grouped B-factors.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2738 1058 5 %RANDOM
Rwork0.2304 ---
obs0.2326 21154 97.79 %-
all-21154 --
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 260.87 Å2 / Biso mean: 103.0531 Å2 / Biso min: 40.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.421→29.392 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6198 1662 64 0 7924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96811510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7363386
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4211-3.57660.41231200.38582264238490
3.5766-3.76480.37021320.309325112643100
3.7648-4.00010.33671330.268325252658100
4.0001-4.30810.29861330.244725432676100
4.3081-4.740.26041350.202625552690100
4.74-5.42220.26591340.211525502684100
5.4222-6.81730.30161350.23232567270299
6.8173-29.39270.20151360.18252581271795
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.90210.03571.27974.66570.98783.6315-0.36830.27480.73670.28750.28880.52440.16920.24-0.01420.58730.0133-0.02650.7037-0.03030.7217-21.471443.51777.4757
22.22261.15030.52483.130.43122.53650.1443-0.4283-0.00190.4365-0.21050.21820.38080.00910.22640.60380.06780.02610.8090.02280.5532-21.584521.40788.9659
32.2377-0.2469-0.3171.91780.7181.7256-0.318-0.0681-0.6696-0.04580.2062-0.12040.45750.26920.1850.61420.10670.15650.5002-0.03640.7202-16.3591-4.0758-13.0931
42.38520.39460.20192.5571-0.06242.0577-0.0170.31450.6991-0.83620.3896-0.5281-0.4293-0.646-0.18341.1188-0.27990.39750.9314-0.02381.0566-8.287134.0806-43.9568
52.6199-0.4742-0.03392.6879-0.81872.6478-0.34870.6154-0.0656-0.69770.32090.04630.4283-0.30220.09470.9019-0.13460.08190.89020.0030.6254-22.523117.7906-41.893
62.83050.2179-0.77822.3792-0.46353.1514-0.28910.0143-0.14410.02250.11950.40760.0551-0.37260.18570.4994-0.01370.10880.5233-0.11460.7036-42.14755.6828-16.7423
73.68520.39280.70052.2613-0.18361.1569-0.3791-0.35620.5581-0.28490.41970.86610.2805-0.0618-0.04261.078-0.14240.03561.03410.12041.0572-42.367127.64587.4265
80.5427-0.18040.09825.8860.87210.12510.37120.3642-0.05851.127-0.0397-1.88440.2418-0.301-0.34651.5949-0.22330.07681.3155-0.17811.23650.52917.5867-39.2507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 77:162 )A77 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 3:76 )A3 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 163:388 OR RESID 401:402 ) )A163 - 388
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 163:388 OR RESID 401:402 ) )A401 - 402
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 77:162 )B77 - 162
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 3:76 )B3 - 76
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND ( RESID 163:388 OR RESID 401:402 ) )B163 - 388
8X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND ( RESID 163:388 OR RESID 401:402 ) )B401 - 402
9X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN M AND RESID 1:39 )M1 - 39
10X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN X AND RESID 1:39 )X1 - 39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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