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- PDB-4kr2: Glycyl-tRNA synthetase in complex with tRNA-Gly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kr2
タイトルGlycyl-tRNA synthetase in complex with tRNA-Gly
要素
  • Gly-tRNA-CCC
  • Glycine--tRNA ligase
キーワードLIGASE/RNA / Rossmann fold / aminoacylation / tRNA-Gly / LIGASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial glycyl-tRNA aminoacylation / ATP:ATP adenylyltransferase activity / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / Mitochondrial tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / secretory granule ...mitochondrial glycyl-tRNA aminoacylation / ATP:ATP adenylyltransferase activity / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / Mitochondrial tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / secretory granule / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / protein dimerization activity / mitochondrial matrix / axon / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycyl-tRNA synthetase / Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) ...Glycyl-tRNA synthetase / Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / S15/NS1, RNA-binding / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / Glycine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.292 Å
データ登録者Qin, X. / Hao, Z. / Tian, Q. / Zhang, Z. / Zhou, C. / Xie, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Cocrystal Structures of Glycyl-tRNA Synthetase in Complex with tRNA Suggest Multiple Conformational States in Glycylation
著者: Qin, X. / Hao, Z. / Tian, Q. / Zhang, Z. / Zhou, C. / Xie, W.
履歴
登録2013年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine--tRNA ligase
C: Gly-tRNA-CCC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7693
ポリマ－96,4222
非ポリマー3471
水905
1
A: Glycine--tRNA ligase
C: Gly-tRNA-CCC
ヘテロ分子

A: Glycine--tRNA ligase
C: Gly-tRNA-CCC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,5386
ポリマ－192,8434
非ポリマー6942
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area16240 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area53640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.964, 88.499, 80.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Glycine--tRNA ligase / Diadenosine tetraphosphate synthetase / AP-4-A synthetase / Glycyl-tRNA synthetase / GlyRS


分子量: 72521.562 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 114-739 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GARS / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41250, glycine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 Gly-tRNA-CCC / tRNA-Gly


分子量: 23899.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA is in-vitro transcribed. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 174921
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 32% PEG600, 0.1M NaCl, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.292→50 Å / Num. all: 15268 / Num. obs: 13638 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 5.6 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 79.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5.63 / Num. unique all: 1420 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1GAX and 2PME

1gax

2pme


解像度: 3.292→32.252 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7287 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2771 691 5.07 %
Rwork0.2356 --
obs0.2376 13627 89.26 %
all-15267 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.76 Å2 / Biso mean: 107.85 Å2 / Biso min: 34.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.292→32.252 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3540 1476 23 5 5044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9057518
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004715
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3992159
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2919-3.54570.29091570.25862621277893
3.5457-3.9020.30751660.24572651281794
3.902-4.46540.24781280.21262593272190
4.4654-5.6210.27131410.22222531267287
5.621-32.25350.2789990.2472540263982
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4394-1.18-0.60392.31-0.0051.00440.1330.3137-0.4617-0.27040.03570.29010.1303-0.1682-0.19710.4789-0.0753-0.10310.5248-0.0440.9435-5.860539.008634.0014
26.951-0.04121.88116.48110.72843.8140.01560.016-1.0991-0.0895-0.06770.48360.6624-0.144-0.05010.4856-0.04860.0220.50830.06620.9951-20.69226.217344.3839
33.41231.3978-1.16033.3071-2.12416.6326-0.0117-0.2858-1.7501-0.6272-0.155-0.34380.476-0.09750.03750.7490.0252-0.02630.6505-0.0841.7984.253311.832433.067
43.8182-1.8603-0.22024.7742-0.16671.2151-0.1713-0.5030.00210.30960.3015-0.0199-0.085-0.0122-0.1690.3932-0.01020.00710.61880.03120.6346-10.795446.679250.2085
54.98020.76121.71533.1937-0.51185.63030.1364-0.7059-0.27020.86570.1970.22640.15420.1584-0.21570.84840.12470.07340.8704-0.04810.9126-15.695658.583365.0904
62.0033-6.7388-9.46367.42037.47239.1002-0.4843-1.35351.33380.23950.2317-0.27050.6670.30020.36581.67010.2945-0.71051.77870.06131.8071-25.673549.282114.5416
75.3239-3.11282.80435.6731-0.40029.2305-0.00350.96151.8449-0.7829-0.22420.0447-0.7966-0.19480.17960.7790.03820.07340.77110.21691.3508-26.145372.006524.9302
81.6741-0.6622-0.78462.88660.50741.1980.22640.25080.8912-0.20650.26480.2803-0.7876-0.1928-0.55340.6413-0.0421-0.0670.80710.18381.506-20.581776.844236.4274
97.1748-7.65642.70269.3232-3.51766.08590.82230.46110.0838-0.6871-0.90490.9861.4083-0.86360.04951.2347-0.0891-0.0420.96970.10670.9958-23.197660.60816.5869
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESSEQ 64:304)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESSEQ 305:412)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESSEQ 413:438)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESSEQ 506:595)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESSEQ 596:676)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN C AND RESSEQ 1:4)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN C AND RESSEQ 5:20)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN C AND RESSEQ 21:58)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN C AND RESSEQ 59:71)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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