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万見
- PDB-4kqe: The mutant structure of the human glycyl-tRNA synthetase E71G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kqe
タイトルThe mutant structure of the human glycyl-tRNA synthetase E71G
要素Glycine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Rossmann fold / aminoacylation / tRNA-Gly
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial glycyl-tRNA aminoacylation / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / Mitochondrial tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / secretory granule / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの ...mitochondrial glycyl-tRNA aminoacylation / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / Mitochondrial tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / secretory granule / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / protein dimerization activity / mitochondrial matrix / axon / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #200 / Herpes Virus-1 - #230 / Glycyl-tRNA synthetase / Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. ...Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #200 / Herpes Virus-1 - #230 / Glycyl-tRNA synthetase / Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Herpes Virus-1 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / S15/NS1, RNA-binding / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.739 Å
データ登録者Qin, X. / Hao, Z. / Tian, Q. / Zhang, Z. / Zhou, C. / Xie, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Large Conformational Changes of Insertion 3 in Human Glycyl-tRNA Synthetase (hGlyRS) during Catalysis
著者: Deng, X. / Qin, X. / Chen, L. / Jia, Q. / Zhang, Y. / Zhang, Z. / Lei, D. / Ren, G. / Zhou, Z. / Wang, Z. / Li, Q. / Xie, W.
履歴
登録2013年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22016年4月13日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7252
ポリマ－78,6331
非ポリマー921
水1,802100
1
A: Glycine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Glycine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,4504
ポリマ－157,2662
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area53700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.239, 91.239, 246.614
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Glycine--tRNA ligase / Glycyl-tRNA synthetase / Diadenosine tetraphosphate synthetase / AP-4-A synthetase / GlyRS


分子量: 78632.766 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 55-739 / 変異: E71G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GARS / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41250, glycine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M ammonium citrate, 17% PEG3350, 0.1M Tris-HCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.739→50 Å / Num. all: 28342 / Num. obs: 28122 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 49.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 28038 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PME

2pme


解像度: 2.739→34.665 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8101 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 1422 5.07 %
Rwork0.2102 --
obs0.2125 28038 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.61 Å2 / Biso mean: 56.6126 Å2 / Biso min: 13.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.739→34.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4650 0 6 100 4756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7856435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7031732
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7389-2.83680.33561430.27942510265396
2.8368-2.95030.33221420.26432589273199
2.9503-3.08450.36061140.24682628274299
3.0845-3.2470.26371230.22882643276699
3.247-3.45030.24311370.20592623276099
3.4503-3.71640.2351360.20862641277799
3.7164-4.08980.25921600.197326502810100
4.0898-4.68040.20851720.167526672839100
4.6804-5.89210.22531580.198527412899100
5.8921-34.66780.2781370.220329243061100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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