PDB-4kqd: The crystal Structure of the N-terminal PAS domain of the F plasm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kqd

タイトル

The crystal Structure of the N-terminal PAS domain of the F plasmid TraJ

要素

Protein TraJ

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PAS domain / Transcriptional regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

: / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Lu, J. / Glover, J.N.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal Structure of the N-terminal PAS domain of the F plasmid TraJ
著者: Lu, J. / Glover, J.N.M.

履歴

登録	2013年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kqd.cif.gz	218.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kqd.ent.gz	177.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kqd_validation.pdf.gz	494.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kqd_full_validation.pdf.gz	500.3 KB	表示
XML形式データ	4kqd_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	4kqd_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/4kqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/4kqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gkp-1 6q6j-1 2hti-1 3f4s-d 3kor-2 7ccd-2 6d7a-2 1th0-1 6j8q-1 3qu7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein TraJ

B: Protein TraJ

C: Protein TraJ

D: Protein TraJ

ヘテロ分子

58 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein TraJ

B: Protein TraJ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protein TraJ

D: Protein TraJ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.228, 95.228, 102.041
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Protein TraJ 分子量: 14369.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ECOK12F072, traJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06626
#2: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-DTD / DITHIANE DIOL / 1,2-ジチアン-4α,5β-ジオ-ル分子量: 152.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂S₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2M Ammonium sulphate, 0.1 M sodium citrate, 5% glycerol, 5 mM DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.11584, 0.979566, 0.953697, 0.979685

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.11584	1
2	0.979566	1
3	0.953697	1
4	0.979685	1

反射

解像度: 1.55→82.47 Å / Num. all: 75906 / Num. obs: 75754 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 243.5 / Observed criterion σ(I): 8.6 / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.058 / R_sym value: 0.051

反射シェル

解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.708 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.609 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.55→47.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 2.865 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17799	3797	5 %	RANDOM
R_work	0.16027	-	-	-
obs	0.16116	71829	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.162 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0.14 Å²	-0 Å²
2-	-	0.14 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3810	0	30	333	4173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	4057
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.269	1.915	5536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.757	3	8525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.411	5	488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.907	24.5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.368	15	680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.427	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.447	1.412	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.447	1.411	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.822	2.117	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.821	1.757	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.357	3	7774
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	27.46	5	117
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	6.919	5	7874

LS精密化シェル

解像度: 1.551→1.591 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	258	-
R_work	0.217	5202	-
obs	-	-	97.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3342	-0.0379	-0.3789	1.8516	-0.2871	0.9031	0.0023	-0.0107	0.0234	0.0081	-0.0049	0.0241	0.0257	0.0028	0.0026	0.0474	-0.0261	0.0304	0.0513	-0.008	0.1061	96.945	41.72	40.474
2	1.6512	-0.1138	0.1479	1.9661	0.5103	0.6964	-0.1536	0.076	-0.1472	-0.0393	0.0903	0.1361	-0.0063	0.0095	0.0633	0.0611	-0.0225	0.0682	0.0612	-0.0308	0.1587	97.599	20.896	32.302
3	1.652	-0.5544	0.364	1.139	-0.1544	1.209	-0.0593	-0.0243	-0.0747	-0.0061	0.0452	0.0817	-0.0267	0.0323	0.0141	0.0443	0.0019	0.0279	0.0402	0.03	0.1173	60.6	23.84	8.283
4	2.3746	0.1668	-0.7652	2.2052	0.3861	1.1104	-0.0738	0.0774	-0.1108	-0.1897	0.0443	-0.0138	-0.0015	0.0049	0.0295	0.0647	-0.0027	0.0419	0.0521	0.0393	0.1193	78.839	13.133	0.343

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	13 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	13 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	12 - 126

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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