PDB-4kpl: Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kpl

タイトル

Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacter salexigens complexed with Mg,d-mannonate and 2-keto-3-deoxy-d-gluconate

要素

D-mannonate dehydratase

キーワード

HYDROLASE / Enolase fold / D-MANNONATE DEHYDRATASE / D-MANNONATE / 2-KETO-3-DEOXY-D-GLUCONATE

機能・相同性

機能・相同性情報

gluconate dehydratase / gluconate dehydratase activity / mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromohalobacter salexigens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacter salexigens complexed with Mg,d-mannonate and 2-keto-3-deoxy-d-gluconate
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kpl.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kpl.ent.gz	1008.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kpl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kpl_validation.pdf.gz	531.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kpl_full_validation.pdf.gz	557.5 KB	表示
XML形式データ	4kpl_validation.xml.gz	124.5 KB	表示
CIF形式データ	4kpl_validation.cif.gz	179.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/4kpl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/4kpl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ow1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p93-3 3pk7-1 2qjj-1 3p93-4 3ow1-4 4kt2-1 4kws-3 3rgt-2 4kt2-4 4kt2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: D-mannonate dehydratase

B: D-mannonate dehydratase

C: D-mannonate dehydratase

D: D-mannonate dehydratase

E: D-mannonate dehydratase

F: D-mannonate dehydratase

G: D-mannonate dehydratase

H: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

366 kDa, 8 ポリマー
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1

A: D-mannonate dehydratase

E: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: D-mannonate dehydratase

D: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
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3

C: D-mannonate dehydratase

G: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.5 kDa, 2 ポリマー
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4

F: D-mannonate dehydratase

H: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.242, 167.263, 168.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	D-mannonate dehydratase 分子量: 45468.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (バクテリア) 株: DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768 / 遺伝子: Csal_2974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1QT89, mannonate dehydratase

-
非ポリマー , 6種, 1942分子

#2: 化合物	ChemComp-CS2 / D-MANNONIC ACID / D-MANNONATE / D-マンノン酸分子量: 196.155 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₇
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-KDG / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE / 2-ケト-3-デオキシグルコン酸分子量: 178.140 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₆
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.3 M MAGNESIUM FORMATE, 0.1M BIS-TRIS, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月7日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→41.816 Å / Num. all: 210043 / Num. obs: 210043 / % possible obs: 99.97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OW1

3ow1

解像度: 2→41.816 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2232	10558	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1726	-	-	-
all	0.1752	210043	-	-
obs	0.1752	210043	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.486 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.0407 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1538 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.1945 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.816 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24456	0	118	1921	26495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	25278
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.049	34438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.31	9156
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	3726
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4488

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3017	301	0.2341	6586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0227-2.0465	0.2798	346	0.2113	6630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0465-2.0715	0.2838	333	0.2066	6578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0715-2.0977	0.2699	347	0.2022	6612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1253	0.258	343	0.1838	6589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1253-2.1544	0.2585	336	0.1848	6610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1852	0.251	371	0.1819	6535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1852-2.2178	0.2435	344	0.1761	6659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2178-2.2525	0.2537	325	0.1842	6636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.2894	0.2376	352	0.171	6595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2894-2.3289	0.2363	386	0.1731	6556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3289-2.3712	0.2561	367	0.1781	6563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3712-2.4168	0.243	363	0.1705	6609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4168-2.4661	0.2369	348	0.1658	6623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4661-2.5197	0.225	375	0.1592	6606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5197-2.5784	0.2387	361	0.1593	6574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.6428	0.2338	341	0.1685	6674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6428-2.7143	0.2535	351	0.1746	6634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7143-2.7941	0.2312	376	0.1661	6598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7941-2.8843	0.233	376	0.1613	6634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8843-2.9873	0.2047	317	0.1552	6686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9873-3.1069	0.2226	341	0.1623	6643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1069-3.2483	0.2017	372	0.1576	6643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2483-3.4195	0.1786	370	0.1492	6654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4195-3.6336	0.1961	347	0.1549	6703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6336-3.9139	0.1825	325	0.1561	6732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9139-4.3075	0.1991	367	0.15	6708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3075-4.9299	0.1705	362	0.1571	6757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9299-6.2079	0.2327	351	0.1939	6823	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2079-41.8249	0.2443	364	0.2369	7035	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4815	0.0748	-0.0936	0.5085	-0.1012	0.4108	0.0127	-0.1373	0.073	0.1052	-0.0124	-0.0758	-0.0485	0.0304	-0.0023	0.0807	-0.0074	-0.022	0.1032	-0.0267	0.0623	-9.7358	23.4814	75.7839
2	0.5791	0.039	-0.1164	0.451	-0.072	0.2743	-0.0053	0.1221	-0.0633	-0.0705	-0.0089	0.0507	0.0063	-0.0633	0.0132	0.0864	-0.0027	-0.0153	0.1223	-0.0329	0.072	-59.703	-8.8589	47.9275
3	0.504	-0.0445	0.0837	0.3933	-0.0198	0.4132	-0.0138	-0.118	0.0725	0.1168	-0.0183	0.0614	-0.0283	-0.0618	0.0288	0.1142	-0.0039	0.0174	0.1056	-0.0326	0.0734	-54.0682	17.5554	76.2904
4	0.4587	0.0887	0.0938	0.4158	0.1689	0.3361	0.0003	-0.0643	-0.1017	0.0606	-0.0197	0.0343	0.0482	-0.0552	0.0166	0.0869	-0.0176	0.028	0.0956	0.0193	0.1019	-48.0692	-26.6529	74.0661
5	0.4113	0.0405	0.0623	0.3681	0.0222	0.2234	-0.0112	0.0839	0.037	-0.0686	-0.0034	-0.0722	-0.01	0.0314	0.0088	0.0644	-0.0096	0.0264	0.0691	0.0228	0.0537	1.1373	8.2689	47.8252
6	0.4032	-0.0712	0.0037	0.5077	-0.0513	0.2513	-0.0175	0.0739	-0.112	-0.0559	-0.0088	-0.0227	0.0692	-0.0078	0.0202	0.0681	0.0011	0.0264	0.0646	-0.0285	0.0791	-20.845	-30.5918	46.2566
7	0.5109	-0.0246	-0.028	0.6376	0.0929	0.4325	-0.0152	0.0676	0.1238	-0.0789	-0.0007	0.0261	-0.0738	-0.0305	0.0136	0.0859	0.0005	-0.0086	0.0741	0.0219	0.0902	-37.7125	30.1906	49.7886
8	0.3356	-0.0317	-0.0843	0.2346	-0.0252	0.4798	-0.0316	-0.114	-0.0843	0.0426	-0.0057	-0.0527	0.0855	0.0752	0.0267	0.0756	0.01	-0.0026	0.0844	0.0361	0.0879	-3.8004	-20.7517	73.5477

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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