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- PDB-4kpb: Crystal structure of cytochrome P450 BM-3 R47E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kpb
タイトルCrystal structure of cytochrome P450 BM-3 R47E mutant
要素Cytochrome P450 BM-3
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme-dependent stereospecific oxidation of substrates
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sadre-Bazzaz, K. / Catalano, J. / McDermott, A.E. / Tong, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural Evidence: A Single Charged Residue Affects Substrate Binding in Cytochrome P450 BM-3.
著者: Catalano, J. / Sadre-Bazzaz, K. / Amodeo, G.A. / Tong, L. / McDermott, A.
履歴
登録2013年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 BM-3
B: Cytochrome P450 BM-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,2094
ポリマ－112,9762
非ポリマー1,2332
水13,908772
1
A: Cytochrome P450 BM-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1052
ポリマ－56,4881
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 BM-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1052
ポリマ－56,4881
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.963, 152.716, 62.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 BM-3 / Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450 102


分子量: 56488.145 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-471 / 変異: R47E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: cyp102A1, cyp102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 150 mM magnesium chloride, 100 mM MES, pH 6.0, 14% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月20日 / 詳細: vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 63800 / Num. obs: 63450 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
COMO位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→29.395 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2322 3206 5.07 %RANDOM
Rwork0.1859 ---
obs0.1883 63247 99.46 %-
all-63800 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.114 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8623 Å20 Å21.8843 Å2
2---1.8752 Å20 Å2
3---3.7376 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.395 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7118 0 86 772 7976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15310019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7672775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13130.30821290.21622591X-RAY DIFFRACTION99
2.1313-2.16460.26391500.21282644X-RAY DIFFRACTION100
2.1646-2.20010.27521170.19612602X-RAY DIFFRACTION100
2.2001-2.2380.26291350.19712619X-RAY DIFFRACTION100
2.238-2.27870.22861530.19052626X-RAY DIFFRACTION100
2.2787-2.32250.2451450.19132591X-RAY DIFFRACTION100
2.3225-2.36990.23151530.17942617X-RAY DIFFRACTION100
2.3699-2.42140.26411410.18662592X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.47770.27551480.18542632X-RAY DIFFRACTION100
2.4777-2.53970.24761380.19882607X-RAY DIFFRACTION100
2.5397-2.60830.25471380.19332609X-RAY DIFFRACTION100
2.6083-2.6850.25391490.19242641X-RAY DIFFRACTION100
2.685-2.77160.24731390.19332608X-RAY DIFFRACTION100
2.7716-2.87060.25751390.19452594X-RAY DIFFRACTION100
2.8706-2.98540.23361270.19472651X-RAY DIFFRACTION100
2.9854-3.12110.22671360.18772646X-RAY DIFFRACTION100
3.1211-3.28550.23821320.19192626X-RAY DIFFRACTION100
3.2855-3.4910.21791470.18752604X-RAY DIFFRACTION100
3.491-3.76010.20191390.18682598X-RAY DIFFRACTION99
3.7601-4.13750.19061260.1652633X-RAY DIFFRACTION99
4.1375-4.73410.17561540.15362594X-RAY DIFFRACTION99
4.7341-5.95630.25591400.18212599X-RAY DIFFRACTION98
5.9563-29.39830.2571310.19922517X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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