PDB-4kow: Crystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kow

タイトル

Crystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 in complex with Cefoxitin

要素

Uncharacterized protein

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Majorek, K.A. / Porebski, P.J. / Chruszcz, M. / Grabowski, M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural, Functional, and Inhibition Studies of a Gcn5-related N-Acetyltransferase (GNAT) Superfamily Protein PA4794: A NEW C-TERMINAL LYSINE PROTEIN ACETYLTRANSFERASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA.
著者: Majorek, K.A. / Kuhn, M.L. / Chruszcz, M. / Anderson, W.F. / Minor, W.

履歴

登録	2013年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月18日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月13日	Group: Database references
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kow.cif.gz	90.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kow.ent.gz	68.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kow.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kow_validation.pdf.gz	815.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kow_full_validation.pdf.gz	816.2 KB	表示
XML形式データ	4kow_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	4kow_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/4kow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/4kow	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pgpC 4klvC 4klwC 4korC 4kosC 4kotC 4kouC 4kovC 4koxC 4koyC 4kuaC 4kubC 4l89C 4l8aC 2i6c PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pgp-d 4kov-d 4kor-d 4kos-d 4l89-d 4kox-d 4klv-d 4kua-d 4kot-d 4oad-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102304

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.851, 76.444, 39.444
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-423- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 18000.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA4794 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9HV14
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CFX / CEFOXITIN / セフォキシチン分子量: 427.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₇N₃O₇S₂ / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 31590 / Num. obs: 31590 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 49.3
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1561 / R_sym value: 0.634 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000	MOLREP	位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2i6c

2i6c
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.45→27.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15835	1590	5 %	RANDOM
R_work	0.14044	-	-	-
all	0.14135	29958	-	-
obs	0.14135	29958	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.723 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.39 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→27.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1236	0	103	191	1530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.873	1.992	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.585	3	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.484	5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.961	22.388	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.874	15	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.804	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.452→1.49 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	103	-
R_work	0.261	2173	-
obs	-	2173	98.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0631	-0.68	1.2712	4.9853	0.2223	5.9119	-0.2256	-0.057	0.2853	0.0648	0.0909	0.5214	-0.4304	-0.3153	0.1348	0.14	-0.017	-0.0069	0.0432	-0.0055	0.1229	-16.036	26.785	-8.604
2	3.8069	3.0549	-1.0152	4.039	-1.4396	2.6361	0.0865	-0.2	0.0259	0.116	-0.1211	-0.0702	-0.1438	0.1588	0.0345	0.0685	-0.0176	0.0053	0.0494	-0.0141	0.0224	-9.791	19.164	1.333
3	3.3617	-0.0103	-0.9757	3.1301	1.2221	5.8128	0.0116	-0.1431	-0.04	0.2372	-0.0216	-0.0109	0.3544	-0.0447	0.0099	0.0872	-0.026	-0.0097	0.0429	0.0035	0.008	-16.197	5.35	0.915
4	1.4497	0.4519	-0.0351	1.455	-0.7692	3.9823	0.0472	-0.052	0.0169	0.0596	-0.0043	-0.053	0.1837	0.3763	-0.0428	0.0584	-0.001	-0.0073	0.076	-0.0157	0.0132	-7.051	10.37	-0.828
5	1.2529	-0.0618	0.2332	3.539	1.5156	3.0707	-0.0093	0.0095	0.1436	-0.0182	-0.0026	0.0572	-0.1133	0.0407	0.012	0.0578	-0.0292	0.0004	0.0524	0.0022	0.0445	-13.358	18.44	-8.694
6	0.5871	-0.0108	-1.1749	1.3139	1.0564	12.1669	-0.0136	0.1356	0.0222	-0.0807	0.0041	0.0086	0.0966	0.1541	0.0095	0.0552	-0.0169	0.0012	0.0596	0.0043	0.0101	-13.305	10.535	-18.083
7	2.8352	-0.4343	1.1724	1.1585	-0.8465	3.14	-0.0578	-0.2615	0.0789	0.2036	0.0555	0.1728	-0.1994	-0.2007	0.0024	0.0759	-0.0014	0.0315	0.0543	-0.026	0.0649	-23.454	18.92	-1.609
8	5.1659	-1.0574	-1.913	4.8715	2.6417	4.8888	-0.0503	-0.0646	0.1803	-0.023	0.0226	0.1516	-0.1409	-0.0708	0.0276	0.0733	-0.0181	-0.0142	0.0212	0.0089	0.027	-19.761	19.765	-14.844
9	26.7146	-2.7559	-6.5475	13.1343	3.5059	11.7225	0.58	0.0968	0.709	-0.3332	-0.1874	-0.0111	-0.9237	-0.0239	-0.3926	0.1617	-0.0561	0.0313	0.0698	0.0095	0.0274	-13.29	18.216	-23.304
10	1.3201	0.691	-0.9733	1.4305	-1.1431	1.3224	0.0825	0.03	0.1115	0.0871	0.0299	0.1477	-0.1853	0.0566	-0.1125	0.07	-0.0311	0.001	0.0363	0.0108	0.0205	-23.982	8.978	-14.004
11	4.8924	-1.1161	2.3092	5.1137	-2.005	4.2993	0.0989	0.1907	-0.1752	-0.2523	0.0862	0.1731	0.2181	0.1375	-0.1852	0.084	-0.0179	0.0017	0.0374	-0.0233	0.0251	-23.465	-1.715	-15.107
12	1.8152	-1.4407	2.5632	3.5661	-4.2559	7.421	0.0503	-0.0446	-0.1365	0.1254	0.1207	0.004	0.0986	0.0314	-0.1709	0.0849	0.0042	-0.0165	0.0278	-0.0047	0.0318	-20.814	-3.707	-5.328
13	10.6206	5.8867	-2.7033	9.7061	0.3217	8.7548	-0.1456	0.7571	0.5383	-0.4822	0.3488	0.1806	-0.6139	-0.1808	-0.2031	0.1203	-0.0349	-0.0071	0.0998	0.0444	0.0312	-22.742	12.483	-24.042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 34
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	35 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	71 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	82 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	94 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 108
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	109 - 133
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	134 - 141
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	142 - 154
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	155 - 159

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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