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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kot | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 in complex with Cefotaxime | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Majorek, K.A. / Chruszcz, M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural, Functional, and Inhibition Studies of a Gcn5-related N-Acetyltransferase (GNAT) Superfamily Protein PA4794: A NEW C-TERMINAL LYSINE PROTEIN ACETYLTRANSFERASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA. 著者: Majorek, K.A. / Kuhn, M.L. / Chruszcz, M. / Anderson, W.F. / Minor, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 782.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 782.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3pgpC ![]() 4klvC ![]() 4klwC ![]() 4korC ![]() 4kosC ![]() 4kouC ![]() 4kovC ![]() 4kowC ![]() 4koxC ![]() 4koyC ![]() 4kuaC ![]() 4kubC ![]() 4l89C ![]() 4l8aC ![]() 2i6c C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18000.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CE3 / ( | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月8日 / 詳細: Beryllium Lenses |
放射 | モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 26238 / Num. obs: 26238 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 43.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1269 / Rsym value: 0.625 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2i6c ![]() 2i6c 解像度: 1.55→32.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.353 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.981 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→32.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.551→1.592 Å / Total num. of bins used: 20
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