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- PDB-4kop: Crystal Structure of WHY2 from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kop
タイトルCrystal Structure of WHY2 from Arabidopsis thaliana
要素Single-stranded DNA-binding protein WHY2, mitochondrial
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Plant / Whirly
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / single-stranded DNA binding / DNA repair / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Whirly transcription factor / Whirly transcription factor / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein WHY2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Cappadocia, L. / Parent, J.S. / Brisson, N. / Sygusch, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: A family portrait: structural comparison of the Whirly proteins from Arabidopsis thaliana and Solanum tuberosum.
著者: Cappadocia, L. / Parent, J.S. / Sygusch, J. / Brisson, N.
履歴
登録2013年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein WHY2, mitochondrial
B: Single-stranded DNA-binding protein WHY2, mitochondrial
C: Single-stranded DNA-binding protein WHY2, mitochondrial
D: Single-stranded DNA-binding protein WHY2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,23010
ポリマ－78,9754
非ポリマー1,2566
水8,935496
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area32500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.470, 72.661, 136.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Single-stranded DNA-binding protein WHY2, mitochondrial / Protein WHIRLY 2 / AtWHY2


分子量: 19743.645 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 45-212 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Col-0 / 遺伝子: At1g71260, F3I17.9, WHY2 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VYF7
#2: 化合物
ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 3350, 100mM MOPS pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 65275 / Num. obs: 64884 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.75-1.815.30.746199.3
1.81-1.897.20.4971100
1.89-1.977.30.3121100
1.97-2.077.30.1951100
2.07-2.27.40.1391100
2.2-2.387.40.1011100
2.38-2.617.40.0721100
2.61-2.997.30.0551100
2.99-3.777.20.054199.9
3.77-506.50.044195.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→39.185 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 2000 3.09 %
Rwork0.1839 --
obs0.185 64805 98.95 %
all-65275 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.7523 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.185 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4733 0 78 496 5307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.356643
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1491839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.78530.2951310.26484114X-RAY DIFFRACTION92
1.7853-1.83360.23791420.23364458X-RAY DIFFRACTION100
1.8336-1.88750.25851440.20844507X-RAY DIFFRACTION100
1.8875-1.94850.24531410.20254445X-RAY DIFFRACTION100
1.9485-2.01810.23571440.1884514X-RAY DIFFRACTION100
2.0181-2.09890.2531430.18454492X-RAY DIFFRACTION100
2.0989-2.19440.23891440.17944497X-RAY DIFFRACTION100
2.1944-2.31010.20531420.17194477X-RAY DIFFRACTION100
2.3101-2.45480.20741430.17134528X-RAY DIFFRACTION100
2.4548-2.64430.24551450.17824529X-RAY DIFFRACTION100
2.6443-2.91030.21041450.18274561X-RAY DIFFRACTION100
2.9103-3.33130.27641460.18494582X-RAY DIFFRACTION100
3.3313-4.19630.17071450.17084563X-RAY DIFFRACTION99
4.1963-39.19460.20861450.18844538X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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