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- PDB-4knv: The crystal structure of APO HUMAN HDHD4 FROM SE-MAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4knv
タイトルThe crystal structure of APO HUMAN HDHD4 FROM SE-MAD
要素N-acylneuraminate-9-phosphatase
キーワードHYDROLASE / N-ACETYLNEURAMINATE / NEU5AC-9-PHOSPHATE / CARBOHYDRATE METABOLISM / N-ACETYLNEURAMINIC ACID PHOSPHATASE / NANP / HDHD4
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylneuraminate-9-phosphatase / N-acylneuraminate-9-phosphatase activity / N-acetylglucosamine biosynthetic process / N-acetylneuraminate biosynthetic process / CMP-N-acetylneuraminate biosynthetic process / glycosylation / Sialic acid metabolism / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haloacid dehalogenase hydrolase-like domain / : / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, CTE7 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Haloacid dehalogenase hydrolase-like domain / : / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, CTE7 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / N-acylneuraminate-9-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.993 Å
データ登録者Klei, H.E.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Design, synthesis, functional and structural characterization of an inhibitor of N-acetylneuraminate-9-phosphate phosphatase: Observation of extensive dynamics in an enzyme/inhibitor complex.
著者: Kim, S.H. / Constantine, K.L. / Duke, G.J. / Goldfarb, V. / Hunt, J.T. / Johnson, S. / Kish, K. / Klei, H.E. / McDonnell, P.A. / Metzler, W.J. / Mueller, L. / Poss, M.A. / Fairchild, C.R. / Bhide, R.S.
履歴
登録2013年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylneuraminate-9-phosphatase
B: N-acylneuraminate-9-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1326
ポリマ－54,8932
非ポリマー2394
水4,828268
1
A: N-acylneuraminate-9-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5663
ポリマ－27,4471
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: N-acylneuraminate-9-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5663
ポリマ－27,4471
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.340, 53.436, 63.958
Angle α, β, γ (deg.)65.500, 74.990, 85.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 N-acylneuraminate-9-phosphatase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 4 / Neu5Ac-9-Pase


分子量: 27446.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C20orf147, HDHD4, NANP / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TBE9, N-acylneuraminate-9-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.6 M sodium/postassium phosphate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.97821,0.97971,0.95370
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月6日
放射プロトコル: MULTIPLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978211
20.979711
30.95371
反射解像度: 1.993→50 Å / Num. obs: 33961 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 17.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 58.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000(DENZO)データ削減
HKL-2000(SCALEPACK)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.993→33.36 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 1977 2.95 %
Rwork0.1997 --
obs0.2011 -91.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.408 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 90.02 Å2 / Biso mean: 20.1835 Å2 / Biso min: 7.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5228 Å20.4538 Å2-3.042 Å2
2--1.0015 Å20.226 Å2
3---0.5213 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.993→33.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3721 0 12 268 4001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0335138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4611418
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9932-2.0430.267810.21142686276753
2.043-2.09820.26111050.21483321342665
2.0982-2.160.28611260.20314159428583
2.16-2.22970.23341490.1994834498394
2.2297-2.30940.28361510.19565003515497
2.3094-2.40180.26391480.20414935508398
2.4018-2.51110.26791530.20185016516998
2.5111-2.64340.2691520.20394967511998
2.6434-2.80890.25581500.20655011516198
2.8089-3.02570.25741520.20474989514198
3.0257-3.32990.26341550.20475051520698
3.3299-3.81120.21651540.18655057521199
3.8112-4.79940.18291500.16944963511398
4.7994-33.3650.22731510.19774989514098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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