PDB-4knd: Thioredoxin from Anaeromyxobacter dehalogenans.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4knd

タイトル

Thioredoxin from Anaeromyxobacter dehalogenans.

要素

Thioredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / TRX_family / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins / PCSEP

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol ether metabolic process / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaeromyxobacter dehalogenans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Adkins, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Thioredoxin from Anaeromyxobacter dehalogenans.
著者: Osipiuk, J. / Hatzos-skintges, C. / Clancy, S. / Adkins, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4knd.cif.gz	92 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4knd.ent.gz	75.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4knd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4knd_validation.pdf.gz	427.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4knd_full_validation.pdf.gz	427.4 KB	表示
XML形式データ	4knd_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	4knd_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/4knd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/4knd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ba7-1 2h6x-2 4ode-d 1fb6-1 4hua-d 5zh6-1 1f9i-d 2fch-1 1fb0-2 5hr3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102425

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin

B: Thioredoxin

24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thioredoxin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.731, 76.954, 77.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

詳細

chain A (or chain B)

#1: タンパク質	Thioredoxin 分子量: 12266.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaeromyxobacter dehalogenans (バクテリア) 株: 2CP-C / 遺伝子: Adeh_2496 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2IKT5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.23 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris-Cl buffer, 25% PEG-3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月5日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→38.51 Å / Num. all: 15171 / Num. obs: 15171 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 52.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 3.43 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	6.1	0.631	2.03	723	0.653	96.7
1.93-1.97	7	0.532		763	0.706	98.5
1.97-2.01	7.2	0.433		732	0.872	98.8
2.01-2.05	7.4	0.384		754	0.921	98
2.05-2.09	7.3	0.335		740	1	98
2.09-2.14	7.4	0.285		742	1.235	98
2.14-2.19	7.4	0.235		742	1.25	98.9
2.19-2.25	7.4	0.211		763	1.579	98.8
2.25-2.32	7.3	0.192		744	1.898	98.3
2.32-2.39	7.3	0.174		755	2.168	98.7
2.39-2.48	7.3	0.158		747	2.531	98.7
2.48-2.58	7.3	0.15		764	2.678	98.6
2.58-2.7	7.2	0.133		756	3.39	99.2
2.7-2.84	7.1	0.122		766	4.204	99
2.84-3.02	7.1	0.105		769	4.557	98.8
3.02-3.25	7	0.096		760	5.834	99
3.25-3.58	6.8	0.084		771	6.655	99.4
3.58-4.09	6.7	0.074		775	7.262	99.4
4.09-5.16	6.7	0.069		791	7.526	99
5.16-50	6.3	0.08		814	12.425	95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 10.632 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2169	754	5 %	RANDOM
R_work	0.1828	-	-	-
all	0.1846	15170	-	-
obs	0.1846	15170	98.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.71 Å² / B_iso mean: 52.864 Å² / B_iso min: 18.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.55 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1611	0	0	47	1658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.767	1.975	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.827	3.002	3906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.246	5	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.193	24.706	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.54	15	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.387	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	346

LS精密化シェル

解像度: 1.904→1.953 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	56	-
R_work	0.307	972	-
all	-	1028	-
obs	-	1028	93.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9947	-0.3443	0.5774	1.0062	-0.0893	3.7359	-0.1149	-0.1535	0.0156	-0.0079	-0.0124	0.0735	-0.0686	0.2475	0.1273	0.1668	0.0086	0.0175	0.0646	0.0022	0.2295	-0.1493	41.0279	33.8287
2	1.5224	0.3394	0.2669	0.0971	0.1033	4.4643	0.1619	0.0815	-0.0654	-0.0327	0.0205	-0.0653	-0.0116	0.2216	-0.1824	0.3147	0.0222	0.0511	0.0151	-0.0151	0.2544	18.5804	22.5037	23.9312

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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